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Hadoop기반의 공개의료정보 빅 데이터 분석을 통한 한국여성암 검진 요인분석 서비스
박민희,조영복,김소영,박종배,박종혁,Park, Min-hee,Cho, Young-bok,Kim, So Young,Park, Jong-bae,Park, Jong-hyock 한국정보통신학회 2018 한국정보통신학회논문지 Vol.22 No.10
본 논문에서는 공개의료정보 빅데이터 분석을 위해 클라우드 환경에서 아파치 하둡 기반의 클라우드 환경을 도입하여 컴퓨팅 자원의 유연한 확장성을 제공하고 실제로, 로그데이터가 장기간 축적되거나 급격하게 증가하는 상황에서 스토리지, 메모리 등의 자원을 신속성 있고 유연하게 확장을 할 수 있는 기능을 포함했다. 또한, 축적된 비정형 로그데이터의 실시간 분석이 요구되어질 때 기존의 분석도구의 처리한계를 극복하기 위해 본 시스템은 하둡 (Hadoop) 기반의 분석모듈을 도입함으로써 대용량의 로그데이터를 빠르고 신뢰성 있게 병렬 분산 처리할 수 있는 기능을 제공한다. 빅데이터 분석을 위해 빈도분석과 카이제곱검정을 수행하고 유의 수준 0.05를 기준으로 단변량 로지스틱 회귀분석과 모델별 의미 있는 변수들의 다변량 로지스틱 회귀분석을 시행 하였다. (p<0.05) 의미 있는 변수들을 모델별로 나누어 다변량 로지스틱 회귀 분석한 결과 Model 3으로 갈수록 적합도가 높아졌다.
Interferon-γ가 인체 위암세포의 성장과 세포주기에 미치는 영향
박민희,진윤태,전훈재,이성준,이구,김광희,송치욱,엄순호,이상우,최재현,김창덕,류호상,유수진,손정원,현진해 (Min Hee Park,Yoon Tae Jeen,Hoon Jai Chun,Sung Joon Lee,Goo Lee,Kwang Hee Kim,Chi Wook Song,Soon Ho Um,Sang Woo Lee,Jai Hyun Choi,Chang Duk K 대한소화기학회 1999 대한소화기학회지 Vol.33 No.1
Background/Aims: The aims of this study were to examine the in vitro effects of IFN (interferon)-γ on growth of human stomach cancer cell lines and to investigate the antiproliferative effects of IFNγby cell cycle regulation. Methods: Three human gastric cancer cell lines, SNU-1, SNU-16 and AGS, and recombinant human IFN-γwere used. The cells were treated with IFN-γfor various time frames and/or at various concentrations and then, DNA synthesis, cell cycle and the expression of cel cycle regulators were examined. Results: IFN-γinhibited the proliferation of SNU-1 and SNU-16 in time- and concentration- dependent manners as judged by [3H]-thymidine incorporation assay. In the cell cycle analysis of SNU-1 and SNU-16, IFN-γinduced G1 block at the cell cycle. IFN-γincreased the expression of two or all three of the cycline-dependent kinase (CDK) inhibitors p21WAF1, p27Kip1, and p16INK4, depending on the cell line. Conclusions: These data suggest that the antiproliferative effect of IFN-γon human stomach cancer cell lines was mediated by increase in the expression of CDK inhibitors and blocking cell cycle at G1-S transition. (Kor J Gastroentero)1999;33:38 - 50)
여성 문제음주자의 건강행태와 건강관련 삶의 질이 우울에 미치는 영향
박민희(Park, Min Hee),전해옥(Jeon, Hae-Ok) 한국산학기술학회 2015 한국산학기술학회논문지 Vol.16 No.11
본 연구의 목적은 한국 여성 문제음주자의 음주실태, 건강행태, 건강관련 삶의 질과 우울의 정도를 파악하고, 건강행 태와 건강관련 삶의 질이 우울에 미치는 영향을 파악하는 것이다. 본 연구는 보건복지부와 질병관리본부에 의해 2010년 1월 부터 2012년 12월까지 시행된 제 5기 국민건강영양조사의 원시자료를 사용하였다. 본 연구의 대상자는 AUDIT(Alcohol Use Disorder Identification Test)에 의해 8점 이상으로 분류된 여성 문제음주자 328명이었으며, 자료는 IBM SPSS 21.0 프로그램 으로 복합표본 분석하였다. 연구결과, 높은 수준의 스트레스를 인지하는 대상자와 건강관련 삶의 질이 낮은 대상자는 우울을 경험할 위험이 증가하였다. 또한 1-4시간의 수면을 취하는 대상자는 8시간 이상 수면을 취하는 대상자에 비해 우울을 경험할 위험이 증가하는 것으로 나타났다. 그러므로 한국 여성 문제음주자의 우울 및 정신건강 향상을 위해 이에 영향을 주는 요인 인 스트레스, 수면, 건강관련 삶의 질 향상에 관심을 가져야 할 것이다. 특히 위험도가 높았던, 높은 수준의 스트레스를 인지 하는 여성 문제음주자의 우울 관리를 위한 치료적 지지체계가 계획되어야 할 것이다. The purpose of this study is to investigate the drinking status, health behaviors, health related quality of life and depression among female problem drinkers and to examine the impact of their health behavior and health related quality of life on depression. The data of this study were derived from the 5th Korea National Health and Nutrition Examination Survey conducted during January 2010-December 2012. As for the subjects of this study, 328 female problem drinkers were selected who were classified as those with 8 or higher scores in the AUDIT, and complex samples analysis was conducted using the IBM SPSS Statistics version 21.0 software package. The study result showed that the risk of experiencing depression increased among subjects with a high level of perceived stress and subjects with a low level of health related quality of life. In addition, the risk of experiencing depression increased among subjects with 1-4 hours of sleep time compared to subjects with 8 or more hours of sleep time. Accordingly, it would be necessary to pay attention to stress, sleep time and health related quality of life that are related influencing factors for the improvement of depression and mental health of Korean female problem drinkers.
ATF3를 통한 caffeic acid phenethyl ester에 의한 NAG-1 유전자의 발현 증가
박민희(Min-Hee Park),정정욱(Chungwook Chung),이승호(Seong Ho Lee),백승준(Seung Joon Baek),김종식(Jong Sik Kim) 한국생명과학회 2018 생명과학회지 Vol.28 No.1
NAG-1 단백질은 TGF-β superfamily 유전자로서 암세포의 apoptosis를 유도하고 항암 활성과 관련이 있는 것으로 알려져 있다. 본 연구에서는 프로폴리스 유래의 파이토케미칼 CAPE (caffeic acid phenethyl ester)에 의한 항암유전자 NAG-1의 발현과 발현조절에 대해 연구하였다. 인간 대장암 세포주 HCT116에서 CAPE의 처리에 의해 농도의존적, 시간의존적으로 NAG-1의 발현이 증가됨을 확인하였다. 게다가, 다른 대장암 세포주인 LOVO 세포주에서도 농도의존적으로 NAG-1의 발현이 증가됨을 확인하였다. p53-null HCT116세포주를 이용한 실험에서 CAPE에 의한 NAG-1의 발현은 전사조절인자인 p53에 의존하지 않음을 증명하였다. 또한, 3가지 종류의 NAG-1 프로모터 construct를 이용한 실험에서, cis-element 후보가 -474와 -1,086사이에 있음을 증명하였다. CAPE에 의해 전사조절인자인 ATF3와 CREB의 발현이 변화되는 지를 확인한 결과, CREB은 전혀 발현이 증가되지 않는 반면 ATF3는 CAPE 처리에 의해 농도의존적으로 발현이 증가함을 확인하였다. 그리고, pCG-ATF3와 pCREB의 cotransfection 실험에서 CREB은 NAG-1의 발현에 영향을 못 미치는 반면, ATF3의 과대발현에 의해 NAG-1의 발현 이 증가됨을 확인하였다. 결론적으로, CAPE에 의한 NAG-1의 발현은 주로 전사조절인자인 ATF3를 경유하여 일어남을 시사한다. Non-steroidal anti-inflammatory drug-activated gene-1 (NAG-1) is a transforming growth factor beta (TGF-β) superfamily gene associated with pro-apoptotic and anti-tumorigenic activities. In the present study, we investigated if caffeic acid phenethyl ester (CAPE) derived from propolis could induce the expression of anti-tumorigenic gene NAG-1. Our results indicate that CAPE significantly induced NAG-1 expression in a time- and concentration-dependent manner in HCT116 cells. We also found that CAPE induced NAG-1 expression in a concentration-dependent manner in another human colorectal cancer cell line, LOVO. In addition, CAPE triggered apoptosis, which was detected with Western blot analysis using poly-(ADP-ribose) polymerase antibody. NAG-1 induction by CAPE was not dependent on transcription factor p53, which was confirmed with Western blot analysis using p53 null HCT116 cells. The luciferase assay results indicated that the new cis-elements candidates were located between -474 and -1,086 of the NAG-1 gene promoter. CAPE dramatically induced activating transcription factor 3 (ATF3) expression, but not cAMP response element-binding protein (CREB), which shares the same binding sites with ATF3. The co-transfection experiment with pCG-ATF3 and pCREB showed that only ATF3 was associated with NAG-1 up-regulation by CAPE, whereas CREB had no effect. In conclusion, the results suggest that CAPE could induce the expression of anti-tumorigenic gene NAG-1 mainly through ATF3.
Global Gene Expression Changes by Several Phytochemicals in Human Colorectal Cancer Cell
Min-Hee Park(박민희),Eun Hee Kwak(곽은희),Ho-Yong Sohn(손호용),Thomas Eling,Jong-Sik Kim(김종식) 한국생명과학회 2011 생명과학회지 Vol.21 No.9
파이토케미칼은 식물유래의 비 영양 성분으로서 항염증, 항산화, 및 화학적 암 예방 등의 생리활성을 가지고 있는 물질이다. 본 연구에서, 우리는 다섯 가지의 다른 파이토케미칼(resveratrol, genistein, epicatechin gallate, diallyl disulfide, caffeic acid phenethyl ester)이 대장암 세포주의 성장과 유전자 발현에 미치는 영향을 연구하였다. 세포 생존율 연구결과, 처리한 ECG를 제외한 모든 파이토케미칼에 의해 농도의존적으로 세포생존율이 감소함을 확인하였다. 또한, oligo DNA microarray 실험을 통해 다섯 종류의 파이토케미칼에 의해 공통적으로 증가되는 유전자 6개와 공통적으로 발현이 감소되는 유전자 7개를 선별하였다. 공통적으로 발현이 증가되는 유전자를 선택하여 RT-PCR 방법을 통해 발현을 증명하였다. 또한, 파이토케미칼에 의한 NAG-1 단백질의 발현 증가도 확인하였다. 이러한 연구결과는 파이토케미칼에 의해 중재되어 지는 화학적 암 예방법의 일반적인 분자 기전을 이해하는데 도움을 줄 것으로 생각된다. Phytochemicals, non-nutrient chemicals derived from plants, have been shown to have anti-inflammation, anti-oxidation, and chemopreventive effects. In the current study, we investigated whether five different phytochemicals (resveratrol, genistein, epicatechin gallate, diallyl disulfide, and caffeic acid phenethyl ester) alter cell growth and gene expression in human colorectal cancer HCT116 cells. Using a cell viability assay, we found that each of the phytochemicals tested inhibited HCT116 cell growth in a dose-dependent manner. Additionally, using human oligo DNA microarray analysis, we found that only six genes were commonly up-regulated and seven genes were commonly down-regulated in response to each phytochemical treatment. For the commonly up-regulated genes, the microarray analysis was confirmed by reverse transcription.PCR using gene-specific primers. In addition, NAG-1 protein was up-regulated by all treated phytochemcials. The results of this study may help to enhance our understanding of the general molecular mechanisms of chemoprevention that are mediated by phytochemicals in human colorectal cancer.
식품 내의 잔류 항생제에 대한 미생물학적 간이검사법의 평가 및 개선
박민희 ( Min Hee Park ),김태운 ( Tae Woon Kim ),조남욱 ( Nam Uk Jo ),정지윤 ( Ji Yoon Jeong ),이순호 ( Soon Ho Lee ),이종옥 ( Jong Ok Lee ),김해영 ( Hae Yeong Kim ) 한국미생물생명공학회 2008 한국미생물·생명공학회지 Vol.36 No.4
For the screening of residual antibiotics in foods, bioassays and microbiological inhibitor tests are commonly applied. These methods are tested by the various susceptibility of bacteria against different kinds of antibiotics. However, the sensitivity of bioassay is generally insufficient to detect some residual antibiotics at level of interest. This study was performed to investigate the detection limit of variable antibiotics of the bioassay and to improve the sensitivity to some antibiotics. The sensitivity of bioassay using Bacillus megaterium ATCC 9885, B. subtilis ATCC 6633, B. cereus ATCC 11778 and Geobacillus stearothermophilus ATCC 10149 was low in the detection of macrolides, quinolones, chloramphenicol, and monensin. On the contrary, Micrococcus luteus ATCC 9341 showed high sensitivity to macrolides and Escherichia coli ATCC 11303 was highly sensitive to quinolones and aminoglycosides. Consequently, both strains would be useful to improve sensitivity of bioassay with a wide detection range.
철 킬레이터로서의 tetraphenylporphine의 혈관평활근세포의 성장억제효과와 고분자 코팅막으로부터의 방출 특성
박민희 ( Min Hee Park ),강수용 ( Soo Yong Kang ),박현정 ( Hyun Jeong Park ),서진선 ( Jin Seon Seo ),박영아 ( Young A Park ),김지은 ( Ji Eun Kim ),김양근 ( Yang Geun Kim ),왕배건 ( Bae Geon Whang ),오돈치멕문크자갈 ( Odonchimeg Munkh 한국약제학회 2008 Journal of Pharmaceutical Investigation Vol.38 No.2