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Differences in swine gut microbiota in southern region of Republic of Korea
김정만,운노타쯔야,Kim, Jungman,Guevarra, Robin B.,Nguyen, Son G.,Unno, Tatsuya The Microbiological Society of Korea 2015 미생물학회지 Vol.51 No.1
성장촉진제로 항생제 사용이 금지가 된 이후, 가축들의 사망률이 증가되어 항생제 대체제를 개발해야 하는 것이 시급하다. 그러한 대체제 개발에 새로운 접근 중 하나는 숙주의 신체적 기능에 영향을 준다고 알려진 장내미생물생태를 조절하는 것이다. 하지만 가축의 장내미생물에 대한 이해가 인간과 비교하여 볼 때 많이 부족한 실정이다. 본 연구에서는 돼지장내미생물생태가 지역적 차이가 있음에 대한 기본적인 정보를 제공한다. 돼지 분변샘플은 제주(n=40), 광주(n=28), 해남(n=30) 농가로부터 채취하였으며, MiSeq을 이용하여 16S rRNA V4 지역을 시퀀싱하였다. 또한 Mothur 파이프라인을 이용하여 MiSeq으로부터 얻은 데이터를 처리하였다. 총 5,642,125 reads를 얻었으며, 에러시퀀스들을 제거한 후 최종적으로 3,868,143 reads가 남았다. Phylum 수준의 taxonomic composition 분석에서는 제주 돼지들이 Firmicutes를 가장 많이 포함하고 있었으며, Operational Taxonomic Units 분포분석에서 또한 지역적 차이에 따라 돼지장내미생물생태가 다르다는 것을 확인하였다. Non-metric multidimensional scaling과 Phyla의 풍부함 사이의 상관관계분석에서는 Actinobacter, Verrucomicrobia, Firmicutes, Fibrobacteres이 세 개의 지역에 있는 돼지들의 장내미생물생태 차이를 나타나게 하는 장내 미생물 요소라는 것을 확인하였다. 그러한 가축의 장내미생물생태는 농장에서 사용하는 사료와 사양관리에 의해 많은 영향을 미치는 것으로 생각된다. 본 연구결과는 돼지장내미생물생태가 지역적으로 많은 차이가 있다는 것을 나타내며, 추후에 가축의 장내미생물생태에 관한 연구는 지역적 차이가 있다는 것을 고려하여 설계해야 될 것이다. Since the banning of antibiotic growth promoters (AGPs), the death of livestock has been increased, thus there is a strong demand for AGP-alternatives. Modulation of gut microbiota has been reported to affect host physiological functions and suggested to be a novel approach for developing AGP-alternatives. However, little has been understood about livestock gut microbiota compared to that of humans. We conducted preliminary study provide fundamental information regarding to regional differences in swine gut microbiota. Swine fecal samples were obtained from farms in Jeju (n=40), Gwangju (n=28), and Haenam (n=30). MiSeq was used to sequence 16S rRNA V4 region, and Mothur pipeline (Schloss et al., 2009) was used for data processing. A total of 5,642,125 reads were obtained and 3,868,143 reads were remained after removing erroneous reads. Analysis of taxonomic composition at the phylum level indicated greater abundance of Firmicutes among Jeju swine, and cluster analysis of distribution of operational taxonomic units also showed regional differences among swine gut microbiota. In addition, correlation analysis between non-metric multidimensional scaling and abundance of phyla suggested that the phyla Actinobacter, Verrucomicrobia, Firmicutes, and Fibrobacteres were driving factors for the regional differences. Livestock gut microbiota may be affected by diet and practices in farms. Our results indicated significant regional differences in swine gut microbiota, suggesting that future livestock gut microbiota studies should be designed with the regional differences in mind.
Illumina를 이용한16S rRNA 기반 미생물생태분석에서 분변의 동결건조에 의한 인공적인 시퀀스 생성 감소효과
운노타쯔야 ( Tatsuya Unno ),김정만 ( Jungman Kim ) 한국응용생명화학회 2016 Journal of Applied Biological Chemistry (J. Appl. Vol.59 No.4
When used for amplicon sequencing, Illumina platforms produce more than hundreds of sequence artefacts, which affects operational taxonomic units based analyses such as differential abundance and network analyses. Nevertheless it has become a major tool for fecal microbial community analysis. In addition, results from sequence-based fecal microbial community analysis vary depending on conditions of samples (i.e., freshness, time of storage and quantity). We investigated if freeze-drying samples could improve quality of sequence data. Our results showed reduced number of possible artefacts while maintaining overall microbial community structure. Therefore, freeze-drying feces prior to DNA extraction is recommended for Illumina-based microbial community analysis.
MLC leakage를 이용할 Verification의 효용성 고찰
윤인하,홍동기,정왕권,서동린,윤화룡,김정만,Yun InHa,Hong DongGi,Jung WangKwon,Seo DongRin,Yun HwaRyeong,Kim JungMan 대한방사선치료학회 2004 大韓放射線治療技術學會誌 Vol.16 No.1
Purpose : Verification within 5mm is one of the important QA process of IMRP and SRS. Therefore, we improve accuracy of patients set-up using scale point. Materials and Methods : We compare MLC scale pointer with customerized port film graticule for patients who was underwent IMRT and SRS. Results : Scale pointer using MLC showed accurate location of patients landmark including divergency of beam, and any point of patient could be certified by means of cross of MLC. Conclusion : MLC scale pointer is effective and convenient method in verification of patients set-up using L-gram. 서론 및 목적 : 세기변조 방사선치료와 전신 정위적 방사선치료에서 5mm이내의 위치 정확성확인 (L-gram)은 환자치료 목적 달성을 위한 중요한 QA과정의 하나이다. 이에 본원에서 제작한 scale point를 이용하여 L-gram 영상을 얻어 환자치료의 정확성을 향상시키고자 한다. 대상 및 방법 : 본원의 MLC 부착장비인 CL2100C/D, CL21EX에서 치료중인 IMRT, SRS환자를 대상으로 기존의 상품화된 port film graticule과 본원에서 제작한 MLC scale pointer를 비교 분석하였다. 결과 : MLC를 이용한 scale pointer는 beam의 확산까지 고려한 정확한 위치를 나타내었고 MLC의 교차로 생기는 pixel 모양의 형성을 통해 어떠한 위치에서도 정확한 확인이 가능했다. 결론 및 고찰 : L-gram 확인시 약간의 시간적 투자($1{\sim}2$분)로서 정확한 위치를 나타냄으로서 L-gram 확인시간 단축과 치료부위의 정확한 위치 확인을 할 수 있었다.