도급계약관계의 의무구조에 관한 고찰

정광수 성균관대학교 법학연구소 2000 성균관법학 Vol.12 No.1

MCL 알고리즘을 이용한 단백질 표면의 바인딩 영역 분석 기법

정광수,유기진,정용제,류근호,Jung, Kwang-Su,Yu, Ki-Jin,Chung, Yong-Je,Ryu, Keun-Ho 한국정보처리학회 2007 정보처리학회논문지D Vol.14 No.7

단백질은 다른 물질과의 결합하여 기능을 수행하기 때문에 활성 사이트가 유사한 단백질은 유사한 기능을 가진다. 따라서 단백질의 바인딩 영역을 식별함으로써 단백질의 기능을 추론할 수 있다. 이 논문은 MCL (Markov Cluster) 알고리즘을 이용하여 단백질의 바인딩 영역을 추출하는 새로운 방법을 제시한다. 이를 위하여 단백질의 표면 잔기 거리를 나타내는 distance matrix를 생성하고, 여기에 MCL 프로세스를 적용한다. 제시한 방법을 평가하기 위해 Catalytic Site Atlas (CSA) 데이터를 사용하였다. CSA 데이터 (94개의 단일 체인 단백질)를 이용한 실험 결과, 알고리즘은 91개 단백질의 활성 사이트 주변의 바인딩 영역을 검출하였다. 이 논문은 단백질 활성 사이트를 분석하기 위한 새로운 기하학적 특징을 제시하였고, 활성 사이트와 관련이 없는 잔기를 제거함으로써 단백질 표면의 분석의 시간을 줄일 수 있는 장점이 있다. Proteins combine with other materials to achieve their function and have similar function if their active sites are similar. Thus we can infer the function of protein by identifying the binding area of proteins. This paper suggests the novel method to select binding area of protein using MCL (Markov Cluster) algorithm. We construct the distance matrix from surface residues distance on protein. Then this distance matrix is transformed to connectivity matrix for applying MCL process. We adopted Catalytic Site Atlas (CSA) data to evaluate the proposed method. In the experimental result using CSA data (94 selected single chain proteins), our algorithm detects the 91 (97%) binding area near by active site of each protein. We introduced a new geometrical features and this mainly contributes to reduce the time to analyze the protein by selecting the residues near by active site.

LOCK을 확장한 3차원 단백질 구조비교 및 분석시스템의 설계 및 구현

정광수,한욱,박성희,류근호,Jung Kwang Su,Han Yu,Park Sung Hee,Ryu Keun Ho 한국정보처리학회 2005 정보처리학회논문지D Vol.12 No.2

단백질의 구조는 단백질의 기능과 밀접한 연관을 가지고 있으며 단백질 구조비교는 단백질의 모티프와 패밀리를 결정하고 나아가서 그들의 기능을 파악하는데 매우 중요한 역할을 한다. 이 논문에서는 단백질 구조데이터 및 관련된 문헌 데이터의 통합된 데이터베이스를 구축하고 웹 환경에서 질의된 단백질과 유사성 비교를 진행하여 그 결과 및 연관된 문헌데이터를 검색하여 체계적으로 정보를 제공하는 단백질 분석시스템을 제안한다. 제안 시스템을 구축하기 위하여 현재까지 가장 큰 단백질 구조데이터의 저장소인 Protein Data Bank의 플랫파일 데이터에 대해 분석을 진행하고 여기에서 단백질의 구조비교 알고리즘에 필수적인 구조데이터정보를 추출하여 새로운 구조비교에 사용되는 엔트리 플랫 파일을 만들어서 데이터베이스를 구축한다 이러한 엔트리에 연관된 분석정보 데이터는 데이터베이스 스키마를 작성하여 문헌정보 데이터베이스를 구축한다. 따라서 사용자가 인터넷을 통하여 진행한 질의는 구조비교엔진을 통하여 유사부분과 RMSD값이 계산되고 이와 연관된 문헌정보의 검색이 진행된 후 체계적으로 출력화면에 보여준다. 제안 시스템은 기존의 구조비교시스템보다 빠른 검색을 지원하고 더 훌륭한 분석환경을 제공한다. Protein structure is highly related to its function and comparing protein structure is very important to identify structural motif, family and their function. In this paper, we construct an integrated database system which has all the protein structure data and their literature. The structure queries from the web interface are compared with the target structures in database, and the results are shown to the user for future analysis. To constructs this system, we analyze the Flat-File of Protein Data Bank. Then we select the necessary structure data and store as a new formatted data. The literature data related to these structures are stored in a relational database to query the my kinds of data easily In our structure comparison system, the structure of matched pattern and RMSD valure are calculated, then they are showed to the user with their relational documentation data. This system provides the more quick comparison and nice analyzing environment.

로컬 서열 정렬과 트리거 기반의 단백질 버전 정보 관리 기법

정광수,박성희,류근호,Jung Kwang-Su,Park Sung-Hee,Ryu Keun-Ho 한국정보처리학회 2005 정보처리학회논문지D Vol.12 No.1

하나의 아미노산 서열의 기능이 밝혀지면, 그와 유사한 서열 구조를 가지고 있는 서열의 기능도 유추해 낼 수 있다. 또한 기능이 밝혀진 단백질의 아미노산 서열을 변화시키거나 유용한 단백질을 만드는 것도 가능하다. 이 과정에서 하나의 원본 단백질 서열에 대하여 다른 서열 구성을 가지고 있는 여러 가지 단백질 서열이 생겨 날 수 있다. 여기서, 원본 단백질을 변화시켜 만든 단백질 버전 서열과 단백질의 주석정보를 저장 및 관리하는 체계적인 기법이 요구된다. 따라서 이 논문에서는 로컬 서열 정렬 기법을 적용한 단백질 아미노산 서열의 버전관리 기법과 트리거를 적용한 단백질 주석데이터의 이력 관리 기법을 제시하였다. 제안된 기법을 통하여 원본 서열과 버전서열의 유사도 측정 및 버전 관리의 자동화와 저장 공간을 감소시킬 수 있다. 또한 단백질 정보의 이력을 저장하고 서열 변화 정보를 분석하여 돌연변이 연구에 의한 유용한 단백질 개발 및 신약 개발이 가능하다. After figuring out the function of an amino acid sequence, we can infer the function of the other amino acids that have similar sequence composition. Besides, it is possible that we alter protein whose function we know, into useful protein using genetic engineering method. In this process. an original protein amino sequence produces various protein sequences that have different sequence composition. Here, a systematic technique is needed to manage protein version sequences and reference data of those sequences. Thus, in this paper we proposed a technique of managing protein version sequences based on local sequence alignment and a technique of managing protein historical reference data using Trigger This method automatically determines the similarity between an original sequence and each version sequence while the protein version sequences are stored into database. When this technique is employed, the storage space that stores protein sequences is also reduced. After storing the historical information of protein and analyzing the change of protein sequence, we expect that a new useful protein and drug are able to be discovered based on analysis of version sequence.

가야금 명인 황병기 교수 別世

정광수 문예운동사 2018 문예운동 Vol.- No.137

2002 년도 한국임학회 학술연구 발표논문집 / 토론회 1 , 2 : 산림기본법 제정 이후의 산림법령 정비 방향

정광수 한국임학회 2002 한국임학회 정기학술발표논문집 Vol.2002 No.-

과학과 예술의 공약가능성과 한계

정광수 한국과학철학회 2009 과학철학 Vol.12 No.2

I will analyze imagination and creativity of both science and art; and, based on the features, will advocate the commensurability of science with art. However, I will contrast the features of science with those of art using the concepts of logical possibility and empirical possibility, etc., either. And, contrasting truth that is the intended value of scientific activity and its outcome beauty that is the intended value of artistic activity of its outcome, I will maintain the limit of the commensurablity of science with art. 과학과 예술이 ‘상상력’과 ‘창의성’이라는 공통적 특징을 바탕으로 ‘공약가능’하다는 것을 깊이 있게 분석, 주장할 것이다. 그렇지만 과학과 예술 각각이 갖는 그 특징의 대조적 측면을 ‘논리적 가능성’, ‘경험적 가능성’ 개념 등을 토대로 밝힐 것이다. 아울러 과학과 예술행위의 지향가치, ‘진리성’, ‘미’ 그리고 각각의 결과물이 갖는 대조적 측면을 세밀히 분석함으로써 과학과 예술이 갖는 그 공약가능성의 ‘한계’를 주장할 것이다.

建築都給契約과 瑕疵憺保責任

鄭光洙 江原大學校 比較法學硏究所 1995 江原法學 Vol.7 No.-

한국과 중국 민법상 일상가사대리권에 관한 비교법적 고찰

정광수 강원대학교 비교법학연구소 2022 江原法學 Vol.66 No.-

The paper discusses differences and their implications between daily housework agency system of Korea Civil Code(§§827①, 832) and China Civil Code(§1060①). That is, through the investigation of the evolution and present situation of daily housework agency, the paper discusses the theory and entity of daily housework agency as well as the problems to be solved in the future. It especially seeks for the inspiration from Korean legislation and precedents, and explores improvement plans. Also the paper consists of six chapters as follows. Chapter One studies the theoretical background and the basis of the daily housework agency. China Civil Code was established in May 2020, 70 years after the founding of the people's Republic of China. According to China Civil Code, the matrimonial property system is composed of three parts: matrimonial common property system, individual property system, and contractual property system. Korea Civil Code sets the matrimonial property system formulates separation of property regime as the legal property system. So korean daily housework agency contrasts with Chinese daily housework agency system Chinas legal property system which is characterized by common Ownership. It contrasts with China's legal property system which is characterized by common Ownership. So korean daily housework agency contrasts with Chinese daily housework agency system. Chapter Two studies the theoretical background and the basis of the daily housework agency. The legal systems of the joint marital debts in Korea and China are explored in a comparative context. Chapter Three investigates and discusses characters of China and Korea’daily housework agency systems. Chapter Four discusses the problems and improvements of China and Korea’daily housework agency systems and representational agent systems. Chapter Five discusses daily housework agency and solidarity responsibility. Finally Chapter Six makes a conclusive discussion on the differences between daily housework agency system of China and Korea in the two countries from the perspective of comparative law. 본 논문은 한국 민법(제827조 제1항, 제832조)과 중국 민법(제1060조 제1항)상 부부 일방이 제3자와 일상가사대리권의 범위 내에서 또는 일상가사의 범위를 넘어서 행사한 경우 즉, 각각의 경우 법률행위 당사자와 부부 타방에게 발생하는 법률효과와 관련하여 존재하는 차이점과 시사점을 한국과 중국의 학설 및 판례를 토대로 비교법적 시각에서 검토하고 논의하였다. 그리고 본 논문의 구성은 먼저 이와 같은 비교법적 시각에서 서론으로서 문제제기를 하고 본론에서는 한국과 중국의 학설 및 판례의 태도를 토대로 하여 일상가사의 의의와 범위, 일상가사대리권의 성격 및 일상가사대리권과 표현대리 인정문제 나아가 일상가사에 관한 채무에 대한 부부의 연대책임을 고찰하였다. 그리고 결론으로 한국과 중국 양국이 서로 다른 법정재산제를 선택하고 있지만, 재산분할, 일상가사대리권 등의 제도적 측면에서 비슷한 점과 차이점을 고찰하였다. 즉, 한국은 법정재산제인 부부별산제를 취하고 있지만, 예컨대 부부와 자녀의 공동생활을 위하여 생활에 필요한 물건들의 취득행위, 또는 월세지급, 자녀의 교육비나 병원비 등 일상가사에 관련한 부부 어느 한쪽이 지는 채무에 대하여는 부부가 연대책임을 지게 된다. 그러나 일상가사대리권에 관한 한국 민법 규정의 일반적이고 추상적인 규정의 해석을 판례에 통해서 그 때 그 때 맡길 것이 아니라, 적어도 일상가사의 의의 및 범위 등에 관해서는 명문 규정을 두어서 일상가사대리권의 행사와 관련하여 발생하는 법률분쟁과 관련하여 보다 합리적으로 해결될 수 있도록 일상가사대리권에 관한 현행 민법 규정의 개정을 통해서 일상가사대리권의 행사와 관련하여 발생하는 법률분쟁을 입법적으로 해결할 수 있기를 제안하였다. 이에 반하여 중국은 법정재산제인 부부혼인공동재산제를 취하고 있지만, 통상 가정에서 개인이 갖게 되는 재산이 거의 없기 때문에 일단 부부 일방이 제3자와의 거래에서 발생한 채무에 대해서 부부공동채무로 인정받지 못하면 거의 상환할 능력이 없기 때문에 채권자의 이익을 침해할 우려가 있다. 따라서 최근 발전하는 중국의 사회문화와 경제현실을 고려하여 한국과 달리 전통적인 일상가사의 범위를 벗어나고 있다. 그러므로 중국의 재판 실무에서도 이러한 현실적 변화가 받아들여져서 일상가사의 범위를 좀 더 넓게 인정해야 할 것이다.

해킹의 과학적 실재론을 옹호함

정광수 한국철학회 1997 철학 Vol.52 No.-