생명과학 문헌정보 네트워크 프로토타입 개발

안부영,송치평,Ahn, Bu-Young,Song, Chi-Pyoung 한국과학기술정보연구원 과학기술정보센터 2005 Journal of Information Science Theory and Practice Vol.36 No.2

The eight types of Korean bibliographic information of biology and life science are included in PubMed that serves universal medical bibliographic information. Other domestic bibliographic information are served on its own format at different organizations. To fulfill the CCBB homepage user's request that it is necessary that integration of bibliographic service for quick acquisition of research information, we intends to construct metadata registry and service about bibliographic information of biology and life science. This paper describes the design and implementation of bibliographic information network prototype for biology and life science that can be used to share latest research result, seminar presentation data, research note, and research paper etc as well as to exchange information between researchers through Open Archiving Community.

생명정보 분야 웹사이트 서비스에 대한 비교.분석에 관한 연구

안부영,이응봉,Ahn, Bu-Young,Lee, Eung-Bong 한국과학기술정보연구원 과학기술정보센터 2009 Journal of Information Science Theory and Practice Vol.40 No.1

As the information technology is evolved and the human genome project is finalized over the world, the Bioinformatics - the integration of abundant Biological science and information technology - has shown up and is continuously being advanced. Together with the evolution of Bioinformatics, the websites dealing with Bioinformation have been set up to provide relevant information to the Bioscientists. Among the numerous global websites, the preferred websites by the majority of domestic Bioscientists are BRIC (Biological Research Information Center) of POSTECH(Pohang University of Science and Technology) in Korea, CCBB(Center for Computational Biology and Bioinformatics) of KISTI(Korea Institute of Science and Technology Information), KOBIC(Korean Bioinformation Center) of KRIBB(Korea Research Institute of Bioscience and Biotechnology), NCBI(National Center for Biotechnology Information) in USA, EBI(European Bioinformatics Institute) in Europe and DDBJ(DNA Data Bank of Japan) in Japan. In this paper, the comparative analysis was executed by investigating contents status and functions of the above-mentioned 6 websites. In addition, questionnaire survey of Bioscience Researchers' utilization status and their needs to those 6 websites was conducted.

GenBank를 활용한 이종의 콘텐트 연계 프로토타입 시스템 개발 연구

안부영,신용주,김대환,Ahn, Bu-Young,Shin, Young-Ju,Kim, Dea-Hwan 한국과학기술정보연구원 과학기술정보센터 2009 Journal of Information Science Theory and Practice Vol.40 No.4

Among biological information, GenBank, provided by the National Center for Biotechnology Information (NCBI)of the United States, is a representative database on genetic information and is the most widely used by researchers around the world. Korea Institute of Science and Technology Information (KISTI) visits NCBI on a regular basis and downloads the latest version of GenBank to reorganize the information gathered there into a database. This database is provided for Korean researchers of science and technology through the Bio-KRISTAL search engine, developed by KISTI. This study aims to design a service model that links information on papers, patents, and biodiversity and other contents of NDSL, an integrated service on scientific and technological information run by KISTI, with GenBank's reference and organism fields and to develop a prototype system. For this purpose, this paper explores the possibility of a linkage and convergence service between heterogeneous content by: (a) collecting GenBank data from NCBI's FTP site; (b) dividing GenBank text files into basic and reference genetic information and restructuring them into a database; (c) extracting article and patent information from the GenBank reference fields to generate new tables; and (d) leveraging data mapping technology to implement a prototype system where GenBank and NDSL data are interlinked and provided.

지구관측자료 메타데이터 설계에 관한 연구

안부영,한정민,권오경,조민수,Ahn, Bu-Young,Han, Jeong-Min,Kwon, Oh-Kyoung,Joh, Min-Su 한국과학기술정보연구원 과학기술정보센터 2008 Journal of Information Science Theory and Practice Vol.39 No.2

Recently, the frequency and scale of natural disasters such as typhoons, flood, earthquakes, and tidal waves from earthquakes has been increasing. Several nations have recognized that earth observation is essential for protecting the Earth's environment. However, as the data format from earth observation varies depending on areas, institutes, and countries, sharing and exchange between data is difficult. Thus, we have a metadata standardization scheme suitable for the domestic situation to allow exchange of data between societal benefit areas with reference to principles of data sharing and exchange that are discussed on GEO (Group on Earth Observation). We have also designed metadata schemes required to identify the metadata situation of earth observation data being used for 9 societal benefit areas of GEOSS(Global Earth Observation System of Systems).

웹기반 계산화학 실습교육 지원시스템 개발

안부영 ( Bu Young Ahn ),이종숙 ( Jong Suk Lee ),조금원 ( Kum Won Cho ) 한국실천공학교육학회 2011 실천공학교육논문지 Vol.3 No.2

Computational chemistry is one of the chemistry fields that deals with the theoretical chemistry problem using computer calculations and can be described as the chemistry lab moved on computer space. In line with recent enhancement of processing capability of computers, utilization of high performance computer cannot be overemphasized in the field of computational chemistry in performing complex calculation of huge molecular structure and simulation. While they have to use commands and consoles for high performance computer to execute complex calculation of huge molecular structure and simulation, most of students in natural science and engineering, who are not experts in computer technically, are likely to be unaware of UNIX. Under the circumstances, web-based educational support system for computational chemistry is needed to enable them to practice computational chemistry, even not knowing UNIX command. In this study, e-Chem, one of such educational support systems, is developed by using Liferay portal platform, which is a Java open source more oriented to standard and outstanding in its content management and collaboration function than other web portals. By using this system, even students who are not familiar with computer, are expected to take part in lab classes and save time learning Unix command and also enhance the learning efficiency by using familiar interface.

사실정보 데이터베이스에 관한 고찰

안부영(Bu-Young Ahn),이상호(Sang-Ho Lee) 한국콘텐츠학회 2007 한국콘텐츠학회지 Vol.5 No.2

e-Science 기반 계산화학 교육환경(e-Chem) 설계

안부영(Bu Young Ahn),서정현(Jeong Hyun Seo),김지영(Ji Young Kim),조금원(Kem Won Cho),차지영(Ji Young Cha) 한국정보과학회 2010 한국정보과학회 학술발표논문집 Vol.37 No.1B

요즘 들어 컴퓨터 처리 능력의 향상에 따라 사이버인프라스트럭처(Cyberinfrastructure)를 이용하는 계산 과학이 주목을 받고 있다. 그 중에서도 대용량 데이터의 복잡한 계산과 시뮬레이션을 동반하는 계산화학 연구 분야에서의 컴퓨터 활용은 매우 중요하다. 계산화학을 간단하게 설명하자면 컴퓨터를 이용한 계산을 통하여 이론 화학의 문제를 다루는 화학의 한 분야라고 말할 수 있다. 계산화학 분야의 연구를 위하여 고성능 컴퓨터와 데이터를 처리, 분석하는 계산화학 도구는 이론연구자 및 실험연구자 모두에게 있어 필수적인 요소이다. 더불어 계산화학 연구자간의 협업과 원격지에 있는 사이버인프라스트럭처 자원의 활용을 위해 e-Science 환경에서의 연구 및 교육 환경이 개발되어야 한다. 이에, 본 논문에서는 한국과학기술정보연구원(KISTI)이 보유 및 운영하고 있는 사이버인프라스트럭처(고성능 컴퓨터, 초고속 네트워크)를 기반으로 컴퓨터에 익숙하지 않은 계산화학 관련 연구자 및 전공자들이 인터넷 상에서 계산화학 분야 교육을 받을 수 있는 e-Science 기반 계산화학 교육을 위한 환경을 설계하고자 한다. 이를 위해 1) 세계적으로 유명한 GridChem, CICC, NBCR 웹사이트를 이용하여 발표된 논문을 분석하였으며, 2) 분석된 결과를 가지고 주로 사용되는 계산화학 도구의 통계를 산출하여, 3) 이를 바탕으로 KISTI 사이버인프라스트럭처를 활용한 e-Science 기반 계산화학 교육 환경(e-Chem)을 설계하였다.

Genbank 분석을 통한 이종의 콘텐츠 연계 방안 설계

안부영(Bu Young Ahn),이명선(Myung Sun Lee),김지영(Ji Young Kim),오충식(Chung Shick Oh) 한국콘텐츠학회 2010 한국콘텐츠학회논문지 Vol.10 No.6

유전자 서열정보는 그 양이 방대하고 다양하기에 DB 구축 및 분석을 위하여 고성능 컴퓨터 및 정보기술 기법이 필요하다. 그래서 컴퓨터를 활용하여 생물학적 데이터를 수집, 관리, 저장, 평가, 분석하는 연구 분야인 생명정보학이라는 학문이 지속적으로 발전하고 있다. 이런 생명정보학 발전에 발맞추어 한국과학기술정보연구원(KISTI)에서는 정보기술 기반 생명정보 인프라를 구축하여 생명과학 연구자들에게 제공하고 있다. 본 논문에서는 생명정보 DB 중에서 전세계 연구자들이 가장 많이 이용하는 유전자 DB인 Genbank의 reference 필드를 분석하여 한국과학기술정보연구원(KISTI)의 과학기술정보 통합서비스인 NDSL (http://NDSL.kr)과의 연계 방안을 제안하고자 한다. 이를 위하여 NCBI FTP 사이트에서 Genbank 데이터를 수집하여 Genbank 텍스트 파일을 유전자 기본정보와 참고정보로 나누어 DB로 재구축하였으며 Genbank reference 필드에서 논문 및 특허 정보 추출을 통한 새로운 테이블을 생성하였고, KISTI의 논문 DB (http://scholar.ndsl.kr), 특허 DB (http://patent.ndsl.kr)와의 연계 방안을 제시하였다. As information on gene sequences is not only diverse but also extremely huge in volume, high-performance computer and information technology techniques are required to build and analyze gene sequence databases. This has given rise to the discipline of bioinformatics, a field of research where computers are utilized to collect, to manage, to save, to evaluate, and to analyze biological data. In line with such continued development in bioinformatics, the Korea Institute of Science and Technology Information (KISTI) has built an infrastructure for the biological information, based on the information technology, and provided the information for researchers of bioscience. This paper analyzes the reference fields of Genbank, the most frequently used gene database by the global researchers among the life information databases, and proposes the interface method to NDSL which is the science and technology information integrated service provided by KISTI. For these, after collecting Genbank data from NCBI FTP site, we rebuilt the database by separating Genbank text files into the basic gene data and the reference data. So new tables are generated through extracting the paper and patent information from Genbank reference fields. Then we suggest the method of connection with the paper DB and the patent DB operated by KISTI.

콘텐트 연계를 통한 주제기반 커뮤니티 모델 개발 연구 -생명과학 분야를 중심으로-

안부영 ( Bu-young Ahn ),최선희 ( Seon-heui Choi ),신용주 ( Yong-ju Shin ),김순영 ( Soon-young Kim ) 한국정보처리학회 2008 한국정보처리학회 학술대회논문집 Vol.15 No.2

국내외 연구자들은 각자의 분야에서 다양하고 중요한 연구를 수행하면서 그 연구결과물을 생산하고 있다. 연구결과물의 형태는 학회지 및 학술대회 논문, 연구보고서, 특허, 연구노트, 세미나 발표자료, 학교교재, 신문 및 잡지의 기사 등 매우 다양하다. 이런 다양한 연구결과물을 같은 학문 분야, 같은 주제의 연구자들끼리 서로 공유하고 교환하기 위해서는 정보의 자유로운 이용에 근거한 커뮤니티 환경이 필요하다. 이에, 국가 과학기술정보 유통기관인 한국과학기술정보연구원(KISTI)에서 보유하고 있는 문헌 콘텐트와 사실 콘텐트를 주제별로 분류하고 재가공하여 특정 주제분야 전문 연구자들을 위한 오픈 아카이빙, 오픈 액세스 개념을 적용한 커뮤니티 모델을 개발하여 제공하고자 한다. 본 커뮤니티 모델은 요즘들어 가장 많은 연구가 진행되고 있는 생명과학 분야의 연구결과물을 중심으로 개발하였다. 커뮤니티 모델을 개발하기 위하여 1) KISTI가 보유하고 있는 콘텐트 현황을 조사하고, 2) 그 중에서 생명과학분야 콘텐트의 형태와 특성을 분석하고, 3) 연구자들이 연구결과물을 자유롭게 업로드/다운로드할 수 있는 웹 환경의 플랫폼을 설계하였다.

생물다양성 학습을 위한 e-Learning 콘텐트 설계

안부영 ( Bu-young Ahn ) 한국정보처리학회 2005 한국정보처리학회 학술대회논문집 Vol.12 No.2

본 논문에서는 국내에 산재한 생물다양성정보를 e-Learning에 활용하기 위하여 KISTI에서 구축한 생물다양성 데이터베이스 현황과 e-Learning의 기술요소 등을 조사하였으며, 기존에 구축된 생물다양성정보 데이터베이스를 활용하여 일반인과 학생들을 위한 e-Learning 생물다양성 학습 콘텐트를 기획하고 설계하였다. 본 설계를 바탕으로 생물다양성 콘텐트를 개발한다면, 국토가 좁고, 네트워크 인프라가 잘 갖추어져 있는 우리나라의 실정에 맞는 사이버공간상의 학습의 장으로서 일반인과 학생들에게 양질의 e-Learning 학습 콘텐트를 제공할 수 있으리라 기대한다.