Random Amplified Polymorphic DNA (RAPD) 분석법을 이용한 Vibrio vulnificus의 분류

조상원,김수현,신명근,신종희,서순팔,양동욱,조상원,김수현,신명근 대한임상병리학회 1997 대한임상병리학회지 Vol.17 No.6

RAPD표지인자를 이용한 3종의 가리비에 대한 유전적 유연관계

지희윤,김윤경,박영재 한국패류학회 2001 The Korean Journal of Malacology Vol.17 No.1

PCR-RAPD 표지인자를 이용하여 비단가리비와 큰가리비 그리고 해만가리비의 유전적 유연관계를 조사하였다. 60개의 random primer중 6개의 primer를 선택하여 시료들의 RAPD 양상을 비교하였다. 모든 primer들은 서로 다른 속의 가리비 종류에 대하여 특이적 RAPD band 형태를 나타내었다. 비단가리비에서는 패각 크기와 색깔의 특성이 두 집단간의 현저한 차이를 나타내었다. 그러나 RAPD 양상은 두 지리적 집단간에 유전적 차이를 보이지 않았다. 다형성 RAPD 대립인자들이 각 가리비종의 동일 집단에서 관찰되었다. 그러므로 RAPD 표지인자는 가리비를 동정하고 가리비 집단 구조를 연구하는데 유용하다고 사료된다. The genetic relationship was examined with PCR-RAPD markers among three scallop species, Chlamys farreri farreri, Patinopecten yessoensis, and Agropecten irradians. Six primers were selected from 60 primers used to compare PCR-RAPD profiles among species. All primers showed distinct RAPD band patterns between the three species. In Chiamys farreri farreri, the morphological characteristics such as shell size and color were considerably different between the two geographical populations. RAPD profile, however, showed that no significant genetic differences were found between the two geographical populations. Polymorphic alleles were observed within a population of each species. Thus, PCR-RAPD markers are useful in identifying scallop species and in understanding scallop population genetic structure.

RAPD 다형성 및 ABO 유전자형 분석을 통한 사상체질간 유전적 거리에 관한 연구

이휘철,조동욱,조중호,이창수 건국대학교 자연과학연구소 1999 建國自然科學硏究誌 Vol.10 No.2

본 연구는 사상체질인 태음인, 소음인 그리고 소양인간의 유전적 상관관계를 Random Amplified Polymorphic DNA(RAPD) 분석법 및 ABO 유전자형의 대립유전자의 빈도 분석을 통하여 실시하였다. 체질간 DNA 다형성을 검출할 수 있는 RAPD 분석용의 primer의 빠른 선별을 위해 체질별 혼합된 DNA 시료를 분석에 사용하였다. 일차적으로 200종류의 RAPD primer로부터 다형성을 보이는 7종류의 primer를 선별하였다. RAPD밴드로터 체질간 bandsharing(BS) 값은 0.68에서 0.71범위에 있었고, 유전적 거리는 BS 값에 의해 구했다. RAPD의 BS값에 의한 태음인과 소음인간 유전적 거리는 0.002이고, 이 두 체질과 소양인간에는 0.005로 분석되었다. 또한 체질별 ABO 유전형을 조사하여 그들의 대립유전자 빈도를 추정해 체질간 유전적 거리를 산출했다. 그 결과 태음인과 소음인사이에 유전적 거리는 0.014이고, 소양인과 나머지 두 체질간에는 0.032였다. 위와 같이 RAPD 분석법과 ABO 대립유전자의 빈도분석에 의한 체질간 상관관계는 두 방법 모두에서 태음인과 소음인이 소양인 체질보다 유전적으로 더 가깝게 나타났다. This study was carried out to be establish genetic understanding of Sasang constitutions of Teaumin, Soumin and Soyangin by Random Amplified Polymorphic DNA(RAPD) and ABO alleles frequencies analysis. We have applied RAPD analysis to pooled DNA sample as a means to achieve rapid screening of large numbers of primers for their capacity to reveal constitutions-specific polymorphisms. From initial 200 primers, 7 polymorphic primers between different constitutions were selected. The RAPD bandsharings(BS) values ranged from 0.68 to 0.71 for between three constitutions. The genetic distance between three constitutions was measured by BS values. Genetic distance by RADP analysis was 0.002 between Teaumin and Soumin, and 0.005 between Soyangin and the others. Three Sasang constitutions were investigated by the genotyping of ABO genotypes, and genetic distance was calculated from ABO allele frequencies in each constitution. As a result, genetic distance was 0.014 between Teaumin and Soumin, and 0.032 between Soyangin and the others. In conclusion, the genetic distance of Teaumin and Soumin was closer than that of Soyangin in the analysis of RAPD and ABO alleles frequencies.

리스테리아균의 특성분석을 위한 Molecular Typing 방법의 상호보완

임형근,홍종해,박경진,최원상 한국생명과학회 2003 생명과학회지 Vol.13 No.5

리스테리아를 보다 효과적으로 typing할 수 있는 방법을 찾기 위해 표준균주 13종을 대상으로 하여 RAPD, ERIC (Enterobacterial repetitive intergenic consensus) fingerprinting, ribotyping-PCR의 분리력을 비교해 보았다. DG107 (primer 6) 또는 DG122 (Lis 11) primer를 이용한 RAPD의 경우 11가지의 유형으로 분류되는 반면, ERIC fingerprinting은 9가지, ribotyping-PCR은 7가지씩의 유형을 보였다. 그러나 2가지 primer를 이용하여 각각 행한 RAPD 결과를 종합하거나, DG122를 이용한 RAPD와 ribotyping-PCR의 결과를 종합할 경우 13가지의 유형으로 모두 분리할 수 있었다. The results typed by random amplification of polymorphic DNA (RAPD) were compared with those obtained by Enterobacterial repititive intergenic consensus (ERIC) fingerprinting and ribotyping-PCR. The discriminatory power of RAPD typing was the best among the methods tested. RAPD typing with two different primers for 13 Listeria spp. reference strains produced 11 patterns each. In contrast, ERIC fingerprinting produced 9 patterns and ribotyping-PCR produced 7 patterns each. Composite of two separate RAPD (Lis 11 and primer 6) results or RAPD (Lis11)/ ribotyping-PCR differentiated all 13 Listeria spp. reference strains. Therefore, composite of 2 separate RAPD (Lis11 and primer 6) or composite of RAPD (Lis11)/ribotyping-PCR is expected the most promising approach for typing field isolated Listeria spp. strains.

마늘 유전자원의 주요 생리적 특성과 RAPD 페턴과의 관련성

송연상,최인후,장영석,안영섭,조상균,최원열 한국자원식물학회 2001 한국자원식물학회지 Vol.14 No.2

세계 각지에서 수집된 마늘 유전자원의 주요 생리적 특성과 RAPD 페턴과의 관련성을 검토하기 위하여 분석한 결과는 다음과 같다. 84개의 수집마늘의 생리적 특성들에 의한 다변량 해석의 결과 10개의 품종군으로 구분되어졌고 어느 품종군에도 속하지 않은 계통이 9개였다. 조만성은 주로 중국, 일본, 한국에서 수집된 마늘들에서 조생종마늘이 많았고 유럽원산의 마늘들에서는 만생형 품종이 많았으며 RAPD 마커 WE6 $l_{1,630}$과 상당한 관련을 보였다. 이차생장은 거의 대부분의 마늘들에서 나타나는 경향을 보였으나 동유럽지역 수집종에서 발생율이 높은 경향을 보였고 네팔을 중심으로 한 지역종들은 이차생장이 발생하지 않았다. 인편미분화는 유럽원산의 마늘들에서 많은 발생율을 보였지만 표지인자를 찾기는 어려웠다. 추대성은 RAPD마커 WF70$_{1,400}$에서 벤드가 나타난 마늘은 추대종 마늘이었다. 마늘 임성과 관련 된 RAPD 마커 는 WF64$_{1,400}$이 었으며 임성마늘에서 벤드가 나타났다. This study was conducted to clarify of relationship with major physiological characters and RAPD patterns of garlic(Allium sativum L.) germplasm collected from the worldwide using randomly amplified polymorphic DNA(RAPD) analysis. Eighty-four garlic accessions were classified into ten varietal groups by physiological characters with the single linkage clustering based on Q correlations. The majority was early maturing varieties collected from East-Asia, late maturing varieties were Europe. RAPD marker, $WE61_{1,630}$ was amplified with late maturing varieties and high correlation have shown, though three accessions weren't amplified. Clove undifferentiation and secondary growth had mainly occur accessions collected from Europe, but hadn't shown perfect linkage to RAPD. RAPD marker, $WF70_{1,400}$ appeared in bolting garlic and $WF64_{1,400}$ appeared only in fertile garlic. Unknown garlic amplified in $WF64_{1,400}$ might be fertile garlic, because of their collection site were from Central-Asia.

Random Amplified Polymorphic DNA Genotyping에 의한 항결핵제 내성 결핵균의 분자 역학적 특성

전종찬,전동석,김재룡 대한임상병리학회 2001 대한임상병리학회지 Vol.21 No.4

Sporothrix schenckii와 관련주에 대한 Random Amplified Polymorphic DNA (RAPD)분석

이지범,김민,이승철,원영호,김영표 대한의진균학회 2000 대한의진균학회지 Vol.5 No.3

Background: Sporotrichosis is a common deep cutaneous fungal disease caused by Sporothtix (S.) schenckii. The recent development of polymerase chain reaction (PCR) technology, in particular, arbitrarily primed PCR (AP-PCR) or random amplified polymorphic DNA (RAPD), has greatly enhanced the molecular detection and identification of various pathogenic agents, including fungi. Objective: This study was aimed to differentiate Sporothrix schenckii, and related fungi such as S. schenckii var. luriei, S. flocculosa, S. nivea, Ophiostoma stenoceras, and clinical isolates on the basis of distinct DNA band patterns in the RAPD. Methods: S. schendcii, S. schenckii var. luriei, S. flocculosa, S. niveㅁ, Ophiostoma stenoceras from ATCC and KCCM, and clinical 10 isolates from Chonnam University Hospital were used for RAPD analysis. For RAPD, 3 random primers were used. Genomic DNA was extracted by Liu method. Amplification reactions were performed in volumes of 50 μL containing 10 mM Tris-HCI (pH 8.3), 50 mM KCl, 1.5 mM MgCl2, 0.1% Triton X-100, 200μM dNTP mixture, 40 pM primer, 1 U of Taq polymerase, DNA 20 ng. Results: 3 decamers (5'-TGCCGAGCTG-3', 5'-AGTCAGCCAC-3', 5'-AATCGGGCTG-3') are generated in the RAPD, distinct DNA products from S. schenckii forming characteristic band patterns upon gel electrophoresis. Each random primer amplified characteristic same band patterns in DNA from clinical 8 isolates among 10 isolates, 2 isolates have different DNA band patterns. These results suggest of being a Sporothrix anamorph different from S. schenckii in Korea. Conclusion: With 2 random primers (5'-TGCCGAGCTG-3', 5'-AGTCAGCCAC-3') S. schenckii and related fungi investigated produced distinct DNA band patterns on gel electrophoresis. The RAPD was a very valuable laboratory method for identification of S. schenckii isolates. [Kor J Med Mycol 5(3): 113-119]

신생아 중환자실에서 발생한 Candida albicans 패혈증의 역학조사에 RAPD의 적용

신경섭,홍승복,신형식,박범수,손보라 대한임상병리학회 1999 대한임상병리학회지 Vol.19 No.4

Genetic Variation in Flammulina velutipes

김종봉(Jong Bong Kim),정자인(Ja In Jeong) 한국생명과학회 2011 생명과학회지 Vol.21 No.10

ITS 염기서열과 RAPD를 이용하여 F. velutipes 29개의 팽이버섯 품종 간의 유전적 변이를 분석하였다. ITS 부위에서 720 bp의 염기서열을 확인 하였으나 29개의 팽이품종간에 유의적인 차이가 없었다. RAPD 분석 결과 40개의 random primer 중 다형성을 나타내는 primer는 16개였으며, 그 중 뚜렸한 다형성을 띄는 primer는 OPA-2,4,3,9,10,20 이었다. 이들 29개 품종에서 primer에 의해 증폭된 밴드는 모두 3,030개 였으며, DNA 단편의 크기는 200~2,000 bp 사이에 위치하였다. 또한 3,030개의 scrabble RAPD band들을 marker로 하여 Nei-Li"s의 방법을 이용한 비유사도 지수행렬을 조사한 결과 전체 29개 품종의 종내 유전적 변이는 3.3~45%였고, 특히 한국 야생팽이의 종내 유전적 변이도는 17~38.6%로 품종 간 다형성을 확인하였다. RAPD 변이에 기초하여 neighbor-joining tree (NJ) 분석에서는 5개의 cluster로 구분되었으며, 각각의 cluster는 품종, 지역적 특성을 나타내었다. 본 연구 결과 RAPD와 실험을 통해 확인된 OPA, OPB primer의 경우 미확인 팽이품종들을 검색 하는데 분자 유전적 표지 maker로써 이용 할 수 있는 것으로 생각된다. A genetic variation within 29 strains of F. velutipes was analyzed by internal transcribed spacer (ITS) sequence analysis and random amplified polymorphic DNA (RAPD). Seven hundred and twenty base pairs were sequenced during the analysis of the ITS region, but no significant variation was observed among the 29 strains of F. velutipes. Sixteen out of 40 random primers amplified polymorphic RAPD fragment patterns. The polymorphic levels of RAPD bands by some primers (OPA-2,4,3,9,10,20) were very high in all 29 strains, with 3,030 fragments ranging between 200 and 2,000 bp. Intraspecific genetic dissimilarity of the 29 strains was calculated to range from 3.3% to 45% by Nei-Li’s method using these 3,030 RAPD bands. The genetic variation among Korean strains was relatively high, with dissimilarities ranging between 17% and 38.6%. In the Neighbor-Joining analysis using the genetic dissimilarities based on RAPD, all 29 strains were classified into 5 clusters. Strains in each cluster showed specific characteristics according to their origin and strains. These results suggested that OPA and OPB primers could be used for developing molecular genetic markers and screening of unidentified (F. velutipes) strains.

해조류로부터 Arbitrary 및 ITS Primer들을 사용한 직접 PCR 유전자 증폭반응의 한계

김용국,진형주,박선미,진덕희,홍용기 한국생명과학회 1999 생명과학회지 Vol.9 No.1

PCR 기법을 응용한 RAPD 방법은 대상 생물의 유전정보를 전혀 모르는 상태에도 arbitrary primer를 이용하여 증폭함으로써 생물 종간의 유전적 표식자를 확인할 수 있는 간편하고 유익한 유전분석 방법이다. 이같은 RAPD 방법을 이용하여 해조류 방사무늬 김, 미역, 구멍갈파래에 대하여 DNA를 추출하지 않고 직접 생 엽체 및 생 사상체, 생 배우체를 PCR template로 사용하여 PCR product를 생산하였다. 그러나 specific primer를 이용한 nulear r DNA의 internal trancribed spacer (ITS) 부위는 생성물을 만들지 못하였다. 간편한 LiCl 방법에 의하여 추출된 DNA를 사용하였을 때는 IST 및 RAPD 모두 PCR product를 생산하였다. 방사무늬 김의 엽체 (haploid)와 사상체 (dip-loid)로 부터의 ITS 생성물은 동일하였으나 RAPD 생성물은 사용한 arbitrary primer에 따라 36-50$\%$의 다른 band가 만들어졌다. 또한 직접 생 조직을 사용하였을때와 추출 DNA를 사용하였을 때도 53-57$\%$의 다른 band가 만들어 줬다. 그러므로 RAPD 방법으로 유전분석 실험에는 동일한 ploidy의 조직을 template로서 사용하는 것이 중요하다. The random amplified ploymorphic DNAs (RAPD) assay is a simple and useful tool in identification of appropriate genetic markers, that requires no knowledge of target DNA sequence. RAPD products were generated directly from seaweed tissues, without prior nucleic acid extraction, of Porphyra yezoensis, Ulva pertusa and Undaria pinnatifida. The nuclear rDNA internal transcribed spacer (ITS) fragment however was not amplified directly from the seaweed tissues. Using DNA extracted by the LiCl method, both the ITS and RAPD's have been amplified by the polymerase chain reaction. RAPD of P yezoensis, thallus (n) and conchocelis (2n) produced lots of different polymorphic bands (36-50$\%$) depending on the arbitrary primers used. Difference was also observed between direct tissues amplification and DNA extracts amplification (53-57$\%$). Thus it is important to use the same ploidy of tissue for DNA extraction and as a RAPD template.