단백질 가시화 형태에 따른 정보표현적합도 평가

변재희 ( Jaehee Byeon ),최유주 ( Yoo-joo Choi ),서정근 ( Jung-keun Suh ) 한국인터넷정보학회 2015 인터넷정보학회논문지 Vol.16 No.2

단백질 기능을 규명하는 단백질 구조 정보는 단백질 의약품의 약효를 증진시키고, 개발을 단축시키는데 큰 영향을 미친다. 따라서 단백질의 구조를 효과적으로 분석하기 위한 단백질 가시화에 대한 연구가 증가하고 있다. 하지만 단백질 가시화에 대한 연구가 단백질의 구조를 예측하거나 렌더링의 속도를 향상시키는 것을 중심으로 이뤄지고 있으며, 단백질 가시화 형태에 따른 정보 전달 효용성에 대한 연구는 미비한 실정이다. 본 연구는 단백질 의약품에 대한 효율적인 정보 서비스의 사전 연구로써 단백질 1, 2차구조 혼합가시화 형태별 정보표현적합도를 분석하였다. 단백질 1, 2차구조 혼합가시화 형태는 대표적 가시화 서비스인 Chimera, PDB, Cn3D와 기존 가시화 서비스의 문제점을 개선한 단백질 1, 2차구조 혼합가시화 형태를 대상으로 하였다. 정보표현적합도를 구하기 위한 정보 요인은 피험자 분석 결과를 바탕으로 단백질 1차구조, 아미노산 위치, 단백질 2차구조, 단백질 2차구조 비율정보로 구분하였으며, 피험자는 단백질 의약품 업계종사기간이 5년 이상인 전문가 집단을 대상으로 하였다. 그 결과 단백질 1, 2차구조 혼합가시화형태별 정보표현적합도에는 유의미한 차이가 있었으며, 가시화 형태별 정보 전달 효용성에 차이가 있음을 입증할 수 있었다. The information about protein structure gives the clues for the function of protein. It is needed for the improvement for the efficacy and fast development of protein drugs. So, the studies visualizing the structure of protein effectively increase. Most studies of visualization focus on the structural prediction for protein or the improvement on the rendering speed. However, studies of information delivery depending on the form of protein visualization are very limited. The major objective of this study is to analyze the information representation goodness-of-fit for the patterns of the hybrid visualization with primary and secondary structures of protein. Those hybrid visualizations included the patterns which updated current representative visualization services, Chimera, PDB and Cn3D. Information factor to analyze information representation goodness-of-fit is assorted by protein primary structure, secondary protein structure, the location of amino acid and ratio information about protein secondary structure, based on the result of subject-analysis. Subject is the group of experts who are involved in protein drug development over 5 years. The result of this study shows the meaningful difference in the information representation goodness-of-fit by the patterns of hybrid visualization and proves the difference in the information by the pattern of visualization.

소셜 네트워크와 포탈 서비스를 융합한 개인화 된 정보제공서비스

변재희(Byeon Jaehee),홍인화(Hong In Hwa),김찬규(Kim Chan Gyu),문남미(Moon Nam-Mee) 한국방송·미디어공학회 2010 한국방송공학회 학술발표대회 논문집 Vol.2010 No.11

소셜 네트워크가 웹 2.0의 대표적 서비스로 자리 잡으면서 이를 이용한 다양한 서비스가 등장하고 있으며 그 중 포탈 서비스도 예외는 아니다. 하지만 포탈과 소셜 네트워크의 융합은 마이크로 블로그 형태의 소셜 네트워크 서비스를 포탈 화면에 실시간 검색으로 공개하는 정도에 그치고 있을 뿐이다. 본 논문에서는 마이크로 블로그의 open API 서비스를 이용하여 사용자의 인적 네트워크와 윈도우업 데이터를 추출한 후 키워드 도출 가중치 식을 통해 소셜 네트워크 내의 이슈가 되는 키워드를 도출한다. 도출된 키워드는 포탈 서비스에 융합되어 사용자의 소셜 네트워크 내 이슈 키워드와 관련된 정보제공서비스를 할 수 있다.

소셜 네트워크 서비스 기반의 이슈 키워드 도출에 관한 연구 : 마이크로 블로그 중심으로

변재희(Jaehee Byeon),오정민(Jung-Min Oh),문남미(Nammee Moon) 한국HCI학회 2011 한국HCI학회 학술대회 Vol.2011 No.1

소셜 네트워크 서비스 시장이 빠른 정보 확산, Open API, 프로슈머, 실시간성의 특징을 바탕으로 급성장 하면서 소셜 네트워트의 정보를 바탕으로 한 다양한 서비스가 등장하고 있다. 소셜 네트워크 상의 정보는 빠른 정보 확산과 실시간성 만큼 재사용되는 경우가 많고 특히 인적 네트워크를 기반으로 하기 때문에 국가, 문화, 언어, 사회 등에 따라 공유하는 정보의 특징이 다르다. 하지만 현재 소셜 네트워크 서비스를 활용한 서비스를 살펴보면 소셜 네트워크 상에 흐르는 정보를 키워드로 검색하거나 최신 인기 태그를 제공해주는 정도에만 그치고 있을 뿐이다. 따라서 개인의 소셜 네트워크의 특징을 반영한 정보 도출이 필요하다. 본 연구에서는 소셜 네트워크 서비스 중 마이크로 블로그 형태의 트위터를 사용하여 실험자의 일주일간의 타임라인을 분석하였다. 타임라인인 분석에는 KLT2010을 사용하였으며, 분석 결과 중 명사만을 추려 이슈 키워드 가중치 식을 이용하여 이슈 키워드를 도출하였다.

단백질 의약품 특성정보필드 유용성 평가

변재희 ( Jaehee Byeon ),최유주 ( Yoo-joo Choi ),이주환 ( Ju-hwan Lee ),서정근 ( Jung-keun Suh ) 한국인터넷정보학회 2014 인터넷정보학회논문지 Vol.15 No.4

단백질 의약품 산업이 성장함에 따라 단백질 의약품 개발 시 단백질 정보는 필수적으로 인식 되고 있다. 단백질 정보 서비스를 제공하는 대표적인 바이오데이터 센터로는 미국의 NCBI, PDB, 유럽의 EMBL, 일본의 DDBJ 등이 있으며, 각 센터별로 특화된 단백질 정보들이 제공되고 있다. 사용자가 원하는 단백질 정보를 얻기 위해서는 독립된 단백질 정보를 검색하고 이를 통합하고 분석해야하며, 보다 편리하게 접근할 수 있도록 대표적인 데이터 센터 혹은 소규모 프로젝트 별로 바이오데이터에 대한 다양한 웹서비스가 연구 개발되고 있다. 단백질 의약품 정보 서비스에 대한 필요성이 높아지면서 캐나다의 DrugBank, 미국의 GDSC 등에서 의약품 정보와 단백질 데이터를 통합하여 서비스하고 있다. 하지만 사용자가 요구하는 다양한 단백질 정보를 반영하지 못하는 실정이다. 국내의 경우 바이오인포매틱스 인프라가 부족하고, 단백질 의약품 정보 서비스 또한 의약품의 기본 정보와 유통정보만을 제공하는 것에 한정되어 있다. 본 연구에서는 기존 서비스의 한계를 벗어난 한국형 단백질 의약품 전용 서비스 설계를 위한 사전 연구로 기존 대표적 데이터베이스에서는 적용하고 있지 않은 단백질 특성정보필드들을 제시하고 이에 대한 유용성 평가를 전문 종사자를 대상으로 진행하여 기존 바이오데이터베이스의 단백질 정보 필드와 비교하였다. 그 결과 본 연구에서 제시한 단백질 특성정보필드들이 단백질 의약품 정보 서비스에 요구되는 유용한 데이터 필드임을 검증하였다. As the protein drug industry is growing, protein informations are indispensable for the protein drug development. NCBI and PDB in the U.S., the EMBL in Europe and the DDBJ in Japan are the representative centers for bio information and each center provides specific data for protein information. To obtain specific protein information, users are to be collect them from the service sites of each center and then combine or analyze for their purpose. To facilitate the accessibility to bio data, various R&D activities are running for development of diverse web services relevant to bio data in major data centers or small-scale projects. With the recognition of protein information as pivotal for the protein drug development, DrugBank in Canada, GDSC in the U.S. start to provide integrated informations between drugs and proteins. However, those service does not meet users` demands due to lack of diversity. In Korea, infra structures for bioinformatics are limited and the current services for protein drug information are providing only basic information of the drug including distribution data. This is a pilot study to construct a specialized service for protein drug information in Korean style breaking through the limitations of current services. This study proposed new fields for protein characterization information which had not been provided by current services and evaluated their effectiveness and usability by comparing them to the existing fields with expert survey. As a result, the newly proposed fields for protein characterization have been proven to be useful data fields for the service of protein drug information.

바이오 데이터베이스에서의 단백질 특성 시각화 비교 분석

변재희(Jaehee Byeon),서정근(Jung-Keun Suh),최유주(Yoo-Joo Choi) 한국컴퓨터그래픽스학회 2013 한국컴퓨터그래픽스학회 학술대회 Vol.2013 No.6

사용자 감성 기반 영화 추천 시스템의 설계 및 구현

변재희 ( Jaehee Byeon ),홍종의 ( Jongui Hong ),양장훈 ( Janghun Yang ),최유주 ( Yoo-joo Choi ) 한국정보처리학회 2013 한국정보처리학회 학술대회논문집 Vol.20 No.2

본 연구에서는 사용자의 감성 정보를 기반으로 한 영화 추천 시스템을 설계 및 구현하였다. 이를 위하여 영화 리뷰에서 기본적인 4가지 감성을 뜻하는 단어를 추출 및 분류하고, MovieLens Dataset의 메타데이터에 추가한 후 협업 필터링을 사용하여 영화를 추천한다.

단백질 가시화 서비스 이용 현황 분석

변재희 ( Jaehee Byeon ),최유주 ( Yoo-joo Choi ),서정근 ( Jung-keun Suh ) 한국정보처리학회 2015 한국정보처리학회 학술대회논문집 Vol.22 No.1

단백질 의약품 개발 시 단백질 구조는 단백질 기능을 규명하기 위한 필수적인 정보이다. 따라서 단백질 구조를 효과적으로 전달할 수 있는 단백질 가시화 서비스가 증가하고 있으며, 대표적으로 Cn3D, Jmol, Chimera 등이 있다. 각 서비스는 단백질 가시화 서비스와 함께 단백질 분석을 위한 부가 기능을 제공하고 있다. 본 논문에서는 단백질 의약품의 효율적 정보전달 서비스를 위한 사전 연구로 업계종사 기간이 5년 이상인 피험자를 대상으로 단백질 가시화 이용현황을 설문하였다. 설문 분석 결과 자주 이용하는 단백질 가시화 서비스로 피험자 모두 PDB를 사용한다고 응답하였으며, 단백질 1, 2차구조 혼 합 가시화 서비스를 일주일에 4회 이상 사용하는 응답자가 58.3%였다. 특히 단백질 의약품 개발 시 반드시 필요한 단백질 정보로는 91.6%가 단백질 1차구조, 단백질 2차구조, 단백질 2차구조 비율이라고 응답하였다.

단백질 의약품 정보 검색 서비스 이용 현황 분석

변재희 ( Jaehee Byeon ),최유주 ( Yoo-joo Choi ),이주환 ( Ju-hwan Lee ),서정근 ( Jung-keun Suh ) 한국정보처리학회 2014 한국정보처리학회 학술대회논문집 Vol.21 No.1

단백질의약품 시장의 성장으로 바이오인포매틱스 분야에서 단백질 정보는 신약개발과 위험관리 등에 활용되는 매우 중요한 정보로 이용되고 있다. 이러한 추세에 따라 바이오인포매틱스의 한 분야로 의약품 정보와 단백질 정보를 결합한 형태의 서비스가 발전하고 있다. 본 논문에서는 단백질 의약품에 대한 업계 종사자들의 요구사항을 분석하기 위한 사전연구로 단백질 정보 검색 서비스와 의약품 정보검색 서비스 이용현황을 설문 분석하였다. 그 결과 설문 응답자의 84.7%가 단백질 정보 검색 서비스로 NCBI를 이용하였으며, 48.2%가 의약품 정보 검색 서비스로 DrugBank를 이용하였다.

Videobook 인터랙션 설계 및 구현

변재희 ( Jaehee Byeon ),문남미 ( Nammee Moon ) 한국정보처리학회 2011 한국정보처리학회 학술대회논문집 Vol.18 No.2

본 연구에서는 텍스트 중심의 e-book에서 나아가 비디오 콘텐트가 융합된 HTML5 기반의 양방향 videobook을 구현하였다. 이를 위하여 기존 videobook의 사례를 바탕으로 콘텐트 유형 및 구성요소를 도출하고, 기존 인터랙션 양식 기반으로 videobook 인터랙션을 설계한 후 HTML5를 바탕으로 구현하였다.

모바일 UCC 서비스를 위한 최적화 카테고리 설계

변재희(Byeon JaeHee),김경록(Kim Kyung-Rog),김형환(Kim Hyung-Hwan),문남미(Moon Nam-Mee) 한국방송·미디어공학회 2010 한국방송공학회 학술발표대회 논문집 Vol.2010 No.7

UCC 서비스가 등장한 후 WiFi 등 통신망의 발전으로 웹 이외의 다양한 단말에서 UCC 서비스를 즐길 수 있게 되었다. 특히 모바일 환경에서는 스마트폰이 대두되면서 풀 브라우징 환경에서 촬영한 영상을 편집하여 손쉽게 UCC를 올리고, 수많은 UCC 서비스 웹사이트의 콘텐츠를 즐길 수 있게 되었다. 하지만 모바일 단말은 저처리 속도, 화면크기의 제한, 불편한 입력방식을 가지고 있어 웹서비스를 모바일 단말에 최적화 시켜야한다. 본 연구에서는 다양한 UCC 서비스 웹사이트의 카테고리를 분석하여 모바일 환경에 최적화 된 UCC 메타 서비스 카테고리를 제안하고자 한다.