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Development of a Virus Elution and Concentration Procedure for Detecting Norovirus in Oysters
Sookhee Ha,Gun-Jo Woo,In-Gyun Hwang,Weon Sang Choi 한국식품과학회 2009 Food Science and Biotechnology Vol.18 No.5
Low levels of virus contamination and naturally occurring reverse transcription-polymerase chain reaction (RTPCR) inhibitors restrain virus detection in oysters. A rapid and efficient oyster-processing procedure that can be used for sensitive virus detection in oysters was developed. Poliovirus type 1 Sabin strain was used to evaluate the efficacy of virus recovery. The procedure included (a) acid-adsorption and elution with buffers (0.25M glycine-0.14 M NaCl, pH 7.5; 0.25M threonine-0.14M NaCl, pH 7.5); (b) polyethylene glycol (PEG) precipitation; (c) resuspension in Tween 80/Tris solution and chloroform extraction; (d) the second PEG precipitation; (e) viral RNA extraction with TRIzol and isopropanol precipitation; and (f) RT-PCR combined with semi-nested PCR. The overall recovery of elution/concentration was 19.5% with poliovirus. The whole procedure usually takes 19 hr. The overall detection sensitivity was 4 RT-PCR units of genogroup I norovirus (NoV) and 6.4 RT-PCR units of genogroup II Nov/25 g of oysters initially seeded. The virus-detecting method developed in this study should facilitate the detection of low levels of NoV in oysters.
Sensitivity Analysis of Copula Survival Models for Clustered Survival Data
Sookhee Kwon,Lin Hao,Il Do Ha 계명대학교 자연과학연구소 2020 Quantitative Bio-Science Vol.39 No.2
Copula-based regression models have often been used for the analysis of clustered multivariate survival data. In particular, the Archimedean copula function is useful for modeling such dependency. For likelihood inference, one- and two-stage estimation methods are usually used. In this study, we focused on the behavior of the estimated model parameters against misspecification of Archimedean copular models. For this purpose, we investigated this sensitivity using simulation studies and real data analysis. The simulation results demonstrate that the estimated regression parameters are robust against misspecification of the copula model under the two-stage procedure but that they are not under the one-stage procedure.
상관된 생존 자료에 대한 코플라 모형과 프레일티 모형의 비교
권숙희(Sookhee Kwon),하일도(Il Do Ha) 한국데이터정보과학회 2019 한국데이터정보과학회지 Vol.30 No.3
상관된 생존 자료 (correlated survival data)의 분석을 위해 코플라 (copula) 모형과 프레일티 (frailty) 모형이 폭 넓게 사용되어 왔다. 하지만 코플라 모형은 주변 모형 (marginal model)인 반면프레일티 모형은 조건부 모형 (conditional model)으로서 두 모형은 서로 다른 형태의 모형이다. 이러한 두 모형에 대해 모의실험을 통한 추정 결과의 비교 및 민감도 분석 (sensitivity analysis) 등의 연구는 미흡한 실정이다. 따라서 본 논문에서는 다양한 군집의 크기 (cluster size)를 갖는 상관된 생존 자료에 대해 두 모형에 관한 비교 연구를 하고자 한다. 최근에 개발된 다양한 R 패키지를 이용하여 코플라 모형과 프레일티 모형을 적합하는 방법에 대해 설명하고, 모의실험 및 실제 자료를 이용하여 두 모형의 적합 결과를 비교한다. 특히, 생존 자료간 상관성의 강도가 증가함에 따라 두 모형의 결과간 차이가 커진다는 사실을 발견하였다. Copula model and frailty model have been widely used for analyzing correlated or multivariate survival data. However, both models are different because copula model is marginal whereas frailty model is conditional. In this paper, we compare the behaviors of both models for correlated survival data with various cluster sizes. We explain how to fit both models using recent R packages, and compare the results of fitting both models via simulation study and two real data. In particular, we found out that the results from both models are more different as the strength of correlation among survival times increases.
김준철(Jun Cheol Kim),권숙희(Sookhee Kwon),하일도(Il Do Ha),나명환(Myung Hwan Na) 한국데이터정보과학회 2021 한국데이터정보과학회지 Vol.32 No.2
4차 산업혁명 기술 융합과 혁신으로 최근 농업 분야에서 정보통신기술을 접목하여 적정한 생육환경을 유지하고 관리할 수 있도록 스마트팜의 보급과 확산이 활발히 이뤄지고 있다. 본 연구에서는 스마트팜 빅데이터로부터 실제로 수집된 주별 토마토 자료를 활용하여 생존분석 결과를 제시하고자 한다. 여기서 관심사건에 대한 생존시간을 수확시간 (착과부터 수확까지의 시간)으로 정의하고 계산된 수확시간을 통해 통상적으로 고려되는 환경변수인 내부온도, 내부습도, CO2농도 그리고 누정일사량 등 관심 있는 환경 요인의 그룹 변수의 누적수확 확률에 대한 비모수적 추정 결과를 제시한다. 나아가, 가속화 실패시간 모형과 벌점화 가능도를 이용하여 생존시간에 중요한 영향을 주는 요인을 찾고자 한다. 본 논문에서는 벌점함수로서 LASSO, ALASSO, SCAD, HL (hierarchical likelihood)을 사용한다. 추가적으로 네 가지 벌점화 변수 선택 방법에 따른 예측 모형의 성능을 평가하였다. With technological convergence and innovation following the 4th industrial revolution, smart farms are recently spreading to maintain an appropriate cultivation environment by grafting information and communication technology into the agricultural field. In this paper, we present the results of survival analysis using weekly tomato data actually collected from smart farm big data. Here, the survival time for the event of interest is defined as the harvest time (time from fruiting to harvesting). In addition, nonparametric estimation results of the cumulative harvest probability of the group variables of interest such as internal temperature, internal humidity, CO2 concentration, and cumulative insolation, which are important environmental factors, are presented through the calculated harvest time. Furthermore, using the acceleration failure time (AFT) model and the penalized likelihood, we present the factors that have an important influence on the survival time. Here, we use LASSO, ALASSO, SCAD, and HL (hierarchical likelihood) as the penalty function. In particular, we evaluate the performance of the prediction model according to the four penalized variable selection methods via MSE (mean squared error) and C-index (concordance index).
부산ㆍ경북지역 초ㆍ중학교 급식메뉴의 나트륨 함량 및 학생들의 나트륨 섭취 실태 조사
이휘재(Hweejae Lee),이창희(Changhee Lee),이광수(Kwangsu Lee),정영지(Youngji Jung),하숙희(Sookhee Ha),정유영(Yooyoung Jung),김동술(Dongsul Kim) 한국식품영양과학회 2010 한국식품영양과학회지 Vol.39 No.1
본 연구에서는 부산ㆍ경북 지역 초ㆍ중학교 단체급식에 함유된 나트륨 함량 및 초ㆍ중학생들의 나트륨 섭취량 실태를 조사하여, 단체급식 중 나트륨 함량 및 섭취량 데이터를 확보하고자 하였으며 나트륨 섭취 저감화 사업 등의 과학적 기초자료 마련에 기여하고자 하였다. 식품군별 나트륨 함량은 소스류(1459 ㎎/100 g)와 절임류(1165 ㎎/100 g)가 높게 나타났고, 이어서 구이류(894 ㎎/100 g), 조림류(786㎎/100 g), 김치류(737 ㎎/100 g), 볶음류(624 ㎎/100 g), 무침ㆍ나물류(444 ㎎/100 g), 튀김류(434 ㎎/100 g) 순으로 높게 나타났다. 초등학생들의 식품 섭취량은 주식인 면류(223 g/인), 일품식류(186 g/인), 밥류(122 g/인), 죽류(116g/인)가 높게 나타났고, 이어서 유제품(106 g/인), 탕ㆍ전골류(77 g/인), 국류(70 g/인), 찌개류(56 g/인), 과일류(44 g/인) 순으로 높게 나타났다. 초등학생들의 나트륨 섭취량은 주식인 면류(665 ㎎/인), 일품식류(558 ㎎/인), 죽류(329㎎/인)가 높게 나타났고, 이어서 탕ㆍ전골류(227 ㎎/인), 소스류(219 ㎎/인), 국류(200 ㎎/인), 구이류(194 ㎎/인), 찌개류(178 ㎎/인), 튀김류(159 ㎎/인)가 높게 나타났다. 중학생들의 식품 섭취량은 주식인 일품식류(325 g/인), 면류(323 g/인), 밥류(180 g/인), 죽류(156 g/인)가 높게 나타났고, 이어서 탕ㆍ전골류(131 g/인), 음료(123 g/인), 찌개류(98g/인), 국류(90 g/인), 유제품(76 g/인) 순으로 높게 나타났다. 중학생들의 나트륨 섭취량은 주식인 일품식류(1039 ㎎/인), 면류(819 ㎎/인), 죽류(530 ㎎/인)가 높게 나타났고, 이어서 탕ㆍ전골류(374 ㎎/인), 튀김류(330 ㎎/인), 찜류(323 ㎎/인), 국류(316 ㎎/인), 볶음류(295 ㎎/인) 순으로 높게 나타났다. 한 끼당 나트륨 섭취량은 초등학생의 경우 1인당 605 ㎎(저학년 남자), 572 ㎎(저학년 여자), 774 ㎎(고학년 남자), 730 ㎎(고학년 여자)이며, 중학생의 경우 1인당 1423 ㎎(남자), 1063 ㎎(여자)로 나타났다. 이상으로 보아 고학년으로 올라갈수록 학교급식 한끼를 통해 섭취하는 나트륨의 양이 한국인(9세 이상) 나트륨 상한섭취량인 2000 ㎎/day에 가까워지고 있음을 알 수 있었다. 따라서 학생들의 위해가능 영양성분인 나트륨의 섭취량 저감화를 위해서는 학교급식에 대한 나트륨 섭취 권고안을 만들고, 저감화 방안을 제시하며, 이를 식단에 반영할 수 있는 지침을 개발하는 것이 시급함을 알 수 있었다. 본 연구결과를 통해 나트륨 섭취 저감화 등 어린이 보건 향상을 위한 식품안전정책의 기초자료로 활용될 수 있기를 기대한다. Sodium is a major component that maintains homeostasis and physiological state in body. It is an essential mineral that the body cannot produce for itself, so it must be supplied from food. On the other hand, overindulgence is one cause of hypertension, stroke, stomach cancer, osteoporosis and kidney disease. The purpose of this study was to monitor sodium content in meals of school foodservice. In this study, 801 samples (main/side dishes) were collected from 8 school foodservice in Busan and Gyeongsangbuk-do, Korea. Samples were classified into 21 food items, which were cooked rices, cooked rice with seasoning, noodles, cooked gruels, soups, stews, tang and chon-gol, stir-fried foods, fried foods, pan-fried foods, hard-boiled foods, roasted foods, steamed foods, seasoned vegetables, preserved foods, kimchis, sauces, fruits, breads and snacks, beverages, and dairy products. The samples were analyzed by AAS (atomic absorption spectrometry) after microwave digestion. The sodium content of sauces (1459 ㎎/100 g) and preserved foods (1165 ㎎/100 g) was higher than those of other dishes. Aside from them, sodium contents of roasted foods (894 ㎎/100 g), hard-boiled foods (786 ㎎/100 g) and kimchis (737 ㎎/100 g) were relatively higher than the others. Sodium intakes from meals of school foodservice were calculated by multiplying food intakes by sodium contents. The average sodium intakes from one serving of school foodservice were 605 ㎎ for younger boys, 572 ㎎ for younger girls, 774 ㎎ for older boys, 730 ㎎ for older girls in elementary school. Boys in middle school took in 1423 ㎎ Na whereas girls consumed 1063 ㎎ Na in middle school. Results from this study can be useful for establishing database of sodium contents and intake in meals of school foodservice. The database will be helpful for providing information on managing food for children.