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VCP-Ufd1 결합 및 소포체 연관 분해를 조절하는 Ufd1 인산화에 관한 연구
NGUYEN THI QUYNH ANH 아주대학교 대학원 2019 국내석사
The hexameric ATPase p97 has been implicated in diverse cellular processes through interactions with many different adaptor proteins at its N-terminal domain. Among these, the Ufd1-Npl4 heterodimer is a major adaptor, and the p97-Ufd1-Npl4 complex plays an essential role in endoplasmic reticulum-associated degradation (ERAD), acting as a segregase that translocates the ubiquitinated client protein from the ER membrane into the cytosol for proteasomal degradation. The Nc lobe of the p97 N domain binds specifically to the SHP box motif of Ufd1. The binding interface between the p97 N domain and the Ufd1 SHP motif has been structurally determined. By using mutations of the binding interface residues in the two proteins, we confirmed their functional implication in ERAD. We further addressed a potential regulation of p97-Ufd1 interaction by Ufd1 phosphorylation based on the conserved phosphorylated residues in the Ufd1SHP. Our results suggest that S229 phosphorylation of Ufd1 may negatively regulate the p97N-Ufd1SHP interaction. We also found that a phosphomimetic mutant (S229D) was less effective in mediating degradation of a misfolded protein tyrosinase-C89R, resulting in accumulation of the ERAD substrate. This implies that S229 phosphorylation of Ufd1 may modulate ERAD by impeding p97-Ufd1 interaction. We are currently working on the identification of a relevant protein kinase responsible for the S229 phosphorylation.
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TRIP12 is a specific ubiquitin ligase for β-adaptin
김수환 Graduate School, Yonsei University 2008 국내석사
TRIP12 is a human ubiquitin ligase homologous to yeast UFD4 which is involved in the ubiquitin fusion protein degradation pathway. To search for endogenous substrate for TRIP12, a yeast two-hybrid analysis was carried out using TRIP12 as bait. This procedure identified as a TRIP12-interacting protein the β-adaptin subunit of the AP-2 adaptor complex which functions in clathrin-mediated endocytosis.Co-immunoprecipitation experiments confirmed specific interaction of TRIP12 with the β-adaptin. Deletion analyses indicated that the trunk domain of β-adaptin was associated with the middle region of TRIP12. Overexpression of TRIP12 enhanced the degradation of β-adaptin, whereas knockdown of TRIP12 expression stabilized β-adaptin. The ubiquitination of β-adaptin was increased by TRIP12 overexpression in HeLa cells. The endogenous β-adaptin expression was increased in stable TRIP12 knockdown cells.My data suggest that TRIP12 is a specific ubiquitin ligase for β-adaptin and may regulate AP-2 function in endocytosis.
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김다솜 연세대학교 교육대학원 2015 국내석사
본 논문은 무한급수와 멱급수 다항식의 대수적 성질을 밝히기 위하여 형식적 멱급수를 체계적으로 도입하여 체와 정역 위에서 연구한다. 대수에서 형식적 멱급수를 해석적으로 어떻게 표현하는지, 해석적인 성질을 그대로 가져오는지를 증명하였다. 마지막으로 정수 계수의 형식적 멱급수 환이 UFD인 것을 보이고, 기약이 될 조건에 대하여 연구하였다.
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동시 송수신 무선랜에서 Ack 충돌 문제를 위한 No Ack 기반 매체접근제어 프로토콜
Up until now, wireless LAN devices have used half-duplex transmission because of self-interference signals. Recent advances in self-interference cancellation technology make it possible to synchronous transmit and receive (STR) operation. Theoretically, STR at the PHY layer can increase performance up to twice as much, but it is only achievable up on support at the MAC layer. That is, a new MAC using STR is required. This thesis focuses on ACK collision problem in STR transmission. Most current studies on ACK collision use a time adjustment method, where it adjusts the time to transmit data or ACK frames to avoid ACK collisions. As a consequence, additional overheads for synchronization are imposed, and time waste is inevitable in asynchronous traffic conditions. The approach of this study is more fundamental in that it tries to address the problem of ACK collision itself rather than to solve the problem caused by time adjustment. This study proposes a new STR MAC based on unacknowledged (NoAck) data transmission. Since an ACK is not necessary after data transmission, ACK collisions never happen. The new MAC protocol only concerns carrier sensing and collision domain. Without time adjustment, there are neither extra overheads for synchronizing data transmission nor waste time even in asynchronous or asymmetric traffics. As a return, two shortcomings should be overcome: reliability and backward compatibility. Reliability can be provided in NoAck Transmission using TCP, although the recovery cost for transmission error is higher at the transport layer than at the link layer. The difference is smaller as the distance between end-points is shorter in modern network environments, such as cloud computing. Backward compatibility, specifically, backward compatibility at a node is the major concern because 802.11 does not provide NoAck for unicast data transmission. This study developed two techniques for NoAck transmission: one is slow but no modification and the other is fast but slight code modification. Finally, the performances of the STR MAC were compared to existing studies in various network and traffic environments using NS3 simulator. The results showed that the NoAck approach is also competent option for solving ACK collision problem. 무선 LAN 장치는 자체 간섭 신호 때문에 반이중 전송을 사용해왔다. 최근 자기 간섭 제거 기술의 발전은 동기식 송신 및 수신 (STR) 동작을 가능하게 한다. 이론적으로 PHY 계층의 STR은 성능을 최대 두 배까지 향상시킬 수 있지만 MAC 계층의 지원을 통해서만 달성할 수 있다. 즉, STR을 사용하는 새로운 MAC이 필요하다. 이 논문은 STR 전송에서의 ACK 충돌 문제에 초점을 맞추고 있다. ACK 충돌에 대한 최근의 연구는 ACK 또는 ACK 충돌을 피하기 위해 데이터 또는 ACK 프레임을 전송하는 시간을 조정하는 시간 조정 방법을 사용한다. 결과적으로 최근 연구는 동기화에 대한 추가 오버 헤드가 발생하고 비동기 트래픽 조건에서 시간 낭비가 불가피하다. 하지만 이 연구의 접근 방식은 시간 조정으로 인한 문제를 해결하기보다는 근본적인 ACK 충돌 자체의 문제를 해결하려고 한다. 본 연구는 NoAck 데이터 전송에 기반한 새로운 STR MAC을 제안한다. 제안한 방법은 데이터 전송 후에 ACK가 필요하지 않으므로 ACK 충돌이 일어나지 않는다. 새로운 MAC 프로토콜은 캐리어 감지 및 충돌 도메인에만 관련된다. Time Adjustment가 없으므로 비동기 트래픽에서도 데이터 전송을 동기화하거나 시간을 낭비하지 않을 수 있다. 결과적으로 NoAck는 안정성과 이전 버전과의 호환성이라는 두 가지 단점을 극복해야한다. 오류에 대한 복구 비용은 전송 계층이 링크 계층보다 높지만 TCP를 사용하여 NoAck 전송에 신뢰성을 제공할 수 있다. 클라우드 컴퓨팅과 같은 최신 네트워크 환경에서 엔드 포인트 간의 거리가 짧을수록 복구 비용 차이는 줄어든다. 802.11은 유니 캐스트 데이터 전송에 NoAck를 제공하지 않으므로 Non AP와 하위 호환성, 특히 노드에서의 이전 버전과의 호환성이 주요 관심사일 수 있다. 본 연구에서 NoAck 전송을 위한 두 가지 기술을 개발했다. 하나는 느리지만 코드를 수정하지 않고 다른 하나는 빠르지만 약간의 코드 수정이 필요하다. 마지막으로 STR MAC의 성능을 NS3 시뮬레이터를 이용한 다양한 네트워크 및 트래픽 환경에서의 기존 연구와 비교하였다. 그 결과 NoAck 접근법이 ACK 충돌 문제를 해결할 수 있는 유능한 선택임을 보여준다.
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