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페이지랭크를 이용한 암환자의 이질적인 예후 유전자 식별 및 예후 예측
최종환,안재균 한국정보과학회 2018 정보과학회논문지 Vol.45 No.1
The identification of genes that contribute to the prediction of prognosis in patients with cancer is one of the challenges in providing appropriate therapies. To find the prognostic genes, several classification models using gene expression data have been proposed. However, the prediction accuracy of cancer prognosis is limited due to the heterogeneity of cancer. In this paper, we integrate microarray data with biological network data using a modified PageRank algorithm to identify prognostic genes. We also predict the prognosis of patients with 6 cancer types (including breast carcinoma) using the K-Nearest Neighbor algorithm. Before we apply the modified PageRank, we separate samples by K-Means clustering to address the heterogeneity of cancer. The proposed algorithm showed better performance than traditional algorithms for prognosis. We were also able to identify cluster-specific biological processes using GO enrichment analysis. 암환자의 예후 예측에 기여하는 유전자를 찾는 것은 환자에게 보다 적합한 치료를 제공하기 위한 도전 과제 중 하나이다. 예후 유전자를 찾기 위해 유전자 발현 데이터를 이용한 분류 모델 개발 연구가 많이 이루어지고 있다. 하지만 암의 이질성으로 인해 예후 예측의 정확도 향상에 한계가 있다는 문제가 있다. 본 논문에서는 유방암을 비롯한 6개의 암에 대한 암환자의 마이크로어레이 데이터와 생물학적 네트워크 데이터를 이용하여 페이지랭크 알고리즘을 통해 예후 유전자들을 식별하고, K-Nearest Neighbor 알고리즘을 사용하여 암 환자의 예후를 예측하는 모델을 제안한다. 그리고 페이지랭크를 사용하기 전에 K-Means 클러스터링으로 유전자 발현 패턴이 비슷한 샘플들을 나누어 이질성을 극복하고자 한다. 본 논문에서 제안한 방법은 기존의 유전자 바이오마커를 찾는 알고리즘보다 높은 예측 정확도를 보여주었으며, GO 검증을 통해 클러스터에 특이적인 생물학적 기능을 확인하였다.
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최종환,박종재,지중배,현종진,김세윤,김지현,김병규,김지훈,장윤정,김철현,서연석,김진용,김재선,박영태 대한소화기내시경학회 2005 Clinical Endoscopy Vol.31 No.5
During endoscopy, most endoscopists insert endoscopes into the esophagus without visual aid in order to minimize the discomfort to patients. However, studies have shown that visual guided insertion imposes little discomfort, is safe and can increase the diagnostic rate of abnormal pathology of the throat. As for the treatment of hypopharyngeal lesions, cases of endoscopic treatment are rare and any guidelines have not been clearly defined yet. However, endoscopic treatment may be feasible in selected cases. Several procedures, such as endoscopic mucosal resection with cap (EMR-C) and saline injection polypectomy can be applied. We experienced seven patients who had benign hypopharyngeal masses that were removed endoscopically without serious complications. Compared to surgical treatment, endoscopic removal of the benign hypopharyngeal tumors does not require general anesthesia; it is simple, less invasive and less costly. Therefore, endoscopy should be regarded as a treatment option. However, further studies are required before widespread application of endoscopic removal for the definitive treatment of hypopharyngeal masses, including malignancies. 진단용 상부소화관 내시경 검사시 내시경 관찰은 구강, 하인두, 후두에서부터 시작되지만 흔히 내시경이 지나가는 통로로 인식하는 경우가 많으며 또한 삽입 당시 구역, 구토 등 환자의 고통을 최소화하기 위해서 내시경을 맹목적으로 삽입을 함으로써 인후두부를 관찰하지 않고 지나치는 경우가 많다. 그러나 내시경 검사는 먼저 구강과 인두를 통과하여 이루어지므로 주의를 기울여 이 부위의 이상 유무를 확인한다면 무증상 혹은 경미한 증상의 인후두 병변을 진단할 수 있다. 저자들은 최근 무증상, 상복부 통증 또는 이물감을 주소로 내원하여 시행한 상부소화관 내시경 검사에서 하인두 부위 이상을 발견하고 최종 진단 및 증상 소실 목적으로 내시경 시술로 특별한 합병증 없이 성공적으로 절제한 7명의 환자를 경험하였기에 문헌 고찰과 함께 이를 보고한다.
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