전유전체 서열 분석과 가시화를 위한 워크벤치 개발과 응용

최정현,진희정,김철민,장철훈,조환규 한국유전학회 2002 Genes & Genomics Vol.24 No.2

An increasing number of genome sequencing projects results in explosive growth of whole genome sequences. Furthermore the number of studies on the functions of individual genes has also been rapidly increased. However on-memory algorithms are not applicable to the analysis of whole genome sequences, since the size of individual whole gene a ranges from several million base pairs to hundreds billion base pairs. In order to effectively manipulate the huge sequence data, it is necessary to use the indexed data structure for external memory. In this paper, we introduce the development and application of the workbench for the analysis and visualization of whole genome sequences using string B-tree that is suitable for the analysis of huge data. This system consists of two main parts, the analysis query part and the visualization part. The query system supports various transactions such as pattern matching, k-occurrence, and k-mer analysis. The visualization system helps biologists to easily understand whole genome structure and specificity by various kinds of visualization such as whole genome sequence viewer, annotation viewer, CGR (Chaos Game Representation) viewer, k-mer viewer, RWP (Random Walk Plot) viewer, and map viewer. We can find the relationships among organisms, support gene prediction in a genome, and study the function of junk DNA using our workbench. In this paper, we apply our workbench to investigating specific sequence such as avoided sequence, common sequence, and classifiable sequence.

논증시퀀스와 광고 분석

김휘택(Kim. Hui-Teak) 한국문화융합학회 2017 문화와 융합 Vol.39 No.5

장-미셀 아당의 시퀀스 이론은 시퀀스라는 중간 단위를 통해 텍스트의 구조를 보여준다. 이 시퀀스가 중간 단위라고 불리는 이유는 시퀀스가 문장과 텍스트 전체의 중간에 위치하기 때문이다. 시퀀스는 수사학의 전통과 학교교육의 교과서 많이 다루어졌던 분석 단위이기 때문에 텍스트 문법보다 비교적 안정적으로 적용할 수 있다. 우리는 본고에서 논증과 관련된 이론들을 통해서 두 광고(iPhone 4, Galaxy S2)를 비교하였다. 광고는 반드시 논증적인 것이어야 한다. 이러한 전제를 바탕으로, 첫 번째 광고(iPhone 4)는 충분히 이러한 광고의 성격을 잘 보여준다. 그리고 이 광고에서 발화문들은 논증 시퀀스의 구조에 정확히 부합한다. 반면에, 두 번째 광고(Galaxy S2)는 작은 소녀의 행위와 관련된 이야기 시퀀스에 가깝다. 이 광고는 이야기 시퀀스를 통해서 휴대폰 자체의 품질보다는 휴대폰의 LCD 품질의 우수함을 보여주고 있다. 따라서 iPhone 4의 광고가 광고 본연의 역할을 Galaxy S2의 광고 보다 잘 수행하고 있다는 것을 알 수 있다. 본고는 광고라는 논증적 성격의 실체가 아당의 시퀀스 이론으로 밝혔으며, 이를 통해 시퀀스 이론의 적용과 관련된 유연성을 다시 한 번 확인하는 계기가 되었다. The sequence theory of Jean-Michel Adam shows the structure of text through an intermediate unit, called “sequence”. The sequence is considered as an intermediate unit because the sequence is located midway between the sentence and the entire text. As the sequence is an analysis unit that has been dealt with much in rhetoric tradition and school education textbooks, it can be applied more reliably than the sentence unit of text grammar. In this paper, we compare two advertisements (iPhone 4, Galaxy S2) through theory related to argumentation. Advertising must be argumentative. Based on these assumptions, the first advertisement (iPhone 4) is enough to show the nature of these advertisements. And the utterances in this advertisement exactly match the structure of the argument sequence. On the other hand, the second ad (Galaxy S2) is close to the story sequence related to the behavior of the little girl. This advertisement shows the quality of the mobile phone LCD rather than the quality of the phone itself through the narrative sequence. Therefore, it can be seen that the advertisement of iPhone 4 performs the role of advertisement better than the advertisement of Galaxy S2. This article reveals the reality of the argumentative nature of advertising as a sequence theory of Jean-Michel Adam, which once again confirmed the flexibility related to the application of sequence theory.

설명시퀀스와 다문화콘텐츠 분석

김휘택(Kim, Hui-teak) 중앙어문학회 2014 語文論集 Vol.58 No.-

본고는 설명시퀀스의 구조와 형식에 대해서 알아보고 이를 실제 텍스트에 적용하기 위해 작성되었다. 설명 시퀀스는 ‘설명’이라는 텍스트 형식을 시퀀스로 구조화한 것이다. 본고에서는 설명의 개념을 정확히 설명하기 위해, 논증과 같은 설명의 주변 개념과 비교하였다. 본고에서 우리는 설명 시퀀스가 텍스트에 정확히 적용되는 것을 확인할 수 있었다. 특히 텍스트는 다문화콘텐츠로 특정하였다. 다문화콘텐츠는 다문화 시대를 재현한 문화콘텐츠로서 최근 그 형태와 내용이 ‘스테레오타입’이라는 지적을 받아왔다. 우리는 박범신의 『나마스테』의 발췌문을 설명 시퀀스를 통해 구조분석하였다. 우리는 이 스테레오타입을 설명 시퀀스를 통해 밝힐 수 있는 인물 간의 관계를 통해 확인하였다. This article aims to explain the structure and the form of the explanatory sequence and to apply this sequence to the actual text. Explanatory sequence is structured on the basis of the explanation studied as a text type. In this paper, to define precisely the notion of explanation, We have contrasted the notions of explanation, information, and argumentation. We saw that the explanatory sequence was applied to the structural analysis of the text. In this article, we addressed the multi- cultural contents, which were the subject of our analysis. These contents that represent the multicultural society are being questioned due to the stereo-typical description. We analyzed an extract of Bumshin Park’s novel, Namaste. From this analysis, we could verify this way of stereo-typical description through the relationship between the characters in the explanatory sequences.

영화 오프닝 시퀀스에 대한 소고

홍진혁(Hong, Jin-Hyuk) 강원대학교 인문과학연구소 2015 인문과학연구 Vol.0 No.44

본 연구는 하나의 내러티브를 시작하는 부분으로서 오프닝 시퀀스의 분절점을 탐구한다. 1960년대 오프닝 타이틀 시퀀스는 영화의 한 부분이라기보다는 부속물적인 개념이었다. 이후 솔 바스(Saul Bass), 카일 쿠퍼(Kyle Cooper) 등의 활약으로 오프닝 타이틀 시퀀스는 하나의 그래픽 디자인의 개념으로 발전한다. 때문에 많은 연구들이 해당 시퀀스를 별도의 창작물로 떼어내어 진행되어왔다. 이에 본고는 기존의 오프닝 시퀀스에 대한 연구들이 전체 내러티브로부터 유리된 별개의 독립적 구조 단위로 분석한다는 점을 지적하며, 오프닝 시퀀스의 전체 내러티브에 속한 한 부분으로서의 도입부라는 정체성을 바탕으로 그 개념적 정의를 고찰한다. 오프닝 시퀀스는 앞으로 전개될 전체 내러티브를 압축적으로 지시하고 반영하며 영화 매체의 고유하고 차별적인 능력을 집중적으로 발휘하는 지점이다. 중심 질문은 어디에서부터 어디까지를 오프닝 시퀀스로 보아야 할 것인가이다. 이때 타이틀 시퀀스는 오프닝 시퀀스 안으로 포괄된다. 하지만 가장 중요한 기준은 실제적인 디제시스 이미지가 제시되는 시점부터이다. 즉 별도로 제작되어 본편과 표현기법이 완전히 다른 시퀀스는 영화의 오프닝 시퀀스에서 제외된다. 동시에 오프닝 시퀀스가 담고 있는 에피소드는 전체 내러티브와의 연속적인 관계에 있어야 하며, 시각적 또는 내러티브적인 연속성을 지니고 있어야 한다. 내러티브는 유기적이기 때문에 오프닝 시퀀스의 엄정한 경계를 설정하는 일은 불가능하다. 또한 끊임없이 변하는 영화의 미학은 그러한 고정된 개념정의를 허락하지 않는다. 그럼에도 불구하고 이러한 시도는 영화에 대한 심도 있는 사유의 장을 마련하는데 기여할 것이다. 해석을 위해서는 철저한 분석이 우선되어야 할 것이며 분석은 정밀한 개념으로부터 출발해야 한다. This article studies segment point of opening sequence as a beginning part of the narrative. Before 1960"s, Opening title sequence comparability simply recited pictures that included minimum level of readability text. Therefore, it was treated an adjunct rather than a part of film. Opening title sequence has developed in terms of graphic design since Saul Bass, Kyle Cooper and more designer"s showed their remarkable works. For that reason, most of the study regarding opening title sequence of film have been dealing with it as a different creative work. This article would like to point out that existing studies about opening sequence analyze it as independent structure unit which is separated from whole narrative. Accordingly, this study considers conceptual definition of opening sequence is based on identity as a introduction belongs to a part of whole narrative. Opening sequence compressively suggest and reflect entire narrative will come, and it is a focused point to show inherent and distinct ability of film. The questions is from where to where should be called opening sequence. At that time, title sequence is belongs to opening sequence. Not only to divide opening sequence by the position of title sequence but also to set the break point of opening sequence as the beginning of entire narrative. Opening sequence includes title sequence, the most important thing is the starting point where the actual diegesis image provides. Which means the sequence that using totally different expression technique because it is produced separately from a feature, that would be excluded from opening sequence. This definition is based on premise that opening sequence is always working for entire narrative. The episode in opening sequence should be in continuos relationship with entire narrative. it should be continuos relationship narratively or should have visual continuity. It is impossible to set strict boundary of opening sequence because narrative is organic actually. Furthermore, esthetic of constantly changing film does not allow fixed conceptual definition. Nevertheless, this effort will contribute to make consider an in-depth study of film. In order to interpret, thorough analysis will come first and analysis will be started from precise concept.

시공간 효율적 DNA 서열 검색 알고리즘을 이용한 유전체 서열 어셈블러

윤경오(Kyong Oh Yoon),조성배(Sung-Bae Cho) 한국정보과학회 2012 정보과학회 컴퓨팅의 실제 논문지 Vol.18 No.11

초 고성능 바이오 서열 분석 장비(NGS) 기술의 발달로 대량의 바이오 정보가 쏟아져 나오고 있으며, 바이오 산업의 발달로 개인별 유전체 정보에 의한 맞춤의학의 시대가 다가오고 있다. 수많은 서열에 대한 분석에는 많은 저장공간이 필요하므로 슈퍼컴퓨터 급의 서버와 대량의 데이터를 빠르게 처리할 수 있는 프로그램이 필요하다. 이러한 분석에는 염기서열 일치 검색과 이를 기반으로 하는 Alignment와 Assembly 분석이 있으며, 이를 수행하는 기존의 알고리즘은 염기서열을 문자열로 취급하고, 해쉬 인덱스 테이블, Brujin 그래프의 사용, 버러우즈 휠러 변환(BWT) 등의 기법 등을 사용한다. 본 논문에서는 시간과 공간적으로 효율적인 DNA 검색을 위해 염기서열을 문자열이 아닌 k-mer 묶음의 정수형 배열로 변환한 후 단위 및 비단위 연산자로 검색함으로써 저장 공간의 크기를 약 28% 이상 줄여서 검색할 수 있는 알고리즘을 제안한다. 이에 기반한 Assembly 분석 프로그램인 CalcGen 프로그램을 개발하여 본 알고리즘의 유용성을 실험을 통해 검증하였다. The advent of ultra-high-throughput sequencing technology makes pour bulky bio-sequence information and the advance of bio-industry pull the era of personalized medicine using individual genome information. However, the analysis of massive bio-sequence requires large storages, so that analysis sometimes needs supercomputer and novel software that can handle bulky sequence information. In that type of analysis, there are sequence match algorithms based on alignment and assemble. These alignment and assemble are fundamental for analyzing bio-sequence. Those algorithms regard nucleotide sequences as strings and compare one by one character during analysis of sequences. They use hash index tables, de Bruijn graph, Burrows-Wheeler transform method, and so on. In this paper, for time and space efficient DNA searching, we propose an algorithm that transforms base sequence into k-mer integer array and analyzes the integer array transformed by unit search operator and non-unit search operator, resulting in the storage space reduced about 0.28 fold. Furthermore, based on the algorithm we have developed CalcGen assembler that is fundamental sequence analysis program, and show the usefulness of the program with experiments.

16S rRNA 유전자 염기서열 분석에 의해 확인된 Acinetobacter spp. 가성요로감염 유행

김수연,김진용,강지혜,박신영,이희승,박윤수,서일혜,조용균 대한감염학회 2007 감염과 화학요법 Vol.39 No.4

목적 : 본 연구는 일개 대학병원의 한 병동에서 16SrRNA 유전자 염기서열 분석을 통해 확인된 Acinetobacter spp. 가성요로감염 집단 발생에 대한 조사이다. 재료 및 방법 : 일개 대학병원의 일반병동에서 2005년 9월 23일부터 26일까지 5명의 환자에서 Bordetelta bronchiseptica 세균뇨가 동시에 분리되었다. 해당 환자들에 대한 입원 진료 기록을 확인하고, 이학적 검사를 시행하였고, 의료진 면담 등의 역학적 조사와 의심되는 전파원의 환경 감시배양을 시행하였다. 또한 다섯 균주들의 상동성 확인을 위해 pulsed field gel electrophoresis (PFGE)를 하였고, 정확한 균 동정을 위해 16S rRNA 유전자 염기서열 분석을 하였다. 결과 : VITEK system에 의해 B. bronchiseptica로 보고된 다섯 균주들은 거의 유사한 항생제 감수성을 가지고 있었다. 유행조사에서 요로감염의 증상이나 균혈증을 보인 환자는 없었고, 환경 감시배양에서 공통의 전파원은 증명되지 않았다. 또한 PFGE와 16S rRNA 유전자 염기서열분석에서 상동성을 가진 동일 Acinetobacter spp.로 확인되어 이에 의한 가성요로감염의 유행으로 결론지었다. 결론 : 역학적 조사와 함께 PFGE와 16s rRNA 유전자염기서열 분석과 같은 분자생물학적인 조사를 시행하는 것은 희귀한 균에 의한 병원감염 유행조사에 도움이 될 것이다. Background : Acinetobacter spp. is increasingly implicated in hospital-acquired infections. We experienced a pseudooutbreak of Bordetella bronchiseptica bacteriuria identified with biochemical tests, that was later identified as Acinetobacter spp. by using 16S rRNA gene sequence analysis. Materials and Methods : Five in-ward patients were found to have B. bronchiseptica bacteriuria without symptoms of urinary tract infection between September 23 and 26 of 2005. We conducted pulsed field gel electrophoresis (PFGE) of the bacteria and epidemiological investigation of this pseudooutbreak. In addition, 16S rRNA gene sequence analysis was performed for the verification of the strains. Results : All 5 isolates were identified as B. bronchiseptica with similar antibiogram by VITEK system. There was no evidence of any symptom or sign of urinary tract infection. The source of this pseudooutbreak was not detected even after performing environmental culture and interviews with healthcare workers. We could not get the appropriate results from the first PFGE with XbaI restriction enzyme. B. bronchiseptica is an unusual organism in human so we conducted 16S rRNA gene sequence analysis for verification. The analysis of 16S rRNA gene sequence with 5 isolates demonstrated 99-100% similarity to a sequence of Acinetobacter spp. (AU1523). According to the results of 16S rRNA gene sequence analysis, we performed the second PFGE with SmaI restriction enzyme, which showed indistinguishable pattern among the all 5 isolates. Conclusion : This investigation suggests that the combined method of 16s rRNA gene sequence analysis and PFGE would be helpful for investigation of outbreak caused by unusual organisms.

Comparison of procedural sequence in same-day bidirectional endoscopy: a systematic review and meta-analysis

( Geun Joo Choi ),( Hyoung-chul Oh ),( Hee-kyeong Seong ),( Jeong Wook Kim ),( Jin Soo Ko ),( Hyun Kang ) 대한내과학회 2020 The Korean Journal of Internal Medicine Vol.35 No.2

Background/Aims: To compare the efficacy and safety of procedural sequence in same-day bidirectional endoscopy. Methods: We searched OVID-MEDLINE, EMBASE, Cochrane Central Register of Controlled Trials, and Google Scholar to identify randomized controlled trials that compared the procedural sequences in same-day bidirectional endoscopy, including esophagogastroduodenoscopy (EGD) and colonoscopy. The sedative and analgesic doses required, discomfort and satisfaction scores, procedure time, recovery time, adenoma detection rate, and failed cecal intubation were evaluated. Adverse effects, including respiratory and cardiovascular complications, were also assessed. Results: We included six studies, with 1,848 patients in total. The requirement for sedative treatment was significantly lesser in the EGD-colonoscopy sequence than in the colonoscopy-EGD sequence (standardized mean difference [SMD], -0.39; 95% confidence interval [CI], -0.54 to -0.24; p = 0.12; I2 = 49%). Discomfort, scored by patients during the EGD procedure, was significantly lesser in the EGD-colonoscopy sequence than in the colonoscopy-EGD sequence (SMD, -0.45; 95% CI, -0.80 to -0.09; p = 0.02; I2 = 73%), while it was comparable during colonoscopy between the two sequences. Recovery time was significantly shorter in the EGD-colonoscopy sequence than in the colonoscopy-EGD sequence (SMD, -0.47; 95% CI, -0.65 to -0.30; p = 0.28; I2 = 21%). Total procedure duration, EGD, colonoscopy, cecal intubation time and incidence, incidences of pathologic findings, and adenoma detection were comparable between the two sequences. There was no significant difference in the incidences of desaturation, hypotension, hypertension, bradycardia, and tachycardia between the two sequences. Conclusions: When conducting same-day bidirectional endoscopy, EGD followed by colonoscopy is the most beneficial sequence to be used because patients require lower sedative doses, recover faster, and report lesser discomfort.

시퀀스 분석을 통한 장애인의 노동시장 참여 패턴과 그 결정요인에 관한 연구

노법래 한국장애인고용공단 고용개발원 2013 장애와 고용 Vol.23 No.1

본 연구는 장애인의 노동시장 참여의 종단적 패턴을 도출하고 그와 같은 참여 패턴을 결정하는 요인을 분석하는 것에 주된 목적이 있다. 장애인이 경험하는 신체적, 정신적 도전 상황과 장애인의 내적 다양성은 노동시장의 참여의 불안정성에 핵심을 둔 접근의 필요성을 제기하며, 이는 시간을 축으로 장애인의 특성에 따른 노동시장 참여의 종단적 패턴에 대한 분석을 통해 실증적으로 드러날 수 있다. 본 연구에서는 월 단위로 계측된 노동시장 참여 경험의 연쇄를 분석 대상으로 하여 장애인들의 다양한 노동시장참여 패턴을 도출하고 이와 같은 참여 패턴의 차이에 영향을 미치는 요인을 검토하고자 하였다. 본 연구에서는 이상의 연구 목적을 위해 시퀀스 분석(sequence analysis)을 활용했다. 분석은 크게 세 단계를 거쳤다. 우선 월 단위로 계측된 노동시장 참여 패턴에 대해 시퀀스 분석의 최적화 매칭(optimal matching) 알고리듬을 적용하여 참여 패턴의 유형화를 시도하였다. 두 번째로는 참여 유형과 장애 유형간의 대응분석(correspondent analysis)을 실시하여, 장애 유형에 따라 노동시장 참여의 양상이 어떻게 달라지는지 탐색적으로 살펴보았다. 끝으로 다항로지스틱 회귀모델을 활용하여 장애인의 노동시장 참여 패턴을 결정하는 요인을 검토하였다. 아울러 논문의 말미에서는 이상의 분석 결과를 요약하고 몇 가지 정책적 함의를 도출하였다. The main purposes of this study is to find longitudinal patterns of work participation of disabled persons and the factors determining those patterns. Disables persons are challenged by various personal and social barriers in participating the labour market. Therefore, finding vulnerability in job participation patterns could be one of the most important research themes. Although a number of researches related to this issue have conducted and accumulated theoretical and empirical evidences, there have been few studies that consider that kind of vulnerability in time. So, this study conducts a sequence analysis trying to overcome these limitations. Especially, optimal matching algorithm and multi-nominal logistic regression analysis are used for the sequence analysis. The patterns of job participation of disabled persons and the factors affecting them are found from the analysis conducted in this study.

텍스트의 구조분석과 이야기

김휘택 중앙대학교 외국학연구소 2014 외국학연구 Vol.- No.28

This article aims to define the narrative sequence and to present its scheme. Since long ago, the "story" has been the subject of various theories which have gained much success. These studies have attempted to prove that there are certain models that can be applied to texts that are not stories. Although such efforts have not produced any groundbreaking outcomes, they have surely provided us the generalized criteria for the narrative analysis. As the story is often seen as a part of the text, the narrative sequence plays an effective role when analyzing texts as it maintains relationships with other sequences. In order to define the narrative sequence, we first try to grasp the characteristics of a narrative text. After, taking all of these into consideration, we may identify the exact dimension of the narrative sequence. In this article, we analyzed an extract from That Which Falls Has Wings, a novel written by Moonyeol Lee. Through this analysis, we actually found that the narrative sequence is useful for text analysis, and that it has various relationships with other sequences.

Sequence Analysis of E2 Glycoprotein from Indian Isolate of Classical Swine Fever Virus (CSFV)

( Mehak Bajwa ),( Ramneek Verma ),( Dipak Deka ),( Gagandeep Singh Dhol ),( Nagendra Nath Barman ) 한국미생물생명공학회(구 한국산업미생물학회) 2015 한국미생물·생명공학회지 Vol.43 No.1

CSF is a major concern for the swine industry, representing currently the most epizootically dangerous disease to the species. Numerous CSFV isolates with various degrees of virulence have already been isolated worldwide, ranging from low virulent strains that do not result in any apparent clinical signs to highly virulent strains that cause a severe per acute hemorrhagic fever with very high mortality. The molecular epidemiology of CSFVs has proven to be an essential tool for effective disease control and the development of safe and effective vaccines. Therefore, this study cloned and sequenced local CSFV isolates, and conducted a phylogenetic analysis based on the E2 glycoprotein encoding sequences.The RNA was extracted from PK15 cell culture passaged CSFV isolates, the cDNA prepared, and the complete E2 gene amplified with a product size of 1186 bp. The gelpurified PCR product was cloned into a pGEMT easy vector and the positive clone commercially sequenced. Aligning the nucleotide (1119 bp) and amino acid (373) sequences with 29 reference strains revealed nucleotide and amino acid sequence identities of 82.60-97.80% and 88.70-98.70%, respectively, indicating a higher mutation rate of the field CSFV strains. The phylogenetic analysis based on the complete E2 amino acid sequences also revealed a reliable differentiation of all the analyzed strains into specific genetic groups and subgroups, plus the local isolate (CSFV-E2) was found to cluster with the CSFV subgroup 2.2. Thus, the full-length E2 cds proved to be most suitable for a reliable and statistically significant phylogenetic analysis of CSFV isolates.