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      • Multiplex PCR을 이용한 DNA size marker 제조 기법

        조홍 서경대학교 산업기술연구소 2007 産業技術硏究所論文集 Vol.18 No.-

        DNA size marker is a very routinely used reagent in DNA analysis work, but it`s high price has prevented its usage. Then, in this study, we have developed in-house manufacturing method of DNA size marker using multiplex PCR techniques. 100 base pair ladder were produced and compared with commercially selling DNA size markers.

      • KCI등재

        DGGE를 이용한 동굴 생태계 세균 군집 구조 분석

        조홍 ( Hong Bum Cho ),정순오 ( Soon Oh Jeung ),최용근 ( Yong Gun Choi ) 한국환경생물학회 2004 환경생물 : 환경생물학회지 Vol.22 No.1

        동굴 내 정점별 세균 군집 구조를 분석하기 위하여 PCR amplified 16S rDNA denaturing gradient gel electrophoresis (DGGE)를 적용하였다. DGGE는 동일한 분자량을 갖는 dsDNA band라고 할지라도, 각각의 염기서열 차이에 따라 전기영동 상에서 고유한 band 양상을 나타낼 수 있다. eubacteria의 16S rDNA V3 region을 증폭하기 위해 GC341F와 PRUN518r을 primer로 사용하여 지하수내에 미생물 군집의 다양성과 유사성을 분석하였다. DGGE band양상을 통해 동굴내의 세균 군집 구조는 외부 환경에 비해 상대적으로 종다양성이 낮으며 동굴내에서 특이적으로 서식하는 종이 있음을 확인하였다. 또한 유기 영양물질의 공급이 제한되어 있는 동굴에서 구아노가 주요 유기 영양물질의 공급원으로서 큰 영향을 미치고 있는 것으로 파악되었다. DGGE상의 일부 band의 염기서열분석 결과 Pseudomonas sp. NZ060과 Pseudomonas pseudoalcaligenes, uncultured Variouorax sp,. soil bacterium NS7로 동정되었다. The bacterial community of water stream, soil and guano in Gossi cave was examined by using PCR amplified the 16S rDNA-denaturing gradient gel electrophoresis (DGGE). In this study, the genetic diversity and the similarity of bacterial community between open area and non-open area for cave tour were investigated, and the seasonable variation pattern was compared each other. DGGE is attractive technique, as it separate same length dsDNA according to sequence variation typical 16S rDNA genes. The diversity and similarity of bacterial community in cave was analyzed by GC341f and PRUN518r primer sets for amplification of V3 region of eubacteria 16S rDNA. The specific DGGE band profile of the cave water gives the possibility that the specific bacterial cell can be adapting to the specific cave environment and living in the cave. The DGGE band profiles of all samples with guano were compared and analyzed by image analyzer, in which mutual band profile was compared to be and the band intensity of guano was the highest. From these result, it is thought that the guano was main nutrient source and influenced on the community structure of the cave environment where is nutritionally limited. Pseudomonas sp. NZ060, Pseudomonas pseudoalcaligenes, uncultured Variovorax sp. and soli bacterium NS7 were identified to be on some sample from analysing DNA sequence of some DGGE band.

      • KCI등재

        Multiplex Real-Time PCR을 이용하여 6종의 주요 잇몸질환 유발 미생물을 동시에 검출하는 기법

        조홍,Cho, Hong-Bum 한국미생물학회 2013 미생물학회지 Vol.49 No.3

        This study utilized an analysis method for detecting six microorganisms, such as Actinobacillus actinomycetemcomitans, Campylobacter rectus, Porphyromonas gingivalis, Tannerella forsythus, Treponema denticola, and Prevotella intermedia, triggering periodontal disease, using multiplex real-time polymerase chain reaction (PCR). The analysis including internal control was made by dividing the six species into two groups using four fluorescence dyes, and it was verified that there was no interference or cross-reaction between the target species and different kinds of oral microbial species. Qualitative and quantitative analyses were conducted on each microorganism in various samples, such as saliva and the plaque, using the multiplex real-time PCR and comparative analysis between periodontitis patients and healthy people, revealing obvious differences between them. 본 연구는 multiplex real-time PCR을 이용하여 Actinobacillus actinomycetemcomitans, Campylobacter rectus, Porphyromonas gingivalis, Tannerella forsythus, Treponema denticola, Prevotella intermedia 등과 같은 6종의 주요 치주 질환 원인 미생물들을 동시에 검출할 수 있는 분석 방법에 관한 것이다. 4개의 형광 염료를 사용하여 internal control과 함께 3개의 균종씩 나누어 분석하였으며, 분석 대상 균종 간 그리고 다른 종류의 구강 미생물 균종과의 간섭과 교차 반응이 없음을 확인하였다. 본 연구의 multiplex real-time PCR은 타액과 플라그 등의 다양한 샘플에 포함되어 있는 각 미생물들을 정성, 정량적으로 분석할 수 있었으며, 치주염 환자와 건강한 사람들에 대한 비교 분석 결과 분명한 차이를 발견 할 수 있었다.

      • KCI등재

        배합표에 의한 현장콘크리트의 압축강도 추정

        조홍(Cho Hongbum),윤상천(Yoon Sangchun),지남용(Jee NamYong) 대한건축학회 2003 大韓建築學會論文集 : 構造系 Vol.19 No.4

        There are only a few tests to ensure concrete quality before placing in domestic construction site; One is the slump test for workability, the others are the air content test and the chloride content test for durability. The concrete compressive strength which is the one of important factors to influence on concrete quality was tested after 28 days when placed. Methods for early estimation of concrete strength have been introduced for concrete quality control, but such methods are expensive, and required experienced skill and time. Therefore, these have difficulties in situ application for concrete quality control. The subject of this study is the result of 1442 compressive strength tests on 59 different kinds of mix design with specified compressive strength of 180∼270kgf/㎠, water-cement ratio of 0.39∼0.62, Gmax 25㎜, and slump of 12∼15㎝. This study aimed at reviewing application of prediction equation of compressive strength as a means of strength control of ready-mixed concrete, making an regression equation which enables to estimate compressive strength at 28 days by multiple linear regression analysis on the basis of mix proportion of ready-mixed concrete and compressive strength testresults of construction site.

      • 극서환경에서 3시간 유지성능을 갖는 초유지 고강도 콘크리트의 특성에 관한 실험적 연구

        조홍 ( Cho Hong-bum ),기전도 ( Ki Jun-do ),김광기 ( Kim Kwang-ki ),석원균 ( Seok Won-kyun ),박순전 ( Park Soon-jeon ) 한국건축시공학회 2019 한국건축시공학회 학술발표대회 논문집 Vol.19 No.1

        The high performace water reducing agent with three―hours―fluidity―retention performance is developed for the purpose of entering into the global market belonging to extreme environment such as Southeast Asia and the Middle East. In this study, the fresh and mechanical properties of the high strength concrete with three-hours-fluidity- retention performance are evaluated by making mock-up members in Vietnam.

      • PNMT유전자 조각의 shot-gun cloning에 관한 연구

        조홍,최영길 한국미생물학회 1990 微生物과 産業 Vol.16 No.1

        동물체의 신경전달물질은 acetylcholine을 비롯한 9종 이상의 물질이 알려져 있으며 이들 물질의 생체내에서의 기작과 생합성 과정에 관해서는 많이 알려져 있고 또한 이 방면의 연구도 활발하다. 그중에도 Joh와 Baetge등에 의하여 DBH와 PNMT 효소의 생산에 관여하는 mRNA가 면역침전법에 의하여 순수 분리되고 이를 주형으로 하여 DBH와 PNMT 효소 생산에 근본이 되는 유전자의 염기서열 및 유전자의 구조를 규명하는 작업이 진행되고 있으나 아직도 그 전체가 규명된 바는 없다 (Baetge등, 1981;1983;Joh등, 1983;1984). 그리하여 본인들은 상기의 연구자들로부터 PNMT 유전자인 cDNA를 M13mp18과 19의 vector phage에 재조합시키고 이 cDNA를 JM107rhk 109의 host bacteria에 도입하여 형질발현 실험을 통하여 확인하고자 하였다.

      • 極相林土壤과 土壞微生物의 分布

        趙洪範,이기성,崔榮吉 漢陽大學校 環境科學硏究所 1985 環境科學論文集 Vol.6 No.-

        경기도 광릉의 주엽산 일대의 삼림토양을 대상으로 5개의 정점을 설정하여 토양의 환경요인과 토양미생물의 군집규모를 조사하여 토양미생물의 토양생태계內의 기능을 토양의 환경요인과 상호 관련지어 해석하는 한편, 미생물의 개체군증식에 미치는 환경요인을 규명하는 미생물 생태학적인 연구를 실시하였다. 그리고 S/O value와 섬유소 분해 미생물 군집 크기 사이의 상관지수를 구하여, 토양생태계 內의 구조 및 기능 해석을 위한 새로운 biological index로서 S/O value가 적용 가능한 지를 조사하였다. 그 연구결과를 요약하면 다음과 같다. 1. 토양미생물의 군집 규모는 상층이 하층토양에 비하여 컸다. 또 토양미생물 군집의 규모를 세가지 유형으로 구분할 때, 일반세균>방선균류>일반균류의 순으로 군집의 크기가 확인되었으며 토양 內의 유기물 분해에 기여하는 작용도에 있어서도 그 순위가 동일하였다. 섬유소 분해능을 지닌 미생물 군집의 비율은 일반세균의 경우 75.8%, 방선균류는 81.2%, 일반균류는 54.5% 정도가 되어 매우 높았다. 한편 세균류와 균류의 개체군 규모는 3:1의 비를 나타내었다. 2. 실험대상지역의 토양 pH는 5.2∼5.7범위였으며, 토양 온도 및 무기이온의 함량은 일반적으로 상층이 높은 값을 나타내었으나 함수량은 하층이 높은 값을 보였다. 환경요인중 개체군 증식에 기여하는 영향이 가장 큰 parameter는 pH로 추정되었는데, 함수량, ??이온의 함량도 어느정도 영향력을 미치는 것으로 추정되었다. 3. 환경요인의 분석에서 수용성 당류, 아미노산의 함량은 상층이 하층에 비해 높았으나 총 유기물함량은 수직적으로나 정점별로도 유의한 차이는 없었다. 4. S/O value는 개체군 규모가 클수록 높았다. S/O value와 섬유소 분해 미생물 군집의 크기 사이의 상관지수는, S/O value와 총 섬유소 분해 미생물 사이에서 0.769, 일반 섬유소 분해 세균과의 경우 0.700, 방선균류 0.788, 일반균류는 0.576으로 나타나, 상당히 유의한 상관관계가 있었다. 5. 토양의 textile을 예견할 수 있는 균사체 발달 정도는 천이과정 중의 정점에서, 극상단계에 거의 도달한 정점에 비하여 양호하였다. 6. 실험대상지역의 토양생태계는 생물군집 중 미생물 군집의 규모 수준에서 고찰해 볼 때 극상단계에 도달한 것으로 판단된 정점도 실질적으로 아직 천이과정 중인 생태계로 판명되었다. The authors surveyed around Mt. Choo Yub in Kwang Reung on April 14th in 1983 and examined both environmental factors and microbial population size including the cellulolytic microbes in soil. In order to elucidate the relationship between soil environmental factors and the function of soil microbes in the soil, and to examine the environmental factors affecting to the microbial population size, this research was carried out. And calculated the correlation coefficients between S/O value and population size of cellulolytic microbes, S/O value was examined to be applied as new biological index for analysis of structure and function in soil ecosystem. The results of this experiment are summarized as follows. (1) The population size of soil microorgasms in surface layer was larger than that of lower layer. Subdivided the microbial community in the soil into three groups such as general bacteria, actinomycetes and general fungi, the population sizes and the activity in degradation of organic substances were large in order of general bacteria, actinomycetes and general fungi, respectively. Composition of cellulolytic microbes in subdivided microbial group was high as much as 75% in bacteria, 81.2% in actinomycetes and as 54.5% in fungi. The ratio of bacteria to fungi was 3:1. (2) PH value of the experimental soil was generally the range of 5.2∼5.7, the temperature of surface layer was higher about 5℃than that of lower layer. The amounts of inorganic components such as ??, ??, ??, ??, ?? were more accumulated in surface soil than those of lower layer. It is postulated that the parameter affecting strongly to the population size is pH among the various environmental factors. In addition, the moisture content and the amount of ?? were also related with the population size of soil microbes, to some extent. (3) In the analysis of organic substances such as free amino acid, soluble sugar and total organic matter, the amount of free amino acid and soluble sugar in surface layer were higher than those of lower later, but the amount of total organic matter has no significance in the sense of amounts between surface layer and lower layer. (4) The S/O value(amount of soluble sugar/amount of total organic matter) in soil was high in accordance with increase of the population size. And the correlation coefficients between S/O ratio and population size of cellulolytic microbes were shown such as 0.769, 0.700, 0.788, 0.576 respectively, in total cellulolytic population size, general bacteria, actinomycetes and general fungi. That is to say, it is significantly correlated between S/O ratio and population size of cellulolytic microbes. It was considered that S/O value can be adapted as a useful biological index for interpretation of the function and structure in soil ecosystem. (5) Mycelial extension to predict the textile of soil is more active in successional ecosystem than in the almost matured climax ecosystem. (6) The ecosystem of experimental area referring to the level of microbial population size experimental area is actually postulated successional ecosystem.

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