Computational approaches to discover disease-associated biomedical entities

김현진 Graduate School, Yonsei University 2016 국내박사

“True knowledge exists in knowing that you know nothing”. It is Socrates’s widely known quote describing the significance of “ignorance”. To paraphrase the Socrates’s quote: New and true biomedical associations exist in knowing that you know undiscovered biomedical associations. The paraphrased sentence indicates that discovering hidden associations is a starting point of identifying novel biomedical associations. For wellness and longevity, healthcare plan is indispensable and that’s the reason why study on disease is important. Therefore, we focused on disease-associated associations among many biomedical associations. Discovering novel disease-associated associations can provide ample information to disease research. As technology of computer-related has developed, the computational biology has influenced research on disease that analyzes biological data using computers and the related techniques have been advanced a lot. To find new and true disease-associated associations, we propose three novel computational approaches, each of which can discover hidden disease-gene, disease-disease, and disease-drug associations. First, GSEH takes gene expression heterogeneity to find genes related with the biological process of a disease. The gene expression heterogeneity denotes that samples in the same class may have dissimilar gene expression levels. In this study, we used collaborative filtering to calculate the degree of gene expression heterogeneity between classes and then scored the genes by the degree of gene expression heterogeneity to find “differentially predicted” genes. The concept of gene expression heterogeneity can be used as helpful information to find disease-associated genes. Second, we propose a new literature-based method LDDSim to measure disease-disease similarities. Because the LDDSim provides the similarities among diseases, we can know which disease has a high possibility to relate with a given disease. In addition to it, disease network using the disease similarities can be constructed with the LDDSim. Measuring similarities between diseases and building disease network is essential for disease treatment and disease function study. Lastly, we propose LDW which produces novel disease-drug associations and scores the associations on the distance between the drug and the disease. Many researches in LBD(Literature-Based Discovery) have been proposed since Dr. Swanson’s ABC model. Yet, fixed and finite text data sources and linking terms come to limits in producing novel knowledge. To get over the limitations, we utilize web crawl data as a new text data source and location name as a new linking term concept. Through the GSEH, we discovered more numerous disease-associated genes than other comparable methods. The genes prioritized by the GSEH are potentially of significance to biological processes of a disease and can provide insight into them. LDDSim found a larger number of answer disease pairs than other comparable methods and showed the lowest p-value. Moreover, LDDSim built a disease network with top-ranking disease pairs from our method. The disease network can help with insights into relationship between diseases. The top-ranking disease-drug associations generated by LDW and prioritized by the distance showed meaningful p-values. We also created a world disease map with our disease-location associations and manually checked the top-scoring diseases in the associations to assess the relatedness of the diseases and the locations of the associations. The three approaches have their own limitations, but they can find disease-related associations and provide additional information to facilitate disease research.

Clinical impact of NGAL and MMP-9 level according to plaque morphological characteristics assessed by OCT in Acute Coronary Syndrome patients

Saruul Tseveendee 고려대학교 대학원 2015 국내박사

Background. Neutrophil gelatinase associated-lipocalin (NGAL) and matrix metalloproteinase-9 (MMP-9) are expressed by macrophage cells in atherosclerotic plaques of the human carotid artery and show elevated levels in patients with acute coronary syndrome (ACS). The aims of the present study were to evaluate morphologic characteristics of the plaques in ACS patients and to correlate morphologic findings with the serum levels of NGAL and MMP-9. Methods. Current study enrolled 38 patients with ACS, 8 with ST-segment elevation myocardial infarction (STEMI), 11 with non-STEMI (NSTEMI), and 19 with unstable angina (UA). After completion of diagnostic coronary angiography we performed intracoronary optical coherence tomography (OCT). Serum levels of NGAL and MMP-9 were measured in all participants. Results. Based on OCT findings, the 38 patients enrolled in this study were divided into those with plaque rupture (n=22) and those without plaque rupture (n=16). Serum levels of MMP-9 for patients with plaque rupture were significantly higher than those of patients without plaque rupture (3.75±1.88 ng/mL and 1.72±1.18 ng/mL, p=0.028). Similarly, mean serum level of NGAL among patients with plaque rupture was 2.77±1.39 ng/mL compared to 1.73±0.44 ng/mL for patients without plaque rupture (p=0.045). Receiver operator characteristic analysis showed that the area under the curve was 0.714 for hs-CRP (p=0.305), 0.857 for MMP-9 (p=0.087), and 0.905 for NGAL (p=0.050). Conclusion. Elevated serum levels of NGAL, MMP-9, and hs-CRP were related to the presence of ruptured coronary plaque. Moreover, NGAL can predict the presence of plaque rupture with excellent accuracy.

Characterization of the Novel DNA Binding Activity of the BRG1 At-Hook-Bromodomain

Sanchez, Julio C ProQuest Dissertations & Theses The University of 2020 해외박사(DDOD)

The packaging of eukaryotic DNA with histones into chromatin acts to compact DNA into the nucleus and provides a mechanism for regulation of DNA-templated processes. Spatial and temporal remodeling of chromatin structure is critical for all DNA-templated processes. The BRG1/BRM associated factor (BAF) complex, is an ATP-dependent chromatin remodeling complex that plays a role in gene regulation. The Brahma related gene 1 (BRG1) subunit of BAF, which provides the ATPase activity, contains a bromodomain (BD) at its C-terminus. BDs are well-characterized readers of acetylated lysines on histones, and the BRG1-BD has been shown to bind H3K14ac. However, it was recently discovered that in addition to binding acetyl-lysine, the BRG1-BD associates with DNA, a novel function for BDs. My studies have demonstrated that an adjacent AT-hook motif contributes to a multivalent mechanism of association with DNA, increasing affinity and specificity. The systematic evolution of ligands by exponential enrichment (SELEX-seq) was applied to generate a biophysical model of sequence specificity for the BRG1 ATBD. I used biolayer interferometry (BLI) to determine the kinetic and thermodynamic basis of association of the ATBD with DNA and NMR spectroscopy to study the molecular basis of this association. These studies culminated in a structural model that exhibits the AT-hook embedded in the minor groove of DNA and tethering the BD to the major groove of DNA. Together my results dissected the contribution of the BRG1-ATBD to the targeting of BAF to chromatin, and these findings are paving the way to investigate the functional implications of the DNA binding activity of the BRG1 ATBD in the context of BAF.

지역 공동체 미디어 실천에 대한 현장 연구 : ‘창신동 라디오 <덤>’의 개체화와 주체화 과정에 대하여

반명진 韓國外國語大學校 大學院 2019 국내박사

2012년부터 현재 다양한 방식으로 공동체 미디어 활동이 전국적으로 활발하게 전개되고 있다. 이런 미디어 생태계의 변화와 관련하여 (소출력) 공동체 라디오를 비롯하여 최근의 ‘마을(공동체) 미디어’ 실천에 이르기까지 여러 사례 연구들이 진행되어 왔다. 공동체 라디오가 전 세계적으로 다양한 형태와 특징을 가지고 있듯이, 지역을 기반으로 한 공동체 미디어 실천의 경우 공동체 미디어의 활동 공간인 지역의 맥락, 참여 주체로서의 지역 공동체 구성원들의 미디어 실천 방식과 지역 내에서의 관계들, 그리고 공동체 미디어와 지역 공동체와의 관계 등 여러 요소들이 공동체 미디어 실천에 영향을 준다. 본 연구에서는 공동체 미디어 실천에 대한 현장 사례로 ‘마을(공동체) 미디어’ 중 한 곳인 ‘창신동 라디오 <덤>’에 주목하고자 한다. 연구 대상이 위치한 창신동은 서울의 도심에 위치해 있으면서 한국 사회의 변화와도 긴밀하게 닿아 있는 지역이다. (창신동이 포함된) 창신-숭인 지역은 2013년에 처음으로 뉴타운 구역에서 해제되어 최근까지 도시재생과 관련한 여러 실험들이 전개되고 있는 곳이다. 한국 사회에서 도시재생 방식의 대안적인 시도들은 도시를 ‘총체적 삶의 터전’이 아니라 단지 잠을 청하는 곳(bed town)이나, 단순한 일터 또는 소비만을 위한 시장 등으로 파편화하여 접근해 온 방식에 대한 문제 제기와 비판적 실천의 성격을 담고 있다. 본 연구에서 주목하고 있는 지역을 기반으로 한 공동체 미디어 실천도 한국 사회의 이런 대안적 실천들과 일정 부분 관련되어 있다고 하겠다. 본 연구는 참여 관찰을 중심으로 한 현장 연구를 통해 지역을 기반으로 한 공동체 미디어 실천의 존재론적 조건인 지역과 지역 공동체와의 관계 속에서, 그리고 실천 주체인 지역 공동체 구성원들의 미디어 실천 과정 속에서 공동체 미디어 실천의 함의에 대해 고찰해 보려는 시도를 담고 있다. 연구 대상은 서울시 종로구 창신동에 위치한 ‘창신동 라디오 <덤>’과 지역의 여러 활동 단체들, 그리고 지역 공동체 구성원들 및 미디어 활동가들이다. 현장 연구는 참여 관찰을 중심으로 1년 8개월의 시간이 소요되었으며(2016년 5월 ~ 2017년 12월), 심층 인터뷰는 2016년 8~9월, 2017년 9~11월, 그리고 추가 후속 인터뷰는 2018년 10월에 진행되었다. 이론적 논의에서 살펴 본 ‘개체화, 개체와 연합 환경, 주체화, 다중, 공동체적 감수성’을 중심으로 공동체 미디어 실천에 대해 분석한 결과를 정리하면 다음과 같다. ‘창신동 라디오 <덤>’의 공동체 미디어 실천의 경우 온라인보다는 오프라인에서 지역 공동체 및 구성원들과의 접점이 더 빈번히 발생하고 있었다. 이런 지역의 상황에 따라 온라인을 중심으로 하는 미디어 실천 방식을 한 축으로 하되 지역 공동체 구성원들과의 접촉면을 넓히기 위한 (오프라인상의) 다양한 기획들이 시도되고 있음을 관찰할 수 있었다. 본 연구에서는 그런 공동체 미디어 실천 방식의 다각화를 미디어 내적/외적 실천과 직접적/간접적 참여의 측면에서 검토해 보았다. 지역을 기반으로 하는 공동체 미디어 실천 양태와 방식의 다각화는 공동체 미디어 실천의 존재론적이 배경이 되는 지역 공동체와 관련되어 있다. 이는 지역 공동체 미디어 실천에 대한 논의가 미디어적인 측면에 방점을 두고 접근되어서는 안 됨을 재확인해 주며, 공동체 미디어 실천의 지속 가능성과 관련한 당면 과제가, ‘개체 - 연합 환경’의 쌍으로, 다시 말해 ‘공동체 미디어 - 지역 공동체’의 맥락에서 함께 논의될 필요가 있음을 시사해준다. 공동체 미디어 실천의 개체화는 미디어에만 국한된 것이 아니라, 공동체 미디어 실천에 직접적/간접적으로 참여하는 지역 공동체 구성원들의 삶에도 영향을 주고 있음을 참여 관찰 과정에서 발견할 수 있었다. 공동체 미디어 실천은 참여하는 실천 주체들에게 ‘네트워크’ 차원에서의 ‘관계’와 ‘마주침’의 계기를 제공해 주고 있으며, 이런 계기들은 지역에서의 삶, 즉 마을살이와 관련한 구체적인 관계망을 엮어줄 뿐만 아니라, 더 나아가 지역의 여러 커뮤니티들 간의 협업을 가능하게 해 준다. 이런 측면에서 공동체 미디어 실천은 ‘다중’ 실천의 주요 특성인 네트워크 실천의 장으로서 미디어 플랫폼의 가능성을 담고 있다고 하겠다. 심층 인터뷰 및 비공식적인 담화에서 확인할 수 있듯이, 공동체 미디어 실천을 통한 ‘공동체’라는 ‘사건’과의 마주침 속에서 참여자들은 다양한 감정의 결들을 경험하게 된다. 그런 감정의 결들 중 설렘과 재미 등의 감정은 공동체 미디어 실천에 긍정적 요소로 작용하지만, 반면 참여자들이 경험하는 부담감과 피로감 등의 감정의 결들은 실천 방식에도 영향을 주고 있음을 발견할 수 있었다(감정적 거리 두기). 그러나 그런 부정적인 감정의 결들을 경험하더라도 참여자들은 미디어 외적인 실천을 통해서라도 간접적인 방식으로 공동체 미디어 실천에 참여하고 있음을 또한 발견할 수 있었다. 이런 (간접적) 참여 방식은 공동체 미디어 실천의 현실적 어려움(비영리, 자발적 참여)에도 불구하고 지속적으로 공동체 미디어 실천을 가능하게 하는 요소로서 재검토되어질 수 있을 것이다. 실천 주체들은 지역에서의 삶(구체적인 국면)과 관련하여 자신의 실천적 역량의 잠재성(전개체적 퍼텐셜)을 공동체와의 관계 속에서 공동체 미디어 실천 과정(직접적/간접적, 미디어 내적/외적)을 매개로 체험하고 있었다. 이는 공동체 미디어 실천 과정이 추상적인 층위의 공동체에 대한 느낌이 아니라 구체적인 차원에서의(지역의 삶 속에서) 공동체적 감수성을 환기시키는 경험을 참여자들에게 직접적/간접적으로 제공해 주고 있기 때문으로 평가할 수 있을 것이다. 이번 연구의 의의는 공동체 미디어 활동가들의 경험뿐만 아니라, 공동체 미디어와 접점에 있는 지역 공동체 구성원들의 공동체 미디어에 대한 경험까지 살펴봄으로써, 공동체 미디어 실천과 참여에 대해 좀 더 다각적인 접근을 시도해 보았다는 데 있다. 지역을 기반으로 하는 공동체 미디어 실천은 지역 공동체와 지역 공동체 구성원들의 실천 방식이 만들어 내는 역동적인 소통 과정의 잠정적 산물이다. 이에 따라 공동체 미디어의 정체성과 실천 양태 또한 고정되어 있지 않으며, 현장의 맥락에 따라, 국면에 따라, 참여자들의 공동체 미디어 실천 양상에 따라 가변적으로 개체화된다. 개체 - 연합 환경의 쌍으로서 공동체 미디어와 지역 공동체는 관계를 형성하고 있으며, 구체적인 삶의 현장으로서의 공간/지역 속에서 공동체 미디어 실천은 위치한다. 이는 공동체 미디어의 활성화와 지속 가능성을 위한 제도적 지원 방안이 ‘미디어’에만 방점을 찍고 접근되어질 것이 아니라 지역 공동체의 맥락 속에서 검토되어지고 기획되어져야 함을 시사해준다. From 2012, various community media practices have been popularized in Korea. Multiple studies have reported such changes in terms of media ecology, researching the various fields from the low power community radio to the recent ‘Maeul (community) media’ practices. Community media practices affect the contextual sense of space in community, which engages the ways of the participation of local residents to the media practice and shifts the relations among them. This study focuses on media practices of ‘Changshin-dong Radio <Dum>’, which is one of community media in Seoul that initiated from 2012. ‘Changshin-Dong’ of Jongno-gu is in the central area of Seoul and closely related with social changes of Korea. In 2013, Seoul canceled the redevelopment plan of the area called “new town.” Instead, a variety of activities of urban regeneration, often experimental, have been performing since then. They collectively attempt to problematize the people’s perceptions to the city as fragments, giving a segment to a different and designated role such as bed-towns, working areas, or shopping spaces. This study aims to depict community media practices that re-imagine their living space as a whole for everyday experiences. They are in line with Seoul’s other urban (re)generation movements. With participatory observations and in-depth interviews, this study aims to discover the meanings of community media practices, focusing on the media’s ontological conditions and the participants’ cultural practices as subjects of media practices. It took a year and eight months to do the fieldwork (participatory observation from May 2016 to December 2017; in-depth interviews from August to September 2016, from September to November, 2017, and October, 2018). Based on the theoretical concepts of Individuation, the Individual and Milieu Associé (associated milieu), Subjectivation, Multitude, Sense of Community, this study found the following results. Community media practices(in a case of <Dum>) enable more encounters among the members of community, which happens more in offline than online. <Dum> has tried various projects in offline to increase the number of contacts to the local community (residents), along with online media practices(internet-based broadcasting and participation of producing the contents). This study finds those diversifications of community media practices as inner or outer practices of media and direct or indirect participation. These diversifications in forms and practices can be a solution for the sustainability of community media practices. It suggests the community media should focus on not media-oriented approach but for paring community media and local community (that is, the individual and milieu associé). This study finds that the individuation of community media practices affects not only the forms and practices of the media but also lived experiences of local community residents who have participated in community media practices. Direct and indirect participation to community media can make a social-bond among participants and provide an opportunity to meet other community networks. It can change an individual to live with their community, and such a change benefits to the community as well for solving the problem of community. The possibility of network-practices featuring practices of Multitude inheres in community media practices. In-depth interviews and informal conversations reveal that participants of community media experience complex emotions to the community event. These feelings range from positive textures of pleasure (excitement and fun) to negative (felt burdened or fatigued). While positive ones make the participation to be willing, negative ones create emotional distance among participants. This study finds, however, the participants try to join in media practices with indirect ways although the negative emotions. This may be one of crucial elements for the community media’s sustainablity. The study also unveils participating community media can be an opening of self-subjectivation of their potential to the community. In many cases, their realization emerged into several processes of community media practices, including direct and indirect ways, and core or peripheral places (inner or outer of media). Community media practices provide participants a specific feeling of belonging (or of community), helping them to understand their community in relations to their everyday lives, not as an abstract sense. This study attempts to locate the community media practices within the concrete milieu of local community Changshin-dong and to look into the interwoven dynamics of community media practices by approaching experiences of local community residents and community media activists. Local community-based media practices are the temporary productions of the dynamic communication (as individual on metastable stasis) among members of the community and participants of the media. The identity of Community media cannot be fixed but flexibly diverted by the context, phases, and practices in the field. Community media practices are located in the specific context of quotidian lives of community residents, as a pair of the individual, and associated milieu, community media and the local community.

體質性 染色體 轉座와 유윙肉腫에 同伴된 11;22번 染色體 轉座를 利用한 11番 染色體 長腕에서 遺傳子 地圖

김종완 忠南大學校 1996 국내박사

Factors influencing job satisfaction among doctors working in public health facilities in Democratic Republic of the Congo

Munduku, Gerse Lucide Lukianame Graduate School of Public Health, Yonsei Universit 2022 국내석사

Background: Doctors play a key role in the adaptation and performance of the healthcare systems in their structure and available resources. But gradually a physician’s job has lost its charm as it used to be in past. Employee job satisfaction is the fulfillment, gratification, and enjoyment that comes from work. Doctors, whose needs and expectations are satisfied, tend to be more productive compared to their colleagues. In Democratic Republic of Congo (DRC) assuring job satisfaction among doctors is a major challenging issue, but no one ever conducted a study of this magnitude on doctor’s job satisfaction nationwide. Thus, this paper is aimed at describing factors influencing job satisfaction among doctors working in public health facilities in Democratic Republic of the Congo. Methods: A descriptive cross-sectional nation-based study design was carried out on December 2021 to describe the factors influencing job satisfaction among 952 doctors working in Public Health Facilities in the Democratic Republic of the Congo, using secondary data coming from Demographic and Health Survey (DHS) Program/Service Provision Assay (SPA) DRC 2017 – 2018. Chi-square test and logistic regression analysis were used to identify factors related to job satisfaction. Variables which have P-value less than or equal to 0.05 with corresponding AOR (Adjusted Odds Ratio) at 95 % confidence interval was considered to declare the significance association. Results: The overall job satisfaction among doctors working in Public Health Facilities in the Democratic Republic of the Congo was 23.0%. However, 371 (39.0 %) declared they have received promotional opportunities, 754 (79.2 %) declared they received salary supplements, and 519 (54.5%) received non-monetary incentives. The majority of doctors were males (85.1%), general practitioner (98.3%) or worked in referral general hospitals (77.8%). Also, more than half of doctors (66.5%) worked more than 45 hours on average each week, and the mean of their hours of work was 49.8 hours. Almost all doctors 98.5% had less than or equal to 15 years of work experience, and the mean of their work experience was 3.7 years. 63.3% of doctors were managers and 62.8% of them were in rural area. The management position, written job description and in-service training opportunity were identified as significant factors for the satisfaction of doctors on their job after adjusting for confounding factors. Doctors who were in management position were 2.789 times more likely to get satisfied with their job compared to those who were not (AOR = 2.789, 95% CI (1.798, 4.325)). Those who had or declared to have a written job description were 1.697 times more likely to get satisfied with their job compared to the counterpart (AOR = 1.697, 95% CI (1.184, 2.431)). Those doctors who have received at least one in-service training, training updates or refresher trainings within past 24 months were 1.90 times more likely to get satisfied with their job compared to those who have not (AOR = 1.90, 95% CI (1.32, 2.73)). Conclusion: According to this study, only one-fourth of the doctors working in public sector in the Democratic Republic of Congo were satisfied on their work. The study suggests that doctor’s management position, written job description and in-service training opportunity were identified as important predictors of job satisfaction. Therefore, those indicators should be considered to improve the quality of healthcare in public health policy making process.

Associated Primes of Rings

임보해 이화여자대학교 대학원 1996 국내박사

학령전 말더듬 아동이 보이는 수반행동과 비유창성의 연관성

이혜란 연세대학교 대학원 2008 국내박사

Associated behavior is shown during disfluent speech, since it started act, or it can start earlier. The views of previous studies on associated behavior are as followings. First, associated behavior appears after stuttering moment has started, which previous studies on associated behavior have mostly focused on stuttering moment. Second, associated behavior has been known as a learned behavior by operant conditioning after long time experience of stuttering, and it is worked as an escape behavior. However, recent studies on early characteristics of children who stuttering show that post stuttering onset time is not related with associated behavior, and even children who do not stutter show them during fluent speech.This study assumed that associated behavior may appear during normal disfluency, and they may be related with disfluency type based on previous studies. The purpose of this study was that the frequency of associated behavior is related with disfluency type firstly, and temporal characteristics of associated behavior is related with disfluency type secondly.This study analyzed 2,092 times of associated behaviors on total 515 stuttering duration of 3-5 years old children who stutter. The results are that the frequency of associated behavior was not related with disfluency type, but temporal characteristics of associated behavior was related with disfluency type. In other words, behavior associated with tonic or clonic disfluency was initiated more before than normal disfluency when associated behavior had started earlier than disfluency.This results have following three implications theoretically. First, the results propose the possibility of various functions of associated behaviors. Behavior associated with normal disfluency may reflect cognitive demands as well as escape function. Second, associated behavior is related with the extent of difficulty for fluent speech, not with post stuttering onset time. Third, it is useful method to analyze temporal characteristics of associated behavior. Also, this results can help clinicians to save time in diagnosis of children who stutter. 수반행동은 비유창성과 연관되어 관찰될 수 있는 행동으로서 그 시작 시점은 비유창성이 진행되는 동안 혹은 그 이전부터일 수 있다. 지금까지의 대부분의 선행연구들에서 밝힌 수반행동에 대한 일반적인 견해는 다음과 같다. 첫째, 수반행동은 말더듬는 사람이 더듬는 순간에 보이는 행동이라는 것이다. 이에 따라 선행연구들에서 이루어진 분석들은 말더듬는 순간에만 보이는 수반행동에 초점을 맞추어 왔다. 둘째, 수반행동은 말더듬을 오랜 기간 동안 경험하면서 나타나는 행동으로서, 말더듬는 순간으로부터 벗어나기 위한 탈출행동으로 정의된다. 그러나 이러한 견해들은 최근 일부 연구에서 반론이 제기되고 있다. 즉, 말더듬 아동이 아닌 정상아동이 유창하게 말하는 동안에도 다양한 신체 행동을 보인다는 것이다. 또한, 수반행동이 말더듬 출현후기간이 짧은 어린 아동에게도 나타나며, 수반행동의 출현빈도와 말더듬 출현후기간은 연관성이 없다고 보고된 바 있다.이러한 최근 연구 결과들에 기초할 때 수반행동은 말더듬 아동의 정상비유창성 동안에도 나타날 수 있고, 말더듬 출현후기간 자체보다는 중증도를 반영하는 다양한 비유창성과 더 중요한 관계를 가지고 있다고 가정할 수 있다. 이에, 본 연구에서는 연구목적을 다음의 두 가지에 두었다. 첫째, 말더듬 아동의 수반행동이 비유창성 종류(긴장성 비유창성, 경련성 비유창성, 정상비유창성-긴장, 정상비유창성)에 따라 다른 출현빈도를 보이는지를 살펴보고자 하였다. 둘째, 수반행동이 비유창성 시작점을 기준으로 언제 시작되는지가 비유창성 종류에 따라 다르게 나타나는지를 알아보고자 하였다.이를 위하여 본 연구에서는 만 3~5세 15명의 말더듬 아동을 대상으로 이들이 보인 총 515개의 비유창성 동안에 관찰된 2,092회의 수반행동을 분석하였다. 그 결과는 다음과 같다. 첫째, 비유창성 유형에 따라 수반행동은 출현빈도가 서로 다르지 않았다. 둘째, 비유창성의 유형에 따라 수반행동의 시간적인 특성이 서로 달랐다. 즉, 수반행동이 비유창한 말 이전부터 시작되는 경우, 긴장성 비유창성이나 경련성 비유창성은 정상비유창성보다 더 이전부터 수반행동이 시작되고 있었다. 이는 아동들이 중한 형태의 비유창성에서 말에 대한 어려움을 더 먼저 예측하고 미리부터 반응을 보인 결과로 해석할 수 있다.이러한 결과에 기초할 때 본 연구는 이론적으로 다음의 세 가지 의의를 가진다. 첫째, 수반행동의 다양한 기능의 가능성을 실험적으로 증명하였다. 수반행동이 더듬는 순간뿐만 아니라 정상비유창성 동안에도 출현하였고, 그 빈도가 다르지 않았던 결과는 수반행동이 탈출행동 혹은 투쟁행동뿐 아니라 인지적인 처리상의 어려움을 반영한 결과로서도 나타날 수 있음을 시사한다. 둘째, 수반행동은 단순히 말더듬 출현후기간의 차원에서가 아니라 비유창함의 정도와 연관될 수 있음을 보여주었다. 이는 기존의 말더듬의 통시적인 진행경로 및 최근의 말더듬 출현후기간이 길지 않은 아동들도 심한 말더듬 유형이나 수반행동을 보인다는 결과를 동시에 해석하는데 뒷받침이 될 수 있다. 셋째, 수반행동을 분석하기 위한 유용한 틀을 제시하였다. 대부분의 선행연구들이 말더듬의 진행경로와 수반행동의 출현과의 관계를 설명하거나, 거시적으로 말더듬/비유창성 당 수반행동의 빈도를 살펴보는데 주로 초점을 맞추었다면, 본 연구는 비유창성 및 수반행동이 나타나는 ‘순간’의 미시적인 특성도 함께 살펴보았다.또한, 유창함의 중증도를 반영하는 수반행동의 특성을 살피기 위해서는 더듬기 이전부터 시작되는 수반행동들을 집중적으로 관찰할 필요가 있을 것으로 보인다. 이는 임상 현장에서 진단 시 시간적 효율성을 증진시키는데 도움이 될 수 있을 것으로 보인다.

Correlation of expression of Yes-associated protein and phosphorylated Yes-associated protein with clinicopathologic parameters in esophageal squamous cell carcinoma

여민경 충남대학교 대학원 2012 국내석사

Yes-associated protein is a nuclear downstream effector of the Hippo pathway, a regulator of cell growth and apoptosis. It has been investigated in carcinomas as a candidate human oncogene serving as a transcription co-activator in nucleus. The phosphorylated form locates to the cytoplasm, preventing cellular proliferation by spatially segregating Yes-associated protein from the nucleus. This study aimed to investigate, using immunohistochemistry, the relationships of the phosphorylated and non-phosphorylated forms of Yes-associated protein with clinicopathologic variables in esophageal squamous cell carcinoma. In 142 cases, higher nuclear expression of Yes-associated protein was correlated with tumor diameter, T stage (I versus II-IV), pathologic TNM stage (I versus II-IV) and Ki-67 proliferation index in univariate analyses. Higher nuclear expression of Yes-associated protein was significantly associated with worse overall and disease-free survival from Kaplan?Meier plots. Multivariate analysis showed higher nuclear expression of Yes-associated protein to be an independent prognostic marker for overall survival. The cytoplasmic expression of the phosphorylated form in esophageal squamous cell carcinoma was not correlated with Ki-67 expression and was higher than in the normal esophageal epithelium; nuclear expression was not different in the two tissues. Our results suggest that Yes-associated protein shifts from the nucleus to the cytoplasm as a consequence of phosphorylation, which occurs in the presence of high tumor cell density in the case of esophageal squamous cell carcinoma, and is inactivated. Nuclear expression of Yes-associated protein is correlated with tumor cell proliferation and is an independent predictor of worse prognosis of esophageal squamous cell carcinoma.

Clinical implications of the expression of FOXP3 in tumor cells and Tregs in gastric cancer

서정호 경희대학교 대학원 2014 국내석사

Introduction: FOXP3 appears to function as a transcription factor in the development and function of regulatory T cells. I investigated tumor-associated FOXP3 and FOXP3 in Tregs as a prognostic biomarker for gastric cancer. Methods: We consecutively enrolled 116 patients with gastric cancer who received curative gastrectomy at Kyung-Hee University Hospital at Gangdong between June 2006 and July 2009. FOXP3 expression was examined by immunohistochemical staining. FOXP3 expression was observed in tumor cells and lymphocytes in gastric stromal tissue. Results: Of 116 patients, 89 were men. The median age was 59 years. At diagnosis 61 patients had stage I tumors, 26 had stage II, and 29 had stage III. Positive expression of tumor-associated FOXP3 was observed in 68 patient samples (68/116, 58.6%) and FOXP3 in Tregs was observed in 66 (66/116, 56.8%). Both tumor-associated FOXP3 expression and FOXP3 in Tregs were significantly associated with lower T stage (P<0.001 for both), lower TNM stage (P=0.008 for tumors, P=0.003 for Tregs), negative lymphatic invasion (P=0.036 tumors and P=0.009 Tregs) and negative neural invasion (P=0.005 tumors and P<0.001 Tregs). FOXP3 expression was specific to cancer cells. Tumor-associated FOXP3 and FOXP3 in Tregs showed nonsignificant positive correlation (R2=0.04, P=0.03) by linear regression analysis. Multivariate analysis showed that only TNM stage was an independent prognostic factor for OS while FOXP3 in cancer cells or in Tregs was not. Conclusion: Both positive tumor-associated FOXP3 expression and FOXP3 expression in Tregs were more strong in early stage gastric cancer. Tumor-associated FOXP3 might inhibit tumor cell proliferation, especially in early stage gastric cancer. Additional studies are needed to determine the effect of FOXP3 expression in cancer cells and in Tregs on immune system regulation in gastric cancer oncogenesis. Key words: tumor-associated FOXP3, FOXP3 in Tregs, stomach cancer 배경; FOXP3는 쥐와 사람에서 유전자 전사조절을 담당하며, CD4+CD25+ immunosuppressive T regulatory cells (Tregs)를 조절하는데 가장 중요한 유전자로 알려져 있다. 우리들은 위암에서 tumor-associated FOXP3와 FOXP3 in Tregs의 발현을 관찰하여 이 두 가지 유전자가 위암에서 예후인자로서 어떤 역할을 하는지 알아보고자 본 연구를 계획하게 되었다. 방법; 2006년부터 2009년까지 강동경희대병원에서 근치적 위암 수술을 받은 환자의 116개의 위암조직 파라핀블록을 이용하여 면역화학조직염색방법을 통하여 tumor-associated FOXP3와 FOXP3 in Tregs 의 발현을 관찰하고 이를 임상병리학적 변수들과 비교, 분석하였다. 결과; 116명의 환자 중에서 89명은 남자였고 나이의 중앙값은 59세이었다. 진단시 병기는 I기가 51명, II기가 26명, III기가 29명이었다. Tumor-associated FOXP3는 68명에서 (68/116, 58.6%) 발현되었고 FOXP3 in Tregs은 66명에서 (66/56.9%)에서 발현되었다. Tumor-associated FOXP3 발현과 FOXP3 in Treg 발현은 모두 낮은 T stage (P<0.001, P<0.001), 낮은 TNM stage (P=0.008, P-0.003),음성 임파절침범 (P=0.036, P=0.009), 음성 신경침범 (P=0.005, P<0.001)과 통계적으로 유의하게 연관되어 있었다. 두 가지 인자는 약한 양의 상관관계가 있었으나 상관계수R2=0.04로 관련성은 크지 않았다. 다변량 분석에서 오직 TNM stage만 의미 있는 독립된 예후인자였다. 결론; 위암에서 tumor associated FOXP3와 FOXP3 in Tregs의 발현은 둘다 낮은병기에서 더 자주 관찰되었으며 tumor-associated FOXP3는 암세포에만 발현되었다. 이를 통해 위암의 조기병변에서 FOXP3가 암세포의 증식을 억제하는 면역조절기능에 대한 추가적인 연구가 필요할 것으로 생각된다.