2차원 전기영동 영상에서 잡영을 제거하기 위한 적응적인 문턱값 결정

최관덕,김미애,윤영우,Choi, Kwan-Deok,Kim, Mi-Ae,Yoon, Young-Woo 한국융합신호처리학회 2008 융합신호처리학회 논문지 (JISPS) Vol.9 No.1

One of the problems for implementing the spot detection phase in the 2-DE gel image analysis program is the eliminating noises in the image. Remained noises after the preprocessing phase cause the over-segmented regions by the segmentation phase. To identify and exclude the over-segmented background regions, if we use the fixed thresholding method that is choosing an intensity value for the threshold, the spots that is invisible by the eyes but mean a very small amount proteins which have important role in the biological samples could be eliminated. This paper propose an adaptive thresholding method that come from an idea that is got on statistical analysing for the prominences of the peaks. The adaptive thresholding method works as following. Firstly we calculate an average prominence value curve and fit it to exponential function curve, as a result we get parameters for the exponential function. And then we calculate a threshold value by using the parameters and probability distribution of errors. Lastly we apply the threshold value to the region for determining the region is a noise or not. According to the probability distribution of errors, the reliability is 99.85% and we show the correctness of the proposed method by representing experiment results. 2차원 전기영동 영상 분석 프로그램의 반점 검출 단계에서 해결해야할 문제점 중에 하나는 잡영 제거의 문제이다. 전처리과정에서 처리되지 않고 남은 잡영은 영역분할 결과 과분할되는 문제를 낳는다. 과분할된 배경 영역을 구분하고 제외시키기 위해서 일정한 밝기 이상의 영역을 제거하는 고정 문턱값을 사용하여 영역을 제거하면, 육안으로는 보이지 않으나 중요한 기능을 하는 미량의 단백질을 나타내는 반점들이 제외될 수도 있다. 제안 기법은 영역분할 후에 영역들의 첨도의 평균 곡선을 지수함수에 회귀분석하여 매개변수를 구한 다음, 오차의 확률분포에 따라서 매개변수들로 문턱값을 구하여 적용한다. 오차의 확률분포에 따르면 문턱값 적용의 신뢰도는 99.85%이며, 제안기법을 실험 영상으로 실험한 결과로써 적응적 문턱값 결정 기법이 정확함을 보인다.

Annotation을 가지는 함수언어의 설계 및 번역기 전반부 구현

최관덕 한국컴퓨터정보학회 1998 韓國컴퓨터情報學會論文誌 Vol.3 No.1

2차원 전기영동 영상의 단백질 반점 정합을 위한 비대칭 확산 모형

최관덕,윤영우,Choi, Kwan-Deok,Yoon, Young-Woo 한국정보처리학회 2008 정보처리학회논문지B Vol.15 No.6

2차원 전기영동 영상 분석 프로그램의 반점 검출 단계는 영상 분할 알고리즘을 사용해서 겔 영상을 반점 영역으로 분할하고 각 반점 영역을 반점 형태 모형에 정합하여 다음 단계에 필요한 반점 정보를 정량화한다. 현재 영상 분할 알고리즘으로는 분수령 기법이 일반적으로 사용되며, 대표적인 반점 형태 모형으로는 가우스 모형, 확산 모형이 있다. 확산 모형이 가우스 모형보다 실제의 반점 형태에 좀 더 가깝기는 하지만, 반점 형태는 매우 다양하며 특히 x-축과 y-축에 대해서 비대칭적인 형태를 보인다. 반점이 비대칭적 형태인 이유는 2-DE 처리가 통상 이상적인 환경 하에서 이루어질 수 없기 때문에 단백질이 완전히 확산되지 못하기 때문으로 알려져 있다. 따라서 본 논문에서는 비대칭 확산 모형을 제안한다. 비대칭 확산 모형은 초기에는 단백질이 하나의 원으로부터 확산되지만, 시간이 흐름에 따라 x-축과 y-축에 대해서 비대칭적으로 확산된다고 가정한 모형이다. 실험으로서 19개의 겔 영상에 대해서 세 모형별로 반점 정합을 수행하고 세 모형의 비교를 위해서 SNR의 평균을 구하였다. 실험결과인 SNR의 평균은 가우스 모형이 14.22dB, 확산 모형이 20.72dB, 비대칭 확산 모형이 22.85dB이었다. 실험결과로써 비대칭 확산 모형이 가우스 모형과 확산 모형에 비해서 반점 정합에 보다 더 효율적이며 적합한 모형임을 확인하였다. The spot detection phase of the 2-DE image analysis program segments a gel image into spot regions by an image segmentation algorithm and fits the spot regions to a spot shape model and quantifies the spot informations for the next phases. Currently the watershed algorithm is generally used as the segmentation algorithm and there are the Gaussian model and the diffusion model for the shape model. The diffusion model is closer to real spot shapes than the Gaussian model however spots have very various shapes and especially an asymmetric formation in x-coordinate and y-coordinate. The reason for asymmetric formation of spots is known that a protein could not be diffused completely because the 2-DE could not be processed under the ideal environment usually. Accordingly we propose an asymmetric diffusion model in this paper. The asymmetric diffusion model assumes that a protein spot is diffused from a disc at initial time of diffusing process, but is diffused asymmetrically for x-axis and y-axis respectively as time goes on. In experiments we processed spot matching for 19 gel images by using three models respectively and evaluated averages of SNR for comparing three models. As averages of SNR we got 14.22dB for the Gaussian model, 20.72dB for the diffusion model and 22.85dB for the asymmetric diffusion model. By experimental results we could confirm the asymmetric diffusion model is more efficient and more adequate for spot matching than the Gaussian model and the diffusion model.

함수언어 Miranda의 Serial-Combinator Graph로의 변역

윤영우,문성헌,최관덕 嶺南大學校 工業技術硏究所 1991 연구보고 Vol.19 No.1

One of the serious problems of functional languages is the slow speed in execution of functional programs. By choosing and desiging the appropriate reduction model and machine architecture and by using clever compiling techniques this problem can be overcome. The serial-combinator-based compiling technique is known as a very efficient one for the functional languages, especially in parallel processing. The writers developed a serial-combinator-based translator and an interpretative graph reducer for Sub Miranda, a test language, on the XENIX V system. The translator is composed of three phases. The first phase translates the SubMiranda source program into λ-calculus graph, the second phase transforms the λ-calculus graph into supercombinator graph, and the final phase transforms the supercombinator graph into serial combinator graph. The correctness of the translator was examined by the intermediate codes from translating a large number of the SubMiranda programs and by the results of reducing the translated serial combinator graphs.

MS 윈도우즈 운영체제 기반의 무선 네트워크 성능 분석 시뮬레이터의 설계 및 구현

최관덕(Kwan-Deok Choi),장호(Ho Jang) 한국컴퓨터정보학회 2010 韓國컴퓨터情報學會論文誌 Vol.15 No.2

현실적으로 무선 네트워크의 정확한 성능 평가를 위해서는 다수의 노드들을 실제 네트워크 환경에 적용하여 노드들 간의 전송 데이터를 실시간으로 수집하여야 하는 어려움이 있다. 이러한 이유에서 공간 및 시간적인 제약사항을 극복함과 동시에 매체접근기법, 라우팅기법, 노드배치알고리즘 등과 같은 최적의 설계 방법을 찾기 위한 분석 도구가 필수적으로 요구된다. 이에 본 논문에서는 무선 네트워크 시스템을 효과적으로 시뮬레이션하기 위하여 멀티쓰레딩(multi-threading)기법을 응용한 시뮬레이션 도구의 구조와 설계방안을 제시하고 이를 구현하였다. 최종적으로 범용 네트워크 시뮬레이터인 NS2 무선 네트워크 모델에서 일반적으로 사용되는 무선 네트워크 환경 파라미터들을 구현된 시뮬레이터에 동일하게 적용하여 시뮬레이션을 수행하고 이를 비교함으로써 제안된 시뮬레이터의 유용성을 입증한다. To ensure accurate measurements of wireless network performance, it should be collected real-time data which are transmitted between a large number of nodes in the actual network environment. Therefore, it is necessary to develop simulation tool for finding optimal network system design method such as media access control, routing technique, ad-hoc algorithm of node deployment while overcoming spatial and temporal constraints. Our research attempts to provide an improved architecture and design method of simulation tool for wireless network is an application of multi-threading technique in these issues. We finally show that usability of the proposed simulator by comparing results derived from same test environment in the wireless LAN model of our simulator and widely used network simulation package, NS-2.

함수언어 SubMiranda의 Serial Combinator 번역기 구현

최관덕(Kwan Deok Choi),문성헌(Sung Hun Moon),윤영우(Young Woo Yoon) 한국정보과학회 1990 한국정보과학회 학술발표논문집 Vol.17 No.2

본 논문은 함수언어 Miranda(¹)의 부분적인 구문 구조만을 차용한 언어인 SubMiranda의 설계와 이를 병렬처리시 적절한 그래뉼이 되는 Serial Combinator로 번역하는 번역기의 구현에 대해서 기술한다.

지연함수언어 Miranda의 G-기계 기반 번역기 개발

이종희,최관덕,윤영우,강병욱,Lee, Jong-Hui,Choe, Gwan-Deok,Yun, Yeong-U,Gang, Byeong-Uk 한국정보처리학회 1995 정보처리논문지 Vol.2 No.5

본 연구는 함수언어의 번역기 개발을 목적으로 한다. 이를 위하여 지연어의를 갖 는 원시함수 언어를 정의하고 그것의 번역기를 설계, 구현, 평가한다. 함수프로그램의 실행모형은 G-기계를 기반으로 한 컴비네이터 그래프축소이다. 번역기는 전체 4단계로 구성되며 원시프로그램을 C를 사용한 목적프로그램으로 번역한다. 번역기의 첫 번째 단계에서는 원시프로그램을 확장람다계산 그래프로 번역하고, 두 번째 단계에서 수 퍼컴비네이터그래프로 변환하고, 세 번째 단계에서 G-기계어 프로그램으로 번역하고, 마지막 단계에서 G-기계어 프로그램을 C로 번역한다. 생성된 목적 프로그램은 C 컴파 일러에 의해서 실행 프로그램은 번역한다. 번역기 구현은 UNIX환경에서 컴파일러 자동 화 도구인 YACC, Lex를 이용하여 구문분석기, 어휘분석기를 구현하고, 그 외의 루틴은 C로 구현한다. 본 논문에서는 번역기에 사용된 구현기법과 수행결과를 기술한다. This study is aimed at construction of a translator for a functional programming language. For this goal we define a functional programming language which has lazy semantics and develop a translator for it. The execution model selected is the G-machine-based combinator graph reduction. The translator is composed of 4 phases and translates a source program to a C program. The first phase of the translator translates a source program to a enriched lambda- calculus graph, the second phase transforms a lambda-calculus graph into supercombinators, the third phase translates supercombiantors to a G program and the last phase translates the G program to a C program. The final result of the translator, a C program, is compiled to an executable program by C compiler. The translator is implemented in C using compiler development tools such as TACC and Lex, under the UNIX environments. In this paper we present the design and implementation techniques for developing the translator and show results by executing some test problems.

순차 컴비네이터를 기반으로 하는 병렬 그래프 리덕션 ( Parallel Graph Reduction Based on Serial Combinator )

정성윤,최관덕,윤영우,강병욱 대한전자공학회 1991 대한전자공학회 학술대회 Vol.1991 No.11

함수언어 Miranda subset의 번역 및 병렬 실행에 관한 연구 ( A study on the translation and parallel execution of the functional language : Miranda subset )

문성헌,최관덕,윤영우,강병욱 대한전자공학회 1989 대한전자공학회 학술대회 Vol.1989 No.11

프로그래밍 언어 : 지연함수언어 Miranda 의 G-기계 기반 번역기 개발

이종희(Lee Jong Hee),최관덕(Choi Kwan Deok),윤영우(Yoon Young Woo),강병욱(Kang Byong Ug) 한국정보처리학회 1995 정보처리학회논문지 Vol.2 No.5

본 연구는 함수언어의 번역기 개발을 목적으로 한다. 이를 위하여 지연어의를 갖는 원시함수 언어를 정의하고 그것의 번역기를 설계, 구현, 평가한다. 함수프로그램의 실행모형은 G-기계를 기반으로 한 컴비네이터 그래프축소이다. 번역기는 전체 4단계로 구성되며 원시프로그램을 C를 사용한 목적프로그램으로 번역한다. 번역기의 첫 번째 단계에서는 원시프로그램을 확장람다계산 그래프로 번역하고, 두 번째 단계에서 수퍼컴비네이터그래프로 변환하고, 세 번째 단계에서 G-기계어 프로그램으로 번역하고, 마지막 단계에서 G-기계어 프로그램을 C로 번역한다. 생성된 목적 프로그램은 C 컴파일러에 의해서 실행 프로그램으로 번역된다. 번역기 구현은 UNIX환경에서 컴파일러 자동화 도구인 YACC, Lex를 이용하여 구문분석기, 어휘분석기를 구현하고, 그 외의 루틴은 C로 구현한다. 본 논문에서는 번역기에 사용된 구현기법과 수행 결과를 기술한다. This study is aimed at construction of a translator for a functional programming language. For this goal we define a functional programming language which has lazy semantics and develop a translator for it. The execution model selected is the G-machine-based combinator graph reduction. The translator is composed of 4 phases and translates a source program to a C program. The first phase of the translator translates a source program to a enriched lambda-calculus graph, the second phase transforms a lambda-calculus graph into supercombinators, the third phase translates supercombinators to a G program and the last phase translates the G program to a C program. The final result of the translator, a C program, is compiled to an executable program by C compiler. The translator is implemented in C using compiler development tools such as TACC and Lex, under the UNIX environments. In this paper we present the design and implementation techniques for developing the translator and show results by executing some test problems.