Genome Type Analysis of Human Adenoviruses Associated with Pediatric Gastroenteritis in Korea

김희진,양재명,김경희,Kim, Hee-Jin,Yang, Jai-Myung,Kim, Kyung-Hee 대한미생물학회 1996 Journal of Bacteriology and Virology Vol.26 No.1

대략 36,000 base pairs (bp)의 두 가닥짜리 DNA를 지놈으로 가진 사람 아데노바이러스 (Ad)는 DNA 상동성(相同性) 및 생물학적/생화학적 성격이 특이한 49개의 혈청형이 알려져 있는데, 이들 대부분의 Ad가 영유아군 및 면역능이 저하된 성인에서 치사적 결과를 초래할 수 있다. Ad의 세포향성(向性)(tropism)은 매우 다양하여 종류에 따라 상기도 감염, 각결막염, 영유아 장염등을 유발하는데 최근 Ad의 다양한 병원성에 대한 원인을 분자생물학적 수준에서 규명하려는 노력의 일환으로 지역에 따라 주되게 출현하는 Ad형 규명이 활발히 이루어지고 있다. Ad 동정/확인은 표면을 이루고 있는 group 공통항원인 hexon 단백질을 탐지하는 효소면역 측정법 (EIA)에 의하며, Ad형별은 Ad fiber의 세포독성 중화시험에의 한다. 그러나, 세포독성 중화시험이 엄청난 노동력 및 시간을 요구하면서도 민감도/특이도가 만족스럽지 못하여 이를 개선하기 위하여 검체 또는 세포배양에서 Ad DNA를 추출하여 제한효소 절단형태를 비교하는 방법이 개발되었는데 이는 세포배양에 잘 자라지 않는 바이러스주의 형별뿐만 아니라 지역 분리주들의 지놈 변형주를 관찰하는 분자생물학적/분자역학적 연구에도 도움이 되고 있다. 국내에는 Ad와 관련된 소아장염의 빈도가 rotavirus에 의한 것 다음으로 빈번한데도 Ad40/41외에 주되게 출현하는 장내 Ad형들이 전혀 규명된 바 없고, 한국형 Ad들의 지놈형태가 전혀 보고된 바가 없다. 또한 세계적으로 Ad형별 조사지역이 늘어감에 따라 유아장염과 연관된 Ad 역시 Ad40, 41이 외의 형들이 Ad40, 41을 능가하는 것으로 보고되고 있는 지역도 있으나 국내에서는 Ad40, 41이외의 형들은 그 역학적 중요도가 전혀 알려져 있지 않다. 이로서 본 연구의 목적은 Ad주들에 특이 중화항체를 이용한 세포독성 중화시험과 Ad DNA 절단법을 적용하여 한국형 장내 Ad주들의 형별을 처음으로 시도함과 동시에 1989-1991사이 출현한 Ad들의 유전적 변형을 관찰하려는 것이었다. 두 방법 모두 사용하였을 때 주되게 출현하는 장내 Ad형들은 Ad4l, Ad2, Ad7, Ad5, 및 Ad40이었다. Ad40/41-양성 검체를 제외한 Ad hexon-EIA양성들의 77.5%를 형별 할 수 있었던 Ad DNA의 제한효소 절단방법은 형들간의 교차중화로 특이성이 낮았던 중화방법 (47.5%)보다 매우 효율적이어서 두 가지 방법을 함께 적응하였을 때는 40주중의 81.5%인 35주를 형별 할 수 있었다. 또한Ad DNA 제한 효소 절단방법은 Ad7 변이주 (Ad7b)도 탐지 할 수 있었다.

2000~2001년 경상남도에서 유행한 로타바이러스 유전자형

소경진,이미현,마상혁,김병철,양재명,So, Kyeung Jin,Lee, Mi Hyun,Ma, Sang Hyeok,Kim, Byung Chyeol,Yang, Jai Myung 대한소아감염학회 2004 Pediatric Infection and Vaccine Vol.11 No.1

목 적 : 로타바이러스는 영유아에서 설사를 일으키는 주요 원인 바이러스로서 세계적으로 유행하며 국내에서도 해마라 유행하고 있다. 국내에서 유행하는 로타바이러스의 유전자형을 규명하고 이를 기초 역학자료 및 백신 개발에 유용한 자료로 사용함과 동시에 로타바이러스 감염 환자들의 연령, 계절적인 분포 및 임상양상을 조사하여, 최근의 국내 로타바이러스 감염의 역학변화를 알아보는 것이 본 연구의 목적이다. 방 법 : 2000년 9월부터 2001년 4월까지 마산파티마병원 소아과에 내원하거나 입원하는 환자들 중 대변 검체에서 Latex agglutination검사(Slidex Rota-Kit2, Bio Merieux, France)로 로타바이러스 양성 판정을 받은 환자들의 검체를 이용하였다. 환자의 검체에서 RNA를 추출한 후 추출된 RNA를 주형으로 하여 cDNA를 합성한 뒤 VP4, VP7에 대한 PCR을 실시하여 유전자형을 결정하였다. 결 과 : 1) 총 대상 환자들은 120명이었고 남자가 79명(65.8%), 여자가 41명(34.2%)이었다. 연령별로는 생후 2일에서부터 12세까지 분포하였고 2세이하 환자가 97%인 l16명으로 대부분을 차지하였다. 계절적인 양상은 9월, 10월 사이에는 산발적인 발생을 보이다가 12월부터 급격히 증가하여 익년 4월까지 환자의 발생을 보이는 분포를 보였다. 2) 전체 대변 검체 120개중에서 C형은 97개(80.8%)에서 결정이 되었고 P형은 102개(85%)에서 결정되어 120개 검체 중 l16개(97%)가 적어도 하나이상의 유전자형이 결정되었다. 3) p형은 P[4]가 77례(64.2%)로 가장 많았으며 P[6]가 22례(18.3%), P[8]가 1례(0.8%)이었다. 혼합감염은 P[4]/P[6]가 12례(10%), P[4]/P[8](0.8%) 1례로 나타났고 유전자형이 결정되지 않은 것이 7례(5.9%)이었다. 4) G형은 G2가 74례(61.7%)로 가장 많았고 G1이 17례(14.2%), G4, G1이 각각 1례였다. 혼합감염은 G1/G2, G1/G4, G1/G9, G8/G9이 각각 1례로 나타났고 유전자형이 결정되지 않은 것이 23례(19.2%)이었다. 5) 조합형에 대한 분석을 하면 P[4]G2가 62례(51.7%)로 가장 많았고 P[6]가 7례(5.8%), P[6]G2가 7례(5.8%), P[4]/P[6]G1가 4례(3%), P[4]/P[6]G2가 4례(3%), P[4]가 3례(2.5%), P[8]G2가 1례(0.8%), P[4]G4가 1례(0.8%)로 나타났다. 결 론 : 2000년에서 2001년 사이 경상남도 지방에서 다양한 로타바이러스의 유전자형의 유행이 있었고 조합형에 대한분석을 해보면 P[4]G2가 62례(51.7%)로 가장 많았고 P[6]G1가 7례(5.8%), P[6]G2가 7례(5.8%), P[4]/p[6]G1가 4례(3%), P[4]/P[6]G2가 4례(3%), P[4]G1가 3례(2.5%), P[8]G2가 1례(0.8%), P[4]G4가 1례(0.8%)로 나타났다. 이번 연구의 결과에서 국내에서 다양한 로타바이러스의 유전자형의 유행이 확인되었고, 역학이 변화하고 있음을 알 수 있었으며 유전자형의 결과는 향후 로타바이러스 백신의 개발과 도입에 있어 기초 자료로 사용되어질 수 있을 것이다. 로타바이러스는 특성상 변이가 잘 일어나 새로운 유전자형이 쉽게 나타날 수 있고 백신은 유전자형에 특이하게 작용하므로 추후 지속적인 로타바이러스의 유전자형에 대한 연구가 이루어져야 할 것으로 사료된다. Purpose : Rotaviruses are the major cause of gastroenteritis in infants and young children worldwide. It is important to get the epidemiologic data of rotavirus genotype for the application of rotavirus vaccine. So we tried to investigate the distribution of rotavirus genotypes with RT-PCR. Methods : A total of 120 rotavirus latex agglutinin test positive stool samples were collected continually from 120 children from Sep. 2000 to Apr. 2001. Rotavirus P(VP4), G (VP7) genotypes were determined by RT-PCR. Results : The genotype was identified in 116 stool samples of total 120 samples(96%). The incidence of G genotype was as follow; G1 17(14.2%), G2 74(61.7%), G4 1(0.8%), G9 1(0.8%). There were four cases of multiple genotypes; G1/G2, G1/G4, G1/G9, G8/G9 and genotype of G3, G8 were not found. Twenty three(19.2%) samples were nontypeable. The incidence of P was as follow; P[4] 77(64.2%), P[6] 22(18.3%), P4/P6 12(10%), P[4]/P[8] 1(0.8%) p[8] 1(0.8%). Seven(5.9%) samples were nontypeable. Conclusion : Various combinations of G and P genotypes were observed. Most rotavirus strains were P[4]G2 62(51.74%), followed by P[6]G2 7(5.8%), and P[6]G1 7(5.8%), P[4/P[6] G1 4(3%), P[4]/P[6]G2 4(3%), P[4]G1 3(2.5%), P[8]G2 1(0.8%), P[4]G4 1(0.8%) in Kyoungsangnamdo, Korea during 2000~2001.

cis-Diamminedichloroplatinum (II) induces denaturation and conformational changes in pBR322 DNA

구자춘,임창수,한태룡,양재명,Koo, Ja-Choon,Lim, Chang-Soo,Hahn, Tae-Ryong,Yang, Jai-Myung 한국응용생명화학회 1990 Applied Biological Chemistry (Appl Biol Chem) Vol.33 No.4

CDDP를 처리한 pBR322 DNA로 형질변환된 대장균 LE392를 ampicillin이 포함된 한천평판배지위에 도말시켰다. Ampicillin을 함유하고 있는 평판배지위에 형성된 집락수는 13.3 ${\mu}M$의 CDDP를 처리한 뒤에는 검출되지 않을 정도로 감소하였다. CDDP를 처리한 pBR322 DNA는 외가닥 DNA에 특이성이 있는 S1 핵산분해호소에 의해 전달되었고 아가로즈 겔 전기영동상에서 이동 유형이 변했다. 이러한 결과에 의하면 CDDP가 pBR322 DNA에 반응하여 이증나선의 변성과 궁극적으로는 ampicillin 저항성 유전자를 불활성화시키는 구조변화를 일으키는 것 같다. E. coli LE392, transformed with CDDP-treated pBR322 DNA, was plated on ampicillin containing media. The number of colonies formed on ampicillin containing agar plate was reduced to undetectable level after treat the DNA with 13.3 ${\mu}M$ CDDP. The CDDP-treated pBR322 DNA was susceptible to sing1e strand DNA specific S1 nuclease and it's migration Pattern in agarose gel electrophoresis was changed. These results suggest that CDDP adduction to pBR322 DNA resulted in denaturation of the double helix and changes in it's conformation which ultimately leads In the inactivation of the ampicillin resistant sere.

한국인의 정상 면역치 및 HIV 감염자의 면역저하곡선

김영봉(Young-Bong Kim),최병선(Byeong-Sun Choi),양재명(Jai-Myung Yang),박용근(Yong-Keun Park),신영오(Yung-Oh Shin) 大韓微生物學會 1995 大韓微生物學會誌 Vol.30 No.5

Improved Recombinant β-Galactosidase Production Using medium Additives at AcNPV Infection of Insect Cells in Batch and Continuous Two-Stage Bioreactors

Jee-Sim Kim(김지선),Ki-Woong Lee(이기웅),Seok-Kwon Kang(강석권),Jai-Myung Yang(양재명),In-Sik Chung(정인식) 한국생물공학회 1994 KSBB Journal Vol.9 No.3

누에 핵다각체병 바이러스의 다각체 단백질 유전자의 위치 탐색 및 염기서열

우수동 ( Soo Dong Woo ),김현욱 ( Hyun Uk Kim ),박범석 ( Beom Seok Park ),강석권 ( Seok Kwon Kang ),양재명 ( Jai Myung Yang ),정인식 ( In Sik Chung ) 한국잠사학회 1992 한국잠사곤충학회지 Vol.34 No.2

베큘로 바이러스 발현 시스템에 의한 곤충세포에서의 인간 트롬보포이에틴 생산 최적화

고여욱(Yeo Wook Koh),손미영(Mi Young Son),박상규(Sang Kyu Park),안혜경(Hyea Kyung Ahn),박승국(Seoung Kook Park),박명환(Myung Hwan Park),양재명(jai Myung Yang) 한국생물공학회 1998 KSBB Journal Vol.13 No.2

cis - Diamminedichloroplatinum(Ⅱ) 에 의한 pBR322 DNA 의 변성과 구조 변화

양재명,한태룡,구자춘,임창수 한국농화학회 1990 Applied Biological Chemistry (Appl Biol Chem) Vol.33 No.4

E. coli LE392, transformed with CDDP-treated pBR322 DNA, was plated on ampicillin containing media. The number of colonies formed on ampicillin containing agar plate was reduced to undetectable level after trot the DNA with 13.3 μM CDDP. The CDDP- treated pBR322 DNA was susceptible to angle strand DNA specific Sl nuclease and it's migration pattern in agarose gel electrophoresis was changed. These results suggest, that CDDP adduction to pBR322 DNA resulted in denaturation of the double helix and changes in it's conformation which ultimately leads to the inactivation of the ampicillin resistant gene(Received November 25, 1990, Accepted December 22, 1990).

cis - Diamminedichloroplatinum(Ⅱ)(CDDP) 에 의한 불루텅 바이러스 이중가닥 RNA 의 구조변화

양재명 한국농화학회 1991 Applied Biological Chemistry (Appl Biol Chem) Vol.34 No.2

cis-Diamminedichloroplatinum(II)(CDDP), an antitumor drug, did not generate crosslink between bluetongue virus (BTV) capsid protein at moderate concentration. Cesium chloride density gradient centrifugation study revealed that protein-RNA crosslink was not detectable in CDDP treated BTV. CDDP treated BTV ds RNA showed remarkable change in the migration pattern in polyacrylamide gel electrophoresis. These results suggest that the reduction of BTV core associated transcriptase activity is most likely by the CDDP adduction to the genomic ds RNA rather than by the protein-RNA crosslink and/or protein-protein crosslink.

Rotavirus 전기영동형별을 위한 RNA 추출과정 및 조건의 비교연구

조은경,김은순,양재명,김경희,조양자 한양대학교 의과대학 1992 한양의대 학술지 Vol.12 No.2

Rotaviruses (Rv) are the major cause of severe dehydrating dearrhea among young children in Korea, where they are frequently responsible for 68% of the cases requiring hospitalization. Laboratory diagnosis of rotaviral infection in Korea depends mainly on enzyme-linked immunosorbent assay (ELISA) that employs expensive commercial diagnostic kits purchased from abroad and that shous the presence or absence of group A Rv only. PACE have however provided epidemiologic evidence to demonstrate the sxistence of different strains (both group A and atypical Rv) during diarrgeal outbreak, the appearance of new strains and desappearance of old ones from a community, shifts in the prenalence of strains, and the persistance of a single strain in newborns. For such reasons, we have felt that it is essential to raise the sensitivity and shorten the processing time for PAGE. We therfore have devised a rapid method for Rv RNA extration by directly extracting the Rv RNA from the specimens (that is, skipping freon extraction and running as ultracectrifuge) and using an urea-containing dissociation mixture to dissolve dried RNA for PAGE. We have also shorten the PAGE diagnostic results by sequential staining of the same gel with ethidium bromide and silver stain. With the use of the rapid method, it was feasible to increase the efficacy of the PAGE with reduced cost and working time. Phenol extration of stools, however, was essential in maintaining the sensitivity of the method.