Draft genome sequence of lytic bacteriophage CP3 infecting anaerobic bacterial pathogen Clostridium perfringens

김영주,고세영,연영은,한범구,김현일,오창식,김동혁,Kim, Youngju,Ko, Seyoung,Yeon, Young Eun,Le, Hoa Thi,Han, Beom Ku,Kim, Hyunil,Oh, Chang-Sik,Kim, Donghyuk The Microbiological Society of Korea 2018 미생물학회지 Vol.54 No.2

Clostridium perfringens는 그람 양성, 막대 모양, 혐기성, 포자 형성을 하는 병원균으로서 Clostridiaceae과에 속한다. C. perfringens는 인간의 장관과 척추동물 내에서 식중독을 포함하는 질병을 유발한다. 높은 특이성으로 목표 세균을 죽이는 박테리오파지는 병원세균을 제어하는 방법들 중 하나로 여겨져 왔다. 본 연구에서는 C. perfringens를 감염시킬 수 있는 박테리오 파지 CP3의 유전체 염기서열 초안을 보고한다. 본 박테리오파지의 G + C 비율은 34.0%이며, 52,068 bp로 구성된 유전체 DNA를 지니고 있었다. 이 유전체는 74개의 단백질 유전자를 포함하고 있었으며, RNA는 확인되지 않았다. Clostridium perfringens is a Gram-positive, rod-shaped, anaerobic, spore-forming pathogenic bacterium, which belongs to the Clostridiaceae family. C. perfringens causes diseases including food poisoning in vertebrates and intestinal tract of humans. Bacteriophages that can kill target bacteria specifically have been considered as one of control methods for bacterial pathogens. Here, we report a draft genome sequence of the bacteriophage CP3 effective to C. perfringens. The phage genome comprises 52,068 bp with a G + C content of 34.0%. The draft genome has 74 protein-coding genes, 29 of which have predicted functions from BLASTp analysis. Others are conserved proteins with unknown functions. No RNAs were found in the genome.

Draft genome sequence of lytic bacteriophage CF1 infecting Citrobacter freundii isolates

김영주,고세영,연영은,임재원,한범구,김현일,안정근,김동혁,Kim, Youngju,Ko, Seyoung,Yeon, Young Eun,Lim, Jaewon,Han, Beom Ku,Kim, Hyunil,Ahn, Jeong Keun,Kim, Donghyuk The Microbiological Society of Korea 2018 미생물학회지 Vol.54 No.1

본 연구에서는 돼지 축사 근처 하수 오물에서 분리된 그람 음성균이자 항생제 내성을 쉽게 획득하여 병원성을 띄는 균주인 Citrobacter freundii를 host로 하는 박테리오파지의 유전체 분석을 수행하였다. 본 박테리오파지는 G + C 비율이 42.65%이며, 50,339 bp로 구성된 유전체 DNA를 지니고 있었다. 이러한 유전체 DNA에서 89개의 단백질 코딩 유전자가 확인 되었으며, 이 중 55개의 유전자는 BLASTP 분석으로부터 기능을 가지고 있다고 추정되었다. 또한 RNA는 확인되지 않았다. Citrobacter freundii is a facultative anaerobic and a Gram-negative bacterium of Enterobacteriaceae family, and is an opportunistic pathogen. Bacteriophages infecting C. freundii can be an effective treatment for C. freundii infections. Here, the complete genomic sequence is announced for a lytic bacteriophage CF1 infecting C. freundii isolates.

Draft genome sequence of lytic bacteriophage KP1 infecting bacterial pathogen Klebsiella pneumoniae

김영주,방인아,연영은,박준영,한범구,김현일,김동혁,Kim, Youngju,Bang, Ina,Yeon, Young Eun,Park, Joon Young,Han, Beom Ku,Kim, Hyunil,Kim, Donghyuk The Microbiological Society of Korea 2018 미생물학회지 Vol.54 No.2

Klebsiella pneumoniae is a Gram-negative, rod-shape bacterium causing disease in human and animal lungs. K. pneumoniae has been often found to gain antimicrobial resistance, thus it has been difficult to treat K. pneumoniae infection with antibiotics. For such infection, bacteriophage can provide an alternative approach for pathogenic bacterial infection with antimicrobial resistance, because of its sensitivity and specificity to the host bacteria. Bacteriophage KP1 was isolated in sewage and showed specific infectivity to K. pneumoniae. Here, we report the draft genome sequence of Klebsiella pneumoniae phage KP1. The draft genome of KP1 is 167,989 bp long, and the G + C content is 39.6%. The genome has 295 predicted ORFs and 14 tRNA genes. In addition, it encodes various enzymes which involve in lysis of the host cell such as lysozyme and holin. Klebsiella pneumoniae는 그람 음성균에 속하고 막대 형태를 가지며 인간이나 동물의 폐에 감염하여 병을 일으키는 균이다. K. pneumoniae는 흔히 항생제 내성을 나타내는데 이로 인해 항생제를 통한 치료가 어려워지게 된다. 이런 상황에서 숙주 균에 특이적이고 민감하게 반응하는 박테리오파지는 항생제 내성균의 치료에 대한 대체적인 접근법으로 제안될 수 있다. 박테리오파지 KP1은 하수처리장에서 분리되었으며 K. pneumoniae에 대해 특정적인 감염성이 있다. 본 연구에서는 Klebsiella pneumoniae 박테리오파지 KP1의 유전체 초안 분석을 수행하였다. KP1의 유전체 초안은 167,989 bp의 길이, 39.6%의 G + C 비율로 구성되어있다. 295개의 예측된 ORF들과 14개의 tRNA 유전자를 가지고 있다. 또한 이들은 lysozyme, 그리고 holin과 같은 다양한 세포 용해 관련 효소들을 포함하고 있다.

Draft genome sequence of lytic bacteriophage SA7 infecting Staphylococcus aureus isolates

김영주,이규민,한범구,김현일,안정근,김동혁,Kim, Youngju,Lee, Gyu Min,Taizhanova, Assiya,Han, Beom Ku,Kim, Hyunil,Ahn, Jeong Keun,Kim, Donghyuk The Microbiological Society of Korea 2018 미생물학회지 Vol.54 No.1

포도상구균(Staphylococcus aureus)은 그람양성이고 구형의 박테리아로 Firmicutes 문에 속하며, 피부나 호흡기 감염 그리고 식중독의 주요 감염원 중에 하나이다. 포도상구균을 감염시키는 박테리오파지는 포도상구균 감염에 효과적인 처방으로 쓰일 수 있다. 본 연구에서는 충청남도에 위치한 가축 농장의 오수에서 분리된 포도상구균 박테리오파지 SA7 균주의 유전체 초안을 분석하였다. 본 균주는 G + C 비율이 34.1%이며, 34,730 bp 로 구성된 dsDNA 를 지니고 있었다. 염색체에서 53 개의 단백질 코딩 유전자가 확인되었으며, 이 중 23 개의 유전자는 BLASTp 분석으로부터 기능을 가지고 있다고 추정되었다. 나머지는 가설 단백질 혹은 보존 단백질이었다. Staphylococcus aureus is a Gram-positive and a round-shaped bacterium of Firmicutes phylum, and is a common cause of skin infections, respiratory infections, and food poisoning. Bacteriophages infecting S. aureus can be an effective treatment for S. aureus infections. Here, the draft genomic sequence is announced for a lytic bacteriophage SA7 infecting S. aureus isolates. The bacteriophage SA7 was isolated from a sewage water sample near a livestock farm in Chungcheongnam-do, South Korea. SA7 has a genome of 34,730 bp and 34.1% G + C content. The genome has 53 protein-coding genes, 23 of which have predicted functions from BLASTp analysis, leaving the others conserved proteins with unknown function.

T-스티프너로 보강된 CFT 기둥-H형강보 접합부의 내진성능

김영주,채영석,신경재,오영석,문태섭,Kim, YoungJu,Chae, Young Suk,Shin, Kyung Jae,Oh, Young Suk,Moon, Tae Sup 한국강구조학회 2003 韓國鋼構造學會 論文集 Vol.15 No.6

The paper presented the seismic performance of T-stiffener moment connections for use in steel moment-resisting frames. The connections were strengthened by welding the vertical and horizontal clement of the T-stiffener to the beam flange and column f1ange. Finite clement analysis and experiments were conducted to determine the behavior of T-stiffener-reinforced connections. The results of the finite element analysis confirmed the effectiveness of the T-stiffener, whose horizontal element lengthened to mitigate local stress concentrations of the beam flange on the horizontal stiffener. Full-scale specimens were also tested cyclically to study hysteresis behavior. The main parameters used were the ratio of the T-stiffener to beam strength and the shape of the horizontal element. As the length of the horizontal element increased, the deformation capacity of the connections enhanced. Likewise, all specimens behaved according to the Ramberg-Osgood curve and showed stable hysteresis behavior. 이 논문은 모멘트 저항골조의 접합부에 이용하기 위한 T-스티프너로 보강된 접합부의 내진성능에 관해 나타냈다. 접합부는 보플랜지와 기둥플랜지에 T-스티프너의 수평 및 수직요소가 용접되어 보강되었다. T-스티프너 접합부의 거동을 명확히 파악하기 위해 유한요소해석과 실험이 수행되었다. 유한요소해석결과, T-스티프너의 수평요소의 길이가 길어짐에 따라 T-스티프너는 보플랜지와 수평요소사이의 응력집중을 줄이는데 효과적임을 나타냈다. 또한, 접합부의 이력 거동을 파악하기 위해 실대형 접합부 실험을 실시하였다. 주요 변수는 보에 대한 T-스티프너의 강도비와 수평요소의 형상이다. 수평요소의 길이가 길수록 접합부의 변형능력은 증가하였고, 모든 실험체는 방추형의 안정된 이력거동을 나타내었다.

수중 유출 경로에 따른 석유계 생분해성 플라스틱의 분해 과정 탐구

김영주(Youngju Kim),최신형(Shinhyeong Choe),조용준(Yongjun Cho),명재욱(Jaewook Myung) 유기성자원학회 2023 유기성자원학회 학술발표대회논문집 Vol.2023 No.1

철도 사물인터넷 (IoT)를 위한 지능형 게이트웨이의 데이터 처리 기법

김영주(Youngju Kim),박성수(Sungsoo Park) 한국통신학회 2017 한국통신학회 학술대회논문집 Vol.2017 No.1

무선통신채널 적응적 열차제어 방법 연구

김영주(Youngju Kim),오세찬(Sechan Oh),윤용기(Yongki Yoon) 한국통신학회 2023 한국통신학회 학술대회논문집 Vol.2023 No.6

유전자변형(GMO) 표시방법 프레이밍이 소비자의 위험지각과 구매의도에 미치는 영향

김영주 ( Kim Youngju ),석관호 ( Suk Kwanho ) 한국소비자학회 2019 소비자학연구 Vol.30 No.6

본 연구는 GMO식품 표시방법이 GMO원료를 포함하는 GMO식품과 GMO원료를 사용하지 않은 일반식품 평가에 미치는 영향을 고찰하였다. 동일한 식품이라도 GMO 표시방법에 따라 소비자에게 전달되는 원료에 대한 정보가 달라지며, 이는 소비자가 제품을 평가하는 데 영향을 미칠 수 있다. 본 연구는 식품 원료를 표시하는 데 있어서 두 가지 프레임의 영향을 검증하였다. 속성존재 프레임(presence frame)이 사용되는 경우에는 GMO식품에는 “GMO”라는 라벨이 표시되고, 일반식품에는 GMO와 관련된 정보가 제시되지 않는다. 반대로 속성부재 프레임(absence frame)이 사용되는 경우 일반식품에는 “Non-GMO”라는 표시가 사용되지만 GMO제품에는 관련 정보가 표시되지 않는다. 본 연구는 GMO표시방법이 소비자의 제품 평가에 미치는 영향에 대한 가설을 제시하고, 두 실험을 통해 이를 검증하였다. 실험 1의 결과는 동일한 GMO식품이라도 속성존재 (vs. 부재) 프레임의 경우에 지각된 위험과 구매의도가 더 부정적이라는 것을 보여주었다. 그러나 일반식품에서는 정보 표시방법의 효과가 나타나지 않았다. 실험 2에서는 개인 특성 변수인 건강관여도(health motivation)의 조절 효과를 검증하였으며, GMO정보 제시방법의 효과는 소비자의 건강관여도가 높을수록 강한 것으로 나타났다. 본 연구는 GMO원료 표시방법이 소비자의 제품지각 및 구매의도에 미치는 영향을 검증했다는 점에서 소비자교육과 공공정책 결정에 시사점을 줄 것으로 기대된다. This research examines the effects of GMO (genetically modified organisms) food labeling on the evaluations of foods that either contain or do not contain GMO ingredients. Although there has been no conclusion about the debates on whether GMO foods are harmful to health, consumers tend to believe that GMO can potentially cause health problems. Therefore, consumers have negative attitudes towards GMO products that are perceived to be high in health risk. An important issue that is related to risk perception is how to communicate whether a food product contains GMO ingredients or not. Information about food ingredients are presented by food labels, and there are different methods to label GMO ingredients. The current research compares between two labeling methods for communicating GMO ingredients. An attribute “presence” frame presents GMO foods with “GMO” label and Non-GMO foods (that do not contain GM ingredients) without any related labels. On the other hand, an attribute “absence” frame presents Non-GMO foods with “Non-GMO” label and GMO foods without any labels. Therefore, the information that describes the same type of food differs depending on which frame is used to communicate GMO ingredients, which in turn can affect consumer evaluation of the GMO and Non-GMO foods. We test the influence of GMO labeling on perceived health risk of the food and purchase intention of the food. We expect the influence labeling on purchase intention is mediated by perceived risk. We hypothesize that purchase intentions of GMO and Non-GMO foods are affected by GMO label framing (H1), the influence of labeling on purchase intention is mediated by perceived health risk (H2), and the labeling effect is stronger for consumers with higher (vs. lower) level of health involvement (H3). H1 predicts that the influence of GMO labeling on purchase intention will differ for GMO foods and Non-GMO foods. Specifically, it is predicted that consumer evaluation of GMO foods is more negative for attribute presence frame than attribute-absence frame. Because negative product information tends to draw more consumer attention and have stronger influence on product evaluation (i.e., negativity bias), the “GMO” label of the presence-frame should decrease consumer preference for GMO foods. For Non-GMO foods, it is expected that the effects of GMO labeling on consumer evaluation is weaker than those for GMO foods. This prediction is based on the logic that the influence of positive (vs. negative) information on product perception and evaluation is weaker. In addition, because Non-GMO (vs. GMO) foods are more common, “Non-GMO” label is less diagnostic. H2 predicts that the influence of GMO labeling on purchase intention is mediated by perceived health risk of the food. H3 is about the moderating role of consumer health involvement. It is expected that the GMO labeling effect is stronger for consumer with higher (vs. lower) level of health involvement because they tend to pay more attention to and influenced more by food labels. The research hypotheses were tested in two experiments. Experiment 1 tested the influence of GMO labeling (i.e., attribute presence vs. absence) on consumer purchase intention of GMO and Non-GMO orange juice product. Perceived health risk was measured as potential mediator. The results supported our hypotheses. The attribute presence (vs. absence) frame increased perceived risk and decreased purchase intentions of the GMO food. However, the influence of GMO labeling on perceived risk and purchase intention was not significant for the Non-GMO food. Perceived health risk mediated the influence of labeling on purchase intention. Experiment 2 tested the moderation effect of health involvement in the effects of GMO labeling on purchase intention for GMO and Non-GMO Cajun nuts. The results show that the impact of GMO labeling on consumer purchase intention was moderated by consumer health involvement. That is, the effects of GMO information presentation method on purchase intention were stronger (weaker) when consumers' health involvement level is higher (lower). The findings of this research present implications for public policy and consumer education. Consumer perception and purchase of foods can be influenced by the law or regulations about GMO ingredients, which should be taken into consideration in public policy decisions. Another important implication is for consumer education. Consumer may be able to make a better decision by understating that their perception and purchase decision can be affected the way the food information is presented.

이기종 매크로/펨토셀 네트워크에서 실효 커버리지 분석

김영주(Youngju Kim),백종현(Jong-Hyen Baek),김건엽(Gonyop Kim),홍대식(Daesik Hong) 한국통신학회 2015 한국통신학회 학술대회논문집 Vol.2015 No.06