Phylogenetic analysis of two <i>Plectus</i> mitochondrial genomes (Nematoda: Plectida) supports a sister group relationship between Plectida and Rhabditida within Chromadorea

Kim, Jiyeon,Kern, Elizabeth,Kim, Taeho,Sim, Mikang,Kim, Jaebum,Kim, Yuseob,Park, Chungoo,Nadler, Steven A.,Park, Joong-Ki Elsevier 2017 Molecular phylogenetics and evolution Vol.107 No.-

<P><B>Abstract</B></P> <P>Plectida is an important nematode order with species that occupy many different biological niches. The order includes free-living aquatic and soil-dwelling species, but its phylogenetic position has remained uncertain. We sequenced the complete mitochondrial genomes of two members of this order, <I>Plectus acuminatus</I> and <I>Plectus aquatilis</I> and compared them with those of other major nematode clades. The genome size and base composition of these species are similar to other nematodes; 14,831 and 14,372bp, respectively, with AT contents of 71.0% and 70.1%. Gene content was also similar to other nematodes, but gene order and coding direction of <I>Plectus</I> mtDNAs were dissimilar from other chromadorean species. <I>P. acuminatus</I> and <I>P. aquatilis</I> are the first chromadorean species found to contain a gene inversion. We reconstructed mitochondrial genome phylogenetic trees using nucleotide and amino acid datasets from 87 nematodes that represent major nematode clades, including the <I>Plectus</I> sequences. Trees from phylogenetic analyses using maximum likelihood and Bayesian methods depicted Plectida as the sister group to other sequenced chromadorean nematodes. This finding is consistent with several phylogenetic results based on SSU rDNA, but disagrees with a classification based on morphology. Mitogenomes representing other basal chromadorean groups (Araeolaimida, Monhysterida, Desmodorida, Chromadorida) are needed to confirm their phylogenetic relationships.</P> <P><B>Highlights</B></P> <P> <UL> <LI> The phylogenetic position of Plectida within Chromadorea (Nematoda) remains uncertain. </LI> <LI> We determined two new mitochondrial genome sequences of <I>Plectus</I>, the first representatives of the order Plectida. </LI> <LI> Mitochondrial genome trees depicted Plectida as the sister group to all other chromadorean nematodes (Rhabditida). </LI> <LI> The mitochondrial gene arrangement of <I>Plectus</I> is unique, and has no shared gene clusters with other chromadorean members. </LI> </UL> </P> <P><B>Graphical abstract</B></P> <P>[DISPLAY OMISSION]</P>

In-Situ High-Temperature Heating Setup for Spectronanoscopy at Pohang Light Source

Mikang Kim,Namdong Kim,Hooman Hosseinkhannazer,Ki-Jeong Kim,Hyun-Joon Shin 한국진공학회(ASCT) 2022 Applied Science and Convergence Technology Vol.31 No.1

The scanning transmission X-ray microscope (STXM) beamline at the Pohang Light Source was recently setup for in-situ heating. In this setup, the STXM is operated normally with ~30 nm diameter focused X-rays, and the heating temperature is manipulated using control software. The upper limit and maximum heating rate of the heating temperature are 900℃ and 900℃/s, respectively, and the time taken to reach the target temperature is less than ~10 s. The heating setup was used in the following examples: step-like heating of soldering-material particles of up to 380℃, step-like heating of Au thin films of up to 900℃, and pulse-like heating of submicron FeOx particles at 900℃ for 20 s.

중도입국 청소년의 정의적 요인이 한국어 숙달도에 미치는 영향

김미강 ( Kim Mikang ),김영주 ( Kim Youngjoo ) 국어교육학회 2021 國語敎育學硏究 Vol.56 No.1

본 연구는 79명의 중도입국 청소년의 자아존중감, 자기효능감, 불안을 측정하여 한국어 숙달도에 미치는 영향을 알아보았다. 각 정의적 요인을 측정하기 위하여 Rosenberg(1965)의 자아존중감 척도, 김아영·박인영(2001)의 학업적 자기효능감 척도, Horwitz 외(1986)의 외국어 교실 불안 척도, Lee-Ellis(2009)의 Korean C-test를 사용하였다. 측정된 자료를 분석하기 위해서 SPSS 25를 사용하여 빈도분석, 상관분석, 회귀분석, t 검정을 실시하였다. 그 결과, 본 연구 참여자는 다른 한국어 학습자들보다 낮은 자아존중감, 높은 자기효능감, 낮은 불안 정도를 가지고 있었다. 남학생이 여학생보다 난이도가 높은 과제를 선호하는 것으로 나타났다. 한국어 숙달도와의 관계에서는 자아존중감과 자기효능감 하위 영역인 자신감이 정적 상관관계를, 외국어불안은 부적 상관관계를 나타냈다. 영향 관계를 확인한 결과 자아존중감, 자기효능감(자신감), 불안 점수가 한국어 숙달도 점수의 변화량을 설명하는 것으로 확인되었다. This study investigated the effects of self-esteem, self-efficacy, and anxiety on the Korean language proficiency of immigrant adolescents. Rosenberg(1965)’s RSES, Kim & Park(2001)’s ASES, Horwitz et el.(1986)’s FLCAS, and Lee-Ellis(2009)’s Korean C-test were employed to conduct surveys with 79 immigrant adolescents in a high school. To analyze the data, frequency analysis, correlation analysis, regression analysis, and t test were used. The study found: (1) Immigrant adolescents had lower self-esteem, higher self-efficacy, and lower anxiety than any other language learners. Male immigrant adolescents preferred a higher task difficulty compared to their female counterparts. (2) Self-esteem and self-efficacy(self-confidence) were positively correlated with Korean language proficiency, and language anxiety was negatively correlated. (3) Self-esteem, self-confidence, and anxiety were factors affecting Korean language proficiency.

The role of small bowel endoscopy in small bowel Crohn`s disease: when and how?

( Mikang Kim ),( Hyun Joo Jang ) 대한장연구학회 2016 Intestinal Research Vol.14 No.3

Endoscopy has a crucial role in the diagnosis, management, and surveillance of inflammatory bowel disease (IBD). It contributes in supporting the diagnosis of IBD with the clinical history, physical examination, laboratory findings, and targeted biopsies. Furthermore, endoscopy has a significant role in assessing disease activity and distribution in treatment efficacy evaluation, post-surgical recurrence risk, and cancer surveillance in patients with long-lasting illness. Endoscopy also provides therapeutic potential for the treatment of IBD, especially with stricture dilatation and treatment of bleeding. Small bowel (SB) endoscopy (capsule endoscopy and device-assisted enteroscopy) and cross-sectional radiologic imaging (computed tomography enterography and magnetic resonance enterography) have become important diagnostic options to diagnose and treat patients with SB Crohn’s disease. We reviewed the present role of SB endoscopy in patients with SB Crohn’s disease.

시지각 특성과 시선운동 원리를 활용한 미술 감상 방법과 교육 프로그램에 관한 연구

김미강(Mikang Kim),장진범(Jinbeum Jang),김철현(Chulhyun Kim),백준기(Joonki Paik) 한국콘텐츠학회 2016 한국콘텐츠학회논문지 Vol.16 No.5

시지각 원리의 교육은 심리학에만 국한되지 않고 미술 감상 교육에도 필요한 학습 과정이다. 하지만 아직까지도 미술 수업을 표현 활동으로 인식하기 때문에 국내 미술 교육에서 감상 활동은 축소되거나 원활히 이루어지고 있지 않다. 따라서 감상에 동기 부여를 제공하고 정규 미술 교육을 받지 않은 학습자들에게도 감상에 대한 부담을 줄여주는 미술 감상 교육 프로그램이 필요하다. 이러한 필요성에 의해 본 논문에서는 미술 작품의 이해를 위해 시지각 원리를 학습하여 새로운 작품을 구상하고 표현하는 활동과 다양한 미술 작품에 대입시켜 감상하는 활동을 제안한다. 먼저 미술 표현에서의 시선운동의 개념과 시선 추적 실험 결과를 통해 얻은 시지각 원리의 특징을 서술하였다. 그리고 시지각 원리와 시선운동과의 연관성을 찾기 위해 이를 기반으로 회화 작품 해석에 사용되는 시선운동을 분석하였다. 최종적으로 펠드먼 비평 양식을 도입하여 시지각 원리를 학습할 수 있는 미술 감상 프로그램을 제안한다. 그리고 3장에서 분석한 두 개의 회화작품을 제안한 미술 감상 프로그램에 적용한 예시를 제시한다. Learning the principles of perception belongs to both the psychology and art field. However, people define that an art education is an activity of expression, so an activity of an art appreciation is either downsized or hardly proceeded in an art class. Therefore, the art appreciation educational program that gives a motivation to appreciate the work of art and to minimize a burden towards the activity of an art appreciation is needed. This paper proposes an educational program that includes activities to appreciate the work of art using the principles of perception and to create personal portfolios. Also, we analyze the eye movement of the paintings according to the principles of perception. Finally, proposes the art appreciation education program based on Feldman’s critique method. In addition, we illustrate the example of the proposed art appreciation educational program with the analyzed paintings from section III.

아동의 조사(助詞)학습을 위한 딕토글로스를 활용한 수업 실행 연구

김미강(Kim, Mikang) 학습자중심교과교육학회 2017 학습자중심교과교육연구 Vol.17 No.12

이 연구는 외국인 초등학생의 외국어로서의 한국어 교육을 위한 문법 교육 가운데 초급의 수업으로 딕토글로스 수업을 활용하여 진행하는 수업을 통하여 문법교육에 대한 흥미를 일으키고 한국어 지식의 습득을 목표로 딕토글로스 수업의 효과성에 대한 수업 사례 연구이다. 국제학교에 재학 중인 초등학교 4학년의 외국인 학생들에게 8주간의 수업을 진행하며, 수업을 단계별로 고안하여 제시하였고, 학습자의 특성과 연령에서 쉽지 않은 문법 교육에 대한 시도를 딕토글로스 활동을 통하여 수업의 과정과 결과에 대하여 기술한 질적 연구이다. 딕토글로스 수업활동이 초등 연령대의 집중력이 부족한 학습자 들에게 흥미를 주고, 단순한 지식의 전달보다 학습의 효과 면에서 의의가 있으며, 교사의 수업활동 구성방안에 의하여 언어 기능이나 내용적인 수업 활동 변형이 가능하며 그필요에 대한 정당성을 보여주는 연구이다. 이를 통하여 외국어로서의 한국어교육이 어떠한 교수 방안을 통하여 점차적으로 발전해야할 지에 대한 제언과 수업 탐색 및 응용에 대한 준거를 마련하는 데 도움이 되도록 제안하는 연구이다. The purpose of this study is to investigate the effect of Dictogloss Instruction on the grammar education for beginner class, foreign language elementary school students, with the aim to acquire Korean language grammatical knowledge. This is a case study on Korean class for foreign students. The course is designed for 8-weeks, with students who are in the fourth grade of the elementary school in an international school. The classes are designed and presented in stages. The attempts of grammatical education is not easy for the characteristics and age of these learners. This is a qualitative study that describes the process and results. Dictogloss teaching activities are interesting for learners who lack concentration at elementary age. It is meaningful in terms of learning effect rather than simple knowledge transfer. It is a study showing the justification for the need. This study suggests that Korean language education as a foreign language should be gradually developed through specific teaching methods and suggests that it will help to establish criteria for further class search and application.

인간 조직 내 차등 메틸화 유전체 지역 연구를 위한 웹 기반 브라우저 구축

김준영(Junyoung Kim),심미강(Mikang Sim),박나영(Nayoung Park),김재범(Jaebum Kim) 한국정보과학회 2022 한국정보과학회 학술발표논문집 Vol.2022 No.06

참조 유전체 기반 Y 염색체 어셈블리 향상 연구

김현지(Hyeonji Kim),심미강(Mikang Sim),권기상(Kisang Kwon),위수연(Suyeon Wy),김재범(Jaebum Kim) 한국정보과학회 2021 정보과학회 컴퓨팅의 실제 논문지 Vol.27 No.7

차세대 시퀀싱 기술의 발달로 다양한 종의 방대한 유전체 시퀀싱 데이터를 생산할 수 있게 되었다. 그러나 포유류 Y 염색체에 대해서는 다른 염색체에 비해 고품질의 어셈블리 생산이 느리게 이루어지고 있다. 본 논문은 Y 염색체 어셈블리 품질 향상에 초점을 맞춰, 전장 유전체 시퀀싱 데이터를 참조 유전체에 매핑한 후 Y 염색체에 매핑된 리드(Y-리드) 만을 활용하여 Y 염색체 어셈블리를 수행하는 방법을 고안하였다. 해당 방법론을 특정 돼지 품종과 물영양의 전장 유전체 시퀀싱 데이터에 적용하였으며 Y-리드로 어셈블리를 수행한 경우 사용하지 않았을 때보다 스캐폴드의 총 길이와 참조 유전체 Y 염색체 어셈블리에 정렬된 스캐폴드 총 길이가 두 종 모두에서 증가하였다. 또한, 돼지 품종에서는 동일 종 참조 유전체 데이터를 활용하여 어셈블리 정확성 또한 향상되었음을 확인하였다. 따라서 본 연구에서 고안한 방법은 다양한 포유류의 고품질 Y 염색체 어셈블리 생성에 기여할 수 있을 것이다. Rapid advances in the next-generation sequencing technologies have enabled the accumulation of sequencing data from various species. However, the generation of high-quality Y chromosome assemblies in mammals has lagged because of the genomic complexity of the Y chromosome. This study focuses on developing a method of improving the quality of Y chromosome assembly, which performs the Y chromosome assembly using only the mapped reads to the Y chromosome (Y-reads) in a reference genome. This method was applied to a specific pig breed and a waterbuck with different types of sequencing data. When the assembly was performed with the Y-reads, the total length of the scaffolds and the total length of the aligned scaffolds to the Y chromosome assembly of the reference genome increased as compared to the result from a traditional approach. In addition. in the case of the pig breed with more types of sequencing data, both the size of the largest scaffold and the total length of high-quality scaffolds increased by about two folds compared to results from the traditional approach. These results clearly show the potential of our method in the production of high-quality Y chromosome assemblies for various mammal species.

Spatially Resolved Ni L<SUB>3-</SUB>, Co L<SUB>3-</SUB>, Mn L<SUB>3-</SUB>, and O K-edge Spectra Obtained from Pristine and Charged-State Li<SUB>1.0</SUB>Ni<SUB>0.88</SUB>Co<SUB>0.08</SUB>Mn<SUB>0.04</SUB>O₂ Cathode Materials Prepared by Focused-Ion-Beam Method

HyunJoon Shin,Mikang Kim,Namdong Kim,Hyeong-Do Kim,Changhoon Jung,JaeGwan Chung,KiHong Kim,Woo Sung Jeon 한국진공학회(ASCT) 2020 Applied Science and Convergence Technology Vol.29 No.4

Pristine and 4.35 V charged-state particles of the Li1.0Ni0.88Co0.08Mn0.04O₂ lithium–ion battery (LIB) cathode material were cross-sectioned by the focused-ion-beam method to allow the acquisition of spatially resolved Ni L₃-edge, Co L₃-edge, Mn L₃-edge, and O K-edge X-ray absorption spectra by scanning transmission X-ray microscopy with a spatial resolution of ~30 ㎚. The Co L₃-edge and the Mn L₃-edge spectra, respectively, displayed almost the same features throughout the particles for both the pristine-state and charged-state samples. The average oxidation states of the Co and Mn ions were estimated to be ~3+ and ~4+, respectively. The Ni L₃-edge and O K-edge spectra included different features, depending on the charge state and intra-particle location. The estimated average oxidation state of the Ni ions ranged from ~2.7+ to ~3.0+ for the pristine-state sample (space-averaged value: ~2.9+) and from ~2.7+ to ~3.5+ for the charged-state sample (space-averaged value: ~3.3+). A correlation was observed between the changes in the features of the O K-edge and Ni L₃-edge. These results would provide important implications for the development of high-performance LIBs.

참조 유전체 기반 Y 염색체 어셈블리 향상 연구

김현지(Hyeonji Kim),심미강(Mikang Sim),권기상(Kisang Kwon),김재범(Jaebum Kim) 한국정보과학회 2020 한국정보과학회 학술발표논문집 Vol.2020 No.12