MLS (macrolide-lincosamide-streptogramin B) 항생제 내성인자 단백질인 ErmSF의 domain발현

진형종 한국미생물학회 2001 미생물학회지 Vol.37 No.4

MLS (macrolide-lincosamide-streptogramin B) 항생제 내성인자 단백질인 Erm 단백질들은 아미노산 서열 중 그 동일성과 유사성이 높아 구조적으로도 동등한 단백질의 한 집단을 형성한다. 최근 X-ray crystallography에 의해 구조가 결정된 ErmC\` 및 ErmAM 단백질의 구조에 근거하여 ErmSF 단백질도 catalytic domain과 substrate binding domain으로 구분하였고 N-terminal end에 존재하는 catalytic domain의 대량생산을 다양한 pET 발현 vector를 사용하여 시도하였다. 그리고 catalytic domain을 coding하는 DNA 절편은 세 종류를 사용하였다: DNA 절편 1은 Met 1부터 Glu 186까지를 coding하고 DNA 절편 2는 Arg 60부터 Glu 186까지의 정보를 가진 DNA이고 DNA 절편 3은 Arg 60부터 Arg 240까지를 encoding하는 DNA이다. 사용된 다양한 발현 vector중에서 pET19b는 DNA 절편 3, pET23b는 DNA 절편 1과 2를 성공적으로 대량생산하였다. 그러나 대량생산된 catalytic domain들은 불용성 단백질 집합체인 inclusion body를 형성하였다. ErmSF catalytic domain들의 용해성 단백질의 생산을 위하여 chaperone GroESL과 Thioredoxin의 동시 발현 및 배양온도를 $22^{\circ}C$로 낮추어 시도했으나 대량 발현된 단백질의 용해에는 도움을 얻지 못하였다. Erm proteins, MLS (macrolide-lincosamide-streptogramin B) resistance factor proteins, show high degree of amino acid sequence homology and comprise of a group of structurally homologous N-methyltransferases. On the basis of the recently determined structures of ErmC` and ErmAM, ErmSF was divided into two domains, N-terminal end catalytic domain and C-terminal end substrate binding domain and attempted to overexpress catalytic domain in E. coli using various pET expression systems. Three DNA fragments were used to express the catalytic domain: DNA fragment 1 encoding Met 1 through Glu 186, DNA fragment 2 encoding Arg 60 to Glu 186 and DNA fragment 3 encoding Arg 60 through Arg 240. Among the pET expression vectors used, pET 19b successfully expressed the DNA fragment 3 and pET23b succeeded in expression of DNA fragment 1 and 2. But the overexpressed catalytic domains existed as inclusion body, a insoluble aggregate. To assist the soluble expression of ErmSF catalytic domains, Coexpression of chaperone GroESL or Thioredoxin and lowering the incubation temperature to $22^{\circ}C$ were attempted, as did in the soluble expression of the whole ErmSF protein. Both strategies did not seem to be helpful. Solubilization with guanidine-HCl and renaturation with gradual removal of denaturant and partial digestion of overexpressed whole ErmSF protein (expressed to the level of 126 mg/ι culture as a soluble protein) with proteinase K, nonspecific proteinase are under way.

작업기억에서의 영역 제한적인 저장 및 처리와 영역 일반적인 영역간 처리

박찬흠,이형철 한국인지및생물심리학회 2009 한국심리학회지 인지 및 생물 Vol.21 No.1

In order to examine whether storage and processing share common resources and whether storage as well as processing is domain general or domain specific, we measured short term memory capacity, working memory capacity and cross domain processing cost using simple span, complex span and cross domain processing task. Cross domain processing has been rarely considered in working memory study, however it is very important in the investigation of working memory structure. Storage measurements in simple span and complex span was significantly correlated, but simple span and manipulation measurements in complex span was not. The storage/manipulation measurements in complex span were lower in the same domain storage processing condition than in the different domain. These results imply that storage and low level processing(manipulation) are domain specific. Simple span, complex span and cross domain processing cost was not significantly correlated. Moreover, no significant performance difference was found between the same domain transformation and the different domain transformation. These results imply that cross domain processing is domain general and suggest the possibility that cross domain processing occurs in the structure such as episodic buffer proposed by Baddeley. 작업 기억에서의 저장과 처리 사이의 관계와 저장과 처리 각각에서 음운 영역과 시공간 영역 사이의 관계를 규명하기 위하여 단순기억용량 과제와 복합기억용량 과제를 사용하여 실험을 하였다. 또한 영역간 처리 과제를 사용하여 영역간 처리의 영역 제한적 특징과 작업 기억 구조의 특징을 연구하였다. 단순 기억용량 과제와 복합기억용량 과제의 저장 측정치는 높은 상관을 보이는 반면 단순기억용량 과제와 복합기억용량 과제의 조작 측정치는 낮은 상관을 보였다. 이 결과는 저장과 처리가 개별적인 자원을 가진다는 것을 시사한다. 복합기억용량 과제에서 저장과 처리가 다른 영역에서 이루어지는 조건에 비해 동일한 영역에서 이루어지는 조건에서 저장과 처리의 수행이 모두 저하 되었다. 이는 저장과 처리가 영역제한적인 성격을 가짐을 시사한다. 상이한 영역 사이의 처리 때문에 발생하는 처리의 비용은 단순기억용량 및 복합기억용량과 낮은 상관을 보였으며 하나의 자극형태에서 다른 형태로의 정보의 변형이 일어나는 경우에 동일 영역 내에서의 변형 조건과 다른 영역으로의 변형 조건 사이에 유의미한 차이가 나타나지 않았다. 이 결과는 저장과 처리와는 달리 영역간 처리는 영역일반적인 성격을 가지며, Baddeley가 제안한 임시 완충기와 같은 가외의 구성요소가 존재할 가능성을 시사한다.

도메인이름계약과 도메인이름권

이은영 法務部 商事法務課 2009 선진상사법률연구 Vol.- No.46

이 글은 종래의 도메인이름에 관한 편파적인 시각을 바로잡고 도메인이름을 인터넷주소의 기능을 하는 것에 초점을 맞추어 분석하려는 시도이다. 종래 도메인이름에 대한 법적 고찰은 대개 인터넷상거래를 위한 상표 및 서비스표라는 관점에서 도메인이름을 다루었다. 그러나 현재 도메인이름을 사용하는 자는 상인에 국한하지 않는다. 거의 모든 시민이 인터넷상 자신의 도메인이름을 몇 개씩 가지고 있으며, 인식하기 쉬운 키워드를 도메인이름으로 사용하고 있다는 사실에 착안하여 새로운 문제제기를 하였다. '도메인이름의 정의'의 부분에서는 도메인이름을 인터넷프로토콜주소를 가리키는 고유의 기능에 중점을 두고 새로이 정의 내렸다. 종래 도메인이름을 상표, 서비스표의 일종으로 파악하던 독자성부인설을 비판하고 독자성 인정설을 전개하였다. '도메인이름계약'에서는 도메인이름 및 인터넷키워드 사용계약에서의 등록인과 등록기관 사이의 계약관계를 분석하였다. 소비자는 도메인이름을 사용하기 위하여 등록기관에 자신이 선택한 단어 및 표식을 등록해 줄 것을 신청하고, 등록기관의 심사를 거쳐 자신의 도메인이름으로 할당받아 등록을 완료하게 된다. 소비자는 인식하기 쉬운 키워드를 자신의 도메인이름으로 사용하기 위하여 등록기관에 사용료를 지급해야 하는 인터넷키워드 사용계약을 체결하기도 한다. 후자의 유상계약에서는 특히 소비자를 보호해야 할 필요가 높다. 하지만 종래 법률가들은 도메인이름계약의 성질 및 내용에 대하여 관심을 기울이지 않았다. '도메인이름권의 물권성'에서는 라이센스설과 상대권설을 비판하고 절대권설을 취했으며 이에 따라 도메인이름권이라는 물권 유사의 권리를 인정하였다. 도메인이름권의 특이한 현상은 소비자가 등록기관과의 사용계약의 체결을 통해 사용권이라는 채권적 권리를 취득하지만, 등록을 하면 물권적 효력을 부여받게 된다는 점이다. 마치 부동산에 대한 소유권을 부동산등기를 통해 취득하는 것과 유사하며, 일단 도메인이름권을 취득한 다음에는 제3자의 방해를 배제할 수 있고, 타인에게 양도할 수 있는 물권과 유사한 절대권을 갖게 된다. 종래 라이센스설과 상대권설은 도메인이름의 전속적 배타적 성격을 간과하고 등록기관과 등록인의 채권적 관계만 단편적으로 파악하는 우를 범했다. 그러나 이 글에서는 도메인이름권이 갖는 양면성에 착안하여 절대권설을 주장하였다. 도메인이름의 등록인은 등록기관에 대한 관계에서는 채권적 사용권을 갖지만 제3자에 대한 관계에서는 물권과 같은절대권을 보유하게 되는 것이다. 만약 제3자가 부당하게 그 권리를 방해한 때에는 그 방해자에 대하여 등록말소청구권과 손해배상청구권을 가지고 구제를 받게 된다. 2004년 이후 인터넷주소자원법의 제정과 부정경쟁방지법의 개정 등으로 도메인이름권의 절대권으로서의 성격이 성문화되었으며, 2004년 대법원의 rolls-royce.co.kr.판례, viagra.co.kr판례 등으로 도메인이름권의 절대권성은 실무에서 확인되었다. 장래에는 도메인이름을 인터넷주소자원으로서 독자적 개념으로 파악하고 도메인이름 및 인터넷키워드의 사용계약의 성질 및 내용을 명확히 이해하여야 할 것이다. 아울러 '도메인이름권'이라는 개념을 인정하고 그 물권성에 기해 제3자에 대한 등록말소청구권을 행사하기 위한 요건을 명확히 정리하는 것이 필요하다. This article is part of an effort to correct existing prejudices on domain names and to analyze focusing on domain names' role as an internet address. The current legal contemplation on domain names has been mostly centered on domain names as a brand or a service mark for e-commerce. However, suppliers are not the only ones who use domain names. This problem has been raised because of the fact that almost every citizen has several personal domain names on-line and uses easy/recognizable keywords as domain names. A new definition on Internet is defined on 'Definition of Domain Names', stressing the original function of domain names as Internet Protocol Address. The ideology that views the Internet as a sort of a brand or service mark and which denies independence of the Internet is criticized and the ideology which acknowledges the internet's independence is developed throughout the article. 'Domain Name Agreement' stipulates an analysis about the relationship between registrant and domain name registrar when it comes to license agreement on domain name and Internet keyword. In order for the registrant to use a domain name, he or she must request the domain name registrar to register the chosen word or sign. After examination by the domain name registrar, the registrant is given a domain name and thus the registration process is finished. At times registrants, to be able to use easily recognizable keywords as their domain names, make an Internet Keyword contract, in which they have to pay the registrar. Especially in the latter case, which is an onerous contract, the registrant protection is of significant importance. Yet, in recent years, the law makers have not been paying much attention to the characteristics of domain name contract and its contents. The 'property rights of Domain Name' criticizes the theories of license and relative rights and advocates absolute rights and thus acknowledges property rights called domain-name rights. The unique facet about domain-name rights is that when a registrant forms a contract with a registrar the registrant attains a right related to credit, which is the right to use the name, whereas when he or she registers the registrant is given the power that is like the property rights. It is like how registrant attains the ownership of real estate through real estate registration. Once the domain-name rights is reached the registrant can eliminate interruption by the third party and gets an absolute right that resembles the property rights. The theory of license and the theory of relative rights overlooks the domain name's character of exclusivity. Moreover, they have made the mistake of having a fragmented perspective, which only recognizes the credit based relationship of the registrar and registrant. However, this article has articulated about the absolute right theory based on the fact that domain name performs double functions. The registrant gets the right to use domain name over the registrar, which works in a similar way with credits. However, when it comes to concerning the third party, the registrant has the absolute right, which is like the property rights. If the third party wrongly disturbs such right, the registrant has the right to cancel the registration and the right to demand compensation for the damage and be helped. Since year 2004, through enactment of the Internet Resource Act and revision of the Antimonopoly Act, the domain name agreement's trait as an absolute right has been codified. In the year 2004, the Supreme Court's ruling on rolls-royce.co.kr case and Viagra.co.kr case and etc has confirmed the absolute right theory of domain name agreement. In the future, domain name should be recognized separately as an Internet address resource. Furthermore, the characteristics and contents of the contract of domain name and Internet keyword should be understood clearly. The concept of 'Domain Name Agreement' should be acknowledged and in terms of property right, necessary conditions for using the right to cancel the registration against the third party should be defined plainly.

Comparison of Exon-boundary Old and Young Domains during Metazoan Evolution

이병욱 한국유전체학회 2009 Genomics & informatics Vol.7 No.2

Domains are the building blocks of proteins. Exon shuffling is an important mechanism accounting for combination of a limited repertoire of protein domains in the evolution of multicellular species. A relative excess of domains encoded by symmetric exons in metazoan phyla has been presented as evidence of exon shuffling, and symmetric domains can be divided into old and new domains by determining the ages of the domains. In this report, we compare the spread, versatility, and subcellular localization of old and new domains by analyzing eight metazoan genomes and their respective annotated proteomes. We found that new domains have been expanding as multicellular organisms evolved, and this expansion was principally because of increases in class 1-1 domains amongst several classes of domain families. We also found that younger domains have been expanding in membranes and secreted proteins along with multi-cellular organism evolution. In contrast, old domains are located mainly in nuclear and cytoplasmic proteins. We conclude that the increasing mobility and versatility of new domains, in contrast to old domains, plays a significant role in metazoan evolution, facilitating the creation of secreted and transmembrane multidomain proteins unique to metazoa.

Comparison of Exon-boundary Old and Young Domains during Metazoan Evolution

Lee, Byung-Wook Korea Genome Organization 2009 Genomics & informatics Vol.7 No.2

Domains are the building blocks of proteins. Exon shuffling is an important mechanism accounting for combination of a limited repertoire of protein domains in the evolution of multicellular species. A relative excess of domains encoded by symmetric exons in metazoan phyla has been presented as evidence of exon shuffling, and symmetric domains can be divided into old and new domains by determining the ages of the domains. In this report, we compare the spread, versatility, and subcellular localization of old and new domains by analyzing eight metazoan genomes and their respective annotated proteomes. We found that new domains have been expanding as multicellular organisms evolved, and this expansion was principally because of increases in class 1-1 domains amongst several classes of domain families. We also found that younger domains have been expanding in membranes and secreted proteins along with multi-cellular organism evolution. In contrast, old domains are located mainly in nuclear and cytoplasmic proteins. We conclude that the increasing mobility and versatility of new domains, in contrast to old domains, plays a significant role in metazoan evolution, facilitating the creation of secreted and transmembrane multidomain proteins unique to metazoa.

기억재현 지속학습을 활용한 다중 도메인 응답 생성

박형준,홍충선,박성배,송현제 한국정보과학회 2022 정보과학회 컴퓨팅의 실제 논문지 Vol.28 No.3

Multi-domain response generation is the task of generating responses to utterances that cover more than one domain. As the number of domains increases, multi-domain response generation must be able to respond appropriately to newly added domains as well as previously learned domains. However, previous studies based on fine-tuning with a new domain dataset have a problem that involves an inadequate response generation to pre-learned domains or a generation of domainindependent general responses. To solve this problem, the proposed model adopts a memory-replay continual learning to evolve a single-domain response generator to a multi-domain response generator. The model first learns a specific domain and retains some training instances in this domain for the next step. Then, the model is trained again with training instances for a new domain as well as the remaining instances. Since the remaining instances should represent the previous domains, the proposed method selects representative instances using clustering specialized to response generation. Through intensive experiments, the proposed method outperforms the baselines. 다중 도메인 응답 생성은 하나 이상의 도메인에 대해 입력되는 발화에 응답을 생성하는 문제이다. 여러 도메인을 대응해야 하는 환경에서 다중 도메인 응답 생성은 기존에 학습된 도메인뿐만 아니라 새로이 추가되는 도메인에 대해서도 적절히 응답할 수 있어야 한다. 기존 연구들은 기학습된 응답 생성 모델에 새로이 추가되는 도메인의 데이터로 미세 조정하였다. 하지만, 위 방법들은 기학습된 도메인에 대해 적절히 응답을 생성하지 못하거나 도메인과 무관한 일반적인 대답을 생성하는 문제가 있다. 본 논문에서는 기억재현 지속학습 기반 다중 도메인 응답 생성 모델을 구축하는 방법을 제안한다. 기억재현 지속학습 기반 응답 생성 모델은 이전 도메인 발화-응답 데이터 중 대표 데이터를 메모리에 저장해두고, 새로운 도메인의 데이터와 메모리에 저장된 데이터를 함께 활용하여 학습한다. 기학습된 도메인 중 일부분을 메모리에 저장 및 학습에 활용하여 새로운 도메인을 위해 모델을 갱신할지라도 도메인에 특화된 대답을 생성할 수 있다. 도메인에 특화된 대표 데이터를 생성하기 위해 본 논문에서는 k-평균 군집화를 활용한다. 실험에서 총 5개 도메인에 대해 순차적으로 학습하고 모든 도메인에 대해 응답을 제대로 생성하는지를 평가하였다. 실험 결과 제안한 응답 생성 모델이 모든 도메인에서 기존 비교 모델보다 우수한 성능을 보였다. 제안한 방법은 각 도메인별 성능 비교에서 비교 모델 대비 최대 4.45 BLEU 성능 향상을 얻었다. 뿐만 아니라 정성적 평가를 통해 제안한 방법이 비교 모델에 비해 도메인에 특화된 응답을 생성하는 것을 확인할 수 있었다.

An Overlapping Region between the Two Terminal Folding Units of the Outer Surface Protein A (OspA) Controls Its Folding Behavior

Makabe, Koki,Nakamura, Takashi,Dhar, Debanjan,Ikura, Teikichi,Koide, Shohei,Kuwajima, Kunihiro Elsevier 2018 Journal of molecular biology Vol.430 No.12

<P><B>Abstract</B></P> <P>Although many naturally occurring proteins consist of multiple domains, most studies on protein folding to date deal with single-domain proteins or isolated domains of multi-domain proteins. Studies of multi-domain protein folding are required for further advancing our understanding of protein folding mechanisms. <I>Borrelia</I> outer surface protein A (OspA) is a β-rich two-domain protein, in which two globular domains are connected by a rigid and stable single-layer β-sheet. Thus, OspA is particularly suited as a model system for studying the interplays of domains in protein folding. Here, we studied the equilibria and kinetics of the urea-induced folding–unfolding reactions of OspA probed with tryptophan fluorescence and ultraviolet circular dichroism. Global analysis of the experimental data revealed compelling lines of evidence for accumulation of an on-pathway intermediate during kinetic refolding and for the identity between the kinetic intermediate and a previously described equilibrium unfolding intermediate. The results suggest that the intermediate has the fully native structure in the N-terminal domain and the single layer β-sheet, with the C-terminal domain still unfolded. The observation of the productive on-pathway folding intermediate clearly indicates substantial interactions between the two domains mediated by the single-layer β-sheet. We propose that a rigid and stable intervening region between two domains creates an overlap between two folding units and can energetically couple their folding reactions.</P> <P><B>Highlights</B></P> <P> <UL> <LI> Elucidation of mechanisms of multi-domain protein folding is an important issue. </LI> <LI> A two-domain protein OspA is a useful model for studying the multi-domain folding. </LI> <LI> We show evidence for the presence of an on-pathway folding intermediate in OspA. </LI> <LI> A rigid and stable intervening region between the domains played a critical role. </LI> <LI> The presence of such a region can lead to coupled folding behavior of the domains. </LI> </UL> </P> <P><B>Graphical abstract</B></P> <P>[DISPLAY OMISSION]</P>

창의력의 영역 보편성과 특수성: 쟁점과 TTCT 창의력 검사의 분석

김영채 대한사고개발학회 2012 사고개발 Vol.8 No.1

창의력의 영역 보편성-특수성의 이슈는 창의력이 모든(또는 거의 모든) 지식 영역에 일반적이고 보편적인 것인가, 또는 어느 정도로 영역 특수성 때문에 제한될 수 있는 지를 질문한다. 보다 전통적인 시각에서는 창의적 사고기능은 창의관련의 거의 모든 창의관련과제에 적용할 수 있는 보편적인 것이라 보고 있고 전통적인 여러 창의력 이론과 창의력 검사들은 이러한 입장을 전제하고 있다. 그러나 구체적인 영역/과제에서의 창의적 성취를 다루는 적지 아니한 수의 연구들은 창의력은 영역 특수적 내지 세부 영역 특수적일 수 있음을 보여주고 있다. 본 연구에서는 먼저 창의력의 영역 보편성-특수성에 이슈에 대한 선행의 연구와 이론들을 분석적으로 종설해 보았으며. 다음으로 Torrance의 창의력 검사 TTCT의 언어검사와 도형검사의 상관관계를 분석하여 본 연구의 이슈에 대한 실증적인 자료를 얻고자 하였다. 마지막으로 선행연구의 종설과 TTCT 검사의 분석을 바탕하여 잠정적인 결론을 도출하고, 아울러 이러한 결론이 창의력의 교수-학습에 대하여 가질 수 있는 함의들을 몇 가지의 제안으로 제시하였다. 창의력은 전적으로 영역 보편적인 것도, 그리고 전적으로 영역 특수적인 것도 아니며, 그리고 창의력의 전이는 의도적으로 그리고 외현적으로 강조되지 않으면 쉽게 자동적으로 전이되는 것이 아니다. The issue of domain-generality vs. domain-specificity of creativity asks the question of whether creativity is general or specific or to what degree creative thinking skills are domain specific. The more traditional perspective is that creative thinking skills are rather general-purpose abilities which could be applied to any (or almost any) creativity-relevant domains/tasks and this view is predominantly presumed in many traditional grand theories and creativity tests including TTCT. However, recent studies, particularly those researches dealing with specific tasks and employing the creative performance shows that creativity might be very domain-specific. The claim that creativity is domain-specific appears to be of theoretical interest and of practical importance, specifically in deciding the teaching approaches and selecting the contents. This study reviewed the issue-related theories and researches relatively intensively. Then it examined the correlation between the Verbal-test and Figural- test of Torrance's TTCT (r=.43). And, finally, it proposed several tentative recommendations for the teaching-learning of creativity based on the conclusions drawn. Creativity seemed neither completely domain-general nor completely domain-specific. And simple transfer of creative thinking skills from one domain/task to other one appeared unlikely unless there had been varied practices in a variety of domains (and domain topics and topic genres) and sufficient practices.

Expanding domain method for 3D time-Laplace-domain hybrid modeling

Donghyun Ryu,Ahreum Kim,하완수 한국자원공학회 2015 Geosystem engineering Vol.18 No.5

Efficient wave propagation modeling is crucial for an efficient full waveform inversion (FWI). We adopt the expanding domain method to generate three-dimensional (3D) Laplace-domain wavefields. The Laplace-domain wavefields can be obtained by Laplace-transforming the time-domain wavefields. We accelerate the generation of Laplace-domain wavefields by applying the expanding domain method not only to the time domain wave propagation, but also to the Laplace transform by running integration. We compare three domain-expansion criteria and demonstrate that the absolute value criterion using is applicable to the Laplace domain. The method can be applied to 3D FWIs using time-domain modeling to generate Laplace or frequency domain wavefields.

UPPERS TO ZERO IN POLYNOMIAL RINGS OVER GRADED DOMAINS AND UMt-DOMAINS

Hamdi, Haleh,Sahandi, Parviz Korean Mathematical Society 2018 대한수학회보 Vol.55 No.1

Let $R={\bigoplus}_{{\alpha}{\in}{\Gamma}}\;R_{\alpha}$ be a graded integral domain, H be the set of nonzero homogeneous elements of R, and ${\star}$ be a semistar operation on R. The purpose of this paper is to study the properties of $quasi-Pr{\ddot{u}}fer$ and UMt-domains of graded integral domains. For this reason we study the graded analogue of ${\star}-quasi-Pr{\ddot{u}}fer$ domains called $gr-{\star}-quasi-Pr{\ddot{u}}fer$ domains. We study several ring-theoretic properties of $gr-{\star}-quasi-Pr{\ddot{u}}fer$ domains. As an application we give new characterizations of UMt-domains. In particular it is shown that R is a $gr-t-quasi-Pr{\ddot{u}}fer$ domain if and only if R is a UMt-domain if and only if RP is a $quasi-Pr{\ddot{u}}fer$ domain for each homogeneous maximal t-ideal P of R. We also show that R is a UMt-domain if and only if H is a t-splitting set in R[X] if and only if each prime t-ideal Q in R[X] such that $Q{\cap}H ={\emptyset}$ is a maximal t-ideal.