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      • KCI등재

        MarSel : 대용량 SNP 일배체형 데이터에 대한 연관불균형기반의 tagSNP 선택 시스템

        김상준,여상수,김성권,Kim Sang-Jun,Yeo Sang-Soo,Kim Sung-Kwon 한국정보처리학회 2006 정보처리학회논문지 A Vol.13 No.1

        최근 인간의 다양성과 SNP과의 연관연구에 드는 비용을 줄이기 위해서, 최소의 tagSNP을 선택하는 문제를 해결하기 위한 연구가 이루어지고 있다. 일반적으로 많은 수의 SNP들을 여러 블록으로 분할하여 각 블록 내에서 tagSNP을 선택하는 접근방법이 사용되고 있다. 본 논문에서 구현된 MarSel은 기존의 블록분할 접근 방법의 문제로 볼 수 있는 생물학적 의미의 부족을 해결하고자, 연관불균형(Linkage Disequilibrium, LD)의 개념을 도입한 시스템이다. 기존의 접근방법에서는 생물학적으로 재조합(recombination)이 일어나지 않는 연속된 구간에서도 여러 블록으로 나누어지는 문제가 생겼던 반면, MarSel에서는 연관불균형 계수 |D'|에 의해서 연속된 구간이 하나의 블록으로 유지된 상태에서 tagSNP을 선택하게 된다. 또한 MarSel에서는 각 블록 내에서 tagSNP을 선택 할 때에 엔트로피(entropy) 기반의 최적해 알고리즘을 이용함으로써 최소한의 tagSNP 선택을 보장하게 되며, 기존의 구현된 시스템들보다 더 많은 양의 데이터를 효율적으로 처리할 수 있도록 구현되었기 때문에 염색체 레벨의 연관 연구도 가능하게 해준다. Recently the tagSNP selection problem has been researched for reducing the cost of association studies between human's diversities and SNPs. General approach for this problem is that all of SNPs are separated into appropriate blocks and then tagSNPs are chosen in each block. Marsel in this paper is the system that involved the concept of linkage disequilibrium for overcoming the problem that the existing block partitioning approaches have short of biological meanings. In most approaches, the contiguous regions, which recombinations have LD coefficient |D'| and then tagSNP selection step is performed. And MarSel guarantees the minimum tagSNP selection using entropy-based optimal selection algorithm when tagSNPs are chosen in each block, and enables chromosome-level association studies using efficient memory management technique when input is very large-scale dataset that is impossible to be processed in the existing systems.

      • Creeping Bentgrass의 생육을 위한 예지물 발효 액상비료의 효과

        김상준,김두환,이상국,Kim, Sang-Jun,Kim, Do-Whan,Lee, Sang-Kook 한국잔디학회 2011 한국잔디학회지 Vol.25 No.2

        유기질비료(Organic fertilizer)는 천연유기질(Natural organic) 비료와 합성유기질(Synthetic organic) 비료로 구분이 된다(Christians, 2011). 천연유기질비료의 장점은 그동안의 선행 연구를 통해서 많이 보고되어왔다. 그러나 예지물을 이용한 시비효과에 대한 연구결과는 제한적이다. 본 연구는 예지물을 발효시켜 제조된 천연유기질비료로서의 액상비료가 putting green에 많이 사용되고 있는 Creeping bentgrass 생육에 미치는 영향을 알아보기 위해서 수행하였다. 액상비료는 Kentucky bluegrass로부터 수거된 예지물을 모아 부숙 과정 없이 미립자로 분쇄한 후 $28^{\circ}C$에서 약 2개월간 발효시킨 후 생성된 발효액에 유용미생물(Effective Microorganism, EM) 군으로 제조된 활성액을 3% 혼합하여 제조하였다. 잔디에 대한 각 질소의 시비효과는 National Turfgrass Evaluation Program (NTEP)에서 제시한 방법에 준하여 잔디의 품질을 시각적평가를 통해 매 2주마다 조사하였다(1=worst, 9=best, and 6=acceptable). LF와 NO와의 비교에서 고온기간인 8월 20일과 9월 3일에 각각 LF가 NO에 비해 더 좋은 품질을 보여주었다. Urea가 고온기간에 비료피해가 나타난 것에 비교하여 LF의 경우 고온기간동안 비료피해가 나타나지 않았다. Organic fertilizers are divided into natural organic and synthetic organics. The benefits of natural organic fertilizer were reported from the previous researches. However, the limited research results about clippings as a source of natural organic fertilizers were reported. The objective of the research to investigate effects of liquid fertilizer produced from fermented clippings for creeping bentgrass growth. Liquid fertilizer (LF) produced was used for the research to be compared with Urea and two natural organic fertilizers of different source (NO-1 and NO-2). Creeping bentgrass (Agrostis stolonifera L., L-93) was used for the study. Turfgrass quality was measured by visual evaluation every two weeks from June to October, 2011 using a scale of 1 to 9 (1=worst, 6=acceptable, and 9=best). Turfgrass disease damage was measured by percent of area damaged when a turfgrass disease occurred. LF produced lower damage than NO and urea when temperature was high. Although NO-2 produced the highest or equal to the highest turfgrass quality in June and October, LF had the highest or equal to the highest quality from July to September.

      • KCI등재

        중합효소연결반응에 의한 자연 수계에서의 mer 유전자 함유 세균 탐색

        김상준,진주영,이현환,조기성 ( Sang Jun Kim,Joo Young Jin,Hyun Hwan Lee,Ki Seong Joh ) 한국환경생물학회 1995 환경생물 : 환경생물학회지 Vol.13 No.1

        The distribution of bacteria resistant to mercury (Hg^r-bacteria) was investigated from the coastal water sample of Kwangyang bay and freshwater samples of Taeback area, mer gene was also detected from the isolated Hg^r-bacteria by PCR and colony hybridization using the probes which correspond to the conserved sequence of the reported Tn 21, Tn 501 and pMJ 100. The distribution of Hg^r-bacteria at Kwangyang bay among the total number of heterotrophic bacteria grown on agar media was 0 - 0.15% and 0.05 - 0.084% in Feb. and Apr. respectively. The distribution of those bacteria at Taeback area was 94. 55% in the upstream and 17.78% in the downstream of the valley. From the Hg^r-bacteria, about 1Kb of mer gene was amplified by PCR using the amplified mer gene as probe, the interrelationship between the Hg^r-bacteria and the existence of mer gene was investigated by colony hybridization. As a result, 82% and 70% of the Hg^r-bacteria have mer gene at Kwangyang and Taeback area, respectively.

      • KCI등재

        지하댐 설치에 의한 수자원 개발량 평가

        김상준,Kim, Sang Jun 한국수자원학회 2017 한국수자원학회논문집 Vol.50 No.11

        본 연구는 지하댐에 의한 수자원 개발량을 평가하는 방법론을 제시한다. 연구 대상지역으로 선택한 쌍천 지하댐은 동해안 쌍천유역 하구에 위치하며 비피압 충적 대수층을 형성하고 있다. 동해안에는 지형적으로 유사한 지하댐 후보지가 여러 개 존재한다. 본 연구에서는 대수층의 지하수위를 평면 2차원 FDM 모형으로 산출하였으며, 여기서 유역 유출은 대수층 표면에 침투항으로서 입력된다. 3개의 유역 유출모형의 평균으로서, 기저유량은 $0.5m^3/sec$로 산출되었다. 그리고 이 기저유량 근처의 유입량을 갈수기 유입으로 간주하여, 유입량 및 양수량 변화에 따른 지하수위를 산출하는 방법으로 수자원 개발량을 평가하였다. 구체적으로는 현재 속초시 생활용수를 공급하고 있는 실제 양수량($28,000m^3/day$)을 적용하여, 우물 수위가 대수층 바닥에 도달하거나 지하수위가 대수층 표면을 상회하여 지표수 흐름이 발생하는 유입량을 추정하였다. 또한 수자원 개발량을 증대시키기 위하여 우물의 양수량을 증가시키거나 추가 우물을 설치하는 상황을 재현하고, 극심한 갈수기에 가능한 양수량을 산출하였다. This study shows the assessment methodology for the water resources of subsurface dams. The study area is SSangcheon subsurface dam. It is at the estuary of SSangcheon watershed forming the unconfined alluvial aquifer. there are several candidate area which are geologically similar to it at East coast. The groundwater level was computed by a 2-D FDM model, where the watershed discharge is the input as the infiltration term. The baseflow computed as the mean value of 3 watershed dischrge model is $0.5m^3/sec$. And considering the inflow near the baseflow as the dry season inflow, The groundwater level according to the change of inflow and pumping rate was computed. Specifically, Using the real pumping rate $28000m^3/day$ which is equal to the supply amount of drinking water to Sokcho city, The inflow which induce the descended groundwater level to the bottom of aquifer or the ascended groundwater level that cause the surface flow was eatimated. The simulation for increased pumping rate and additional well construction to increase the water resources, was executed. And at the extreme dry season, available pumping rate was estimated.

      • KCI등재

        해안지역 비피압 충적 대수층에서의 흐름 및 분산(수치모형의 개발 및 적용)

        김상준,Kim, Sang Jun 한국수자원학회 2016 한국수자원학회논문집 Vol.49 No.1

        얕은 비피압 충적층이 대부분인 우리나라 해안지역 대수층에서의 흐름과 분산을 분석하기 위하여, 비선형 Boussinesq 방정식에 대한 FDM 수치해석 모형을 개발하고, 이와 관련한 분석, 검증을 수행하였다. 수치해석 과정에서 비선형 문제를 해결하기 위하여 반복법을 사용하였으며, 수치모형은 자유 지하수면과 바닥의 굴곡을 고려하는 평면 2차원 모형이므로, 결국 3차원 형태를 나타낸다. 모형의 검증을 위해서, 흐름방정식의 경우 Lee (1989)가 제시한 급상승 혹은 급하강의 경계조건을 갖는 1차원 부정류 해석해와 비교하여 거의 일치하는 결과를 나타내었으며, 분산방정식의 mass balance 산출 결과는 10% 내외의 오차범위를 나타내었다. 개발된 모형은 비피압 대수층에서의 흐름 및 분산에 대한 평가 및 설계에 이용될 수 있다. 지하댐이 설치되어 있는 쌍천 하구역에서 본 모형을 적용하여 역해석에 의하여 관련 매개변수를 도출한 결과 투수계수는 90m/day, 종분산지수는 15 m로 산출되었다. 도출된 매개변수를 대상지역에 적용하여 갈수기를 기준으로 분석한 결과, 양수정은 7호 양수정을 제외하고는 서로 영향권 내에 있는 것으로 나타났다. 대수층을 통한 해안유출량은 $3700m^3/day$로 산출되었다. 또한 지하댐이 없을 경우 양수정의 염소이온($cl^-$) 농도는 1000 mg/L 이상 증가하는 것으로 나타나 지하댐의 역할이 큰 것으로 분석되었다. In Korea, the aquifers at the coastal areas are mostly shallow alluvial unconfined aquifers. To simulate the flow and dispersion in unconfined aquifer, a FDM model has been developed to solve the nonlinear Boussinesq equation. Related analysis and verification have been executed. The iteration method is used to solve the nonlinearity, and the model shows 3-D shape because it is a 2-D y model that consider the undulation of water table and bottom. For the verification of the model, the output of flow module is compared to the 1-D analytic solution of Lee (1989) which have the drawdown or uplift boundary condition, and the two results show almost the same value. and the mass balance of dispersion module shows about 10% error. The developed model can be used for the analysis and design of the flow and dispersion in the unconfined aquifers. The model has been applied to the estuary area of Ssangcheon watershed, and the parameters have been deduced as a result : hydraulic conductivity is 90 m/day, and longitudinal dispersivity is 15 m. And the analysis with these parameters shows that the wells are situated in the influence circle of each others except for No. 7 well. Groundwater discharge to sea is $3700m^3/day$. And the chlorine ion ($cl^-$) concentration at the pumping wells increase at least 1000 mg/L if groundwater dam is not exist, so the groundwater dam plays an important role for the prevention of sea water intrusion.

      • KCI등재

        치은비대에서 비외과적 치료의 효과

        김상준,이재관,엄흥식,장범석,Kim, Sang-Jun,Lee, Jae-Kwan,Um, Heung-Sik,Chang, Beom-Seok 대한치주과학회 2009 Journal of Periodontal & Implant Science Vol.39 No.1

        Purpose: It is well recognized that gingival enlargement is induced by unwanted effect associated with three major drugs/drug groups - phenytoin, cyclosporine, and the calcium channel blockers. The present case report describes the effect and limitation of non-surgical treatment in gingival enlargement cases. Materials and methods: Three cases included 2 drug-influenced gingival enlargement patients and a idiopathic gingival fibromatosis patient. For the drug-influenced gingival enlargement patients, the medication was replaced with other medication. And then, all the patients were treated non-surgically. Results: Drug-influenced gingival enlargements had been reduced after non-surgical treatment and the results were well-maintained. In the idiopathic gingival fibromatosis case, non-surgical treatment resulted in only limited reduction of gingival enlargement, and surgical periodontal treatment was unavoidable. Conclusion: These case reports indicated that non-surgical periodontal treatment with change in medication was effective in the treatment of drug-influenced gingival enlargements. Non-surgical approach can be considered as the primary management to reduce the gingival enlargement. If non-surgical treatment encounters a limitation, surgical treatment should be considered.

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