최근 진화생물학에서는 생명체가 새로운 환경에 어떻게 적응해 가는지를 유전자 단계에서 관찰 및 분석하는 것이 중요한 이슈가 되었다. 노랑초파리를 대상으로 한 진화 실험에서 얻어진 ...
http://chineseinput.net/에서 pinyin(병음)방식으로 중국어를 변환할 수 있습니다.
변환된 중국어를 복사하여 사용하시면 됩니다.
https://www.riss.kr/link?id=A106600311
2020
-
310
KCI등재
학술저널
89-98(10쪽)
0
0
상세조회0
다운로드국문 초록 (Abstract)
최근 진화생물학에서는 생명체가 새로운 환경에 어떻게 적응해 가는지를 유전자 단계에서 관찰 및 분석하는 것이 중요한 이슈가 되었다. 노랑초파리를 대상으로 한 진화 실험에서 얻어진 ...
최근 진화생물학에서는 생명체가 새로운 환경에 어떻게 적응해 가는지를 유전자 단계에서 관찰 및 분석하는 것이 중요한 이슈가 되었다. 노랑초파리를 대상으로 한 진화 실험에서 얻어진 자료를 전장 유전체 염기배열 시퀀싱을 통하여 진화의 적응과정에서 유전자의 빈도 궤적에 대한 자료를 얻었다. 초파리가 세대를 거듭하여 증식하는 것을 관찰하였을 때, 유전자 빈도에 변이가 일어나는 유전자가 어떤 것인지를 탐지해 내는 것이 목적이다. 제어 변수가 있는 경우, 관심이 있는 두 범주형 변수간의 연관성을 알아보기 위하여 코크란-맨틀-헨첼 검정법이 주로 사용되는데, 본 논문에서는 코크란-맨틀-헨첼 검정법을 이용하여 세대의 흐름에 따른 유전자의 변이를 탐지하였다. 시간에 따른 반복을 제어변수로 하여 코크란-맨틀-헨첼 검정법을 적용했으며, 다중비교를 위한 본페로니 수정법을 적용한 결과, 전체 2254 개의 유의미한 유전자 변이를 탐지해냈다. 본 논문의 결과는 진화 생물학 실험 자료에서 전장 유전체에 대하여 시간에 따라 유전자 변이를 탐지해내는데 유용한 도구로 사용될 것이라고 생각한다.
다국어 초록 (Multilingual Abstract)
The genomic basis of adaptation to novel environments is a fundamental problem in evolutionary biology that has gained additional importance. Here we combined experimental evolution in drosophila melanogaster with genome-wide next generation sequencin...
The genomic basis of adaptation to novel environments is a fundamental problem in evolutionary biology that has gained additional importance. Here we combined experimental evolution in drosophila melanogaster with genome-wide next generation sequencing of DNA pools (Pool-Seq) to identify alleles that are varying in a different laboratory environment and traced their trajectories during the adaptive process. When observing fruit flies proliferating over generations, the goal is to detect which genes cause mutations in gene frequencies. With presence of a control variable, the Cochran-Mantle-Haenszel test is used to examine the association between two categorical variables of interest. In this paper, the variation of genes over generations using the Cochran-Mantle-Haenszel test is used. We apply Cochran-Mantel-Haenszel test to detect alleles that are changing over time. With Bonferroni correction to adjust for multiple comparison we find 2254 significant genetic markers using the Cochran-Mantel-Haenszel test. Our results provide a useful testing tool for the time-dependency of allele frequencies in genome-wide evolutionary experiment data.
목차 (Table of Contents)
참고문헌 (Reference)
1 박희창, "연관성 파악을 위한 변형된 대칭적 헬링거 측도의 탐색" 한국자료분석학회 21 (21): 1791-1799, 2019
2 Burk, M. K., "What paths do advantageous allele take during short-term evolutionary change?" 21 : 4913-4916, 2012
3 권기정, "The Association of Three Types of Cash Flows and R&D Investment" 한국자료분석학회 12 (12): 1825-1838, 2010
4 Levin, B. R., "Short-sighted evolution and the virulence of pathogenic microorganisms" 2 : 76-81, 1994
5 Kim, J., "SNP selection in genome-wide association studies via penalized support vector machine with MAX test" 1-8, 2013
6 Meng, J., "Prediction of plant pre-microRNAs and their microRNAs in genome-scale sequences using structure-sequence features and support vector machine" 15 (15): 1-14, 2014
7 Chao, S., "Population- and genome-specific patterns of linkage disequilibrium and SNP variation in spring and winter wheat (Triticum aestivum L.)" 11 : 1-17, 2010
8 MyongsikOh, "Inference Concerning an Association in a 2 by k Contingency Table when Poisson Sampling Model is Applied" 한국자료분석학회 5 (5): 777-786, 2003
9 Thanh-Tung Nguyen, "Genome-wide association data classification and SNPs selection using two-stage quality-based Random Forests" Springer Science and Business Media LLC 16 (16): S5-, 2015
10 Burk, M. K., "Genome-wide analysis of a long-term evolution experiment with drosophila" 467 : 587-590, 2010
1 박희창, "연관성 파악을 위한 변형된 대칭적 헬링거 측도의 탐색" 한국자료분석학회 21 (21): 1791-1799, 2019
2 Burk, M. K., "What paths do advantageous allele take during short-term evolutionary change?" 21 : 4913-4916, 2012
3 권기정, "The Association of Three Types of Cash Flows and R&D Investment" 한국자료분석학회 12 (12): 1825-1838, 2010
4 Levin, B. R., "Short-sighted evolution and the virulence of pathogenic microorganisms" 2 : 76-81, 1994
5 Kim, J., "SNP selection in genome-wide association studies via penalized support vector machine with MAX test" 1-8, 2013
6 Meng, J., "Prediction of plant pre-microRNAs and their microRNAs in genome-scale sequences using structure-sequence features and support vector machine" 15 (15): 1-14, 2014
7 Chao, S., "Population- and genome-specific patterns of linkage disequilibrium and SNP variation in spring and winter wheat (Triticum aestivum L.)" 11 : 1-17, 2010
8 MyongsikOh, "Inference Concerning an Association in a 2 by k Contingency Table when Poisson Sampling Model is Applied" 한국자료분석학회 5 (5): 777-786, 2003
9 Thanh-Tung Nguyen, "Genome-wide association data classification and SNPs selection using two-stage quality-based Random Forests" Springer Science and Business Media LLC 16 (16): S5-, 2015
10 Burk, M. K., "Genome-wide analysis of a long-term evolution experiment with drosophila" 467 : 587-590, 2010
11 Xu, M., "Genome wide association study to predict severe asthma exacerbations in children usingr random forests classifiers" 12 : 1-8, 2011
12 Wei, P., "Functional logistic regression approach to detecting gene by longitudinal environmental exposure interaction in a case-control study" 38 : 638-651, 2014
13 Chen, D., "FLYSNPdb: a high-density SNP database of drosophila melanogaster" 37 : D567-D570, 2009
14 Khatkar, M. S., "Extent of genome-wide linkage disequilibrium in Australian Holstein-Friesian cattle based on a high-density SNP panel" 9 : 1-18, 2008
15 이재용, "Estimation of p-values with Reduced Set of Genomic Association Data" 한국자료분석학회 20 (20): 1633-1643, 2018
16 Orozco-terWengel, P., "Data from : Adaptation of drosophila to a novel laboratory environment reveals temporally heterogeneous trajectories of selected alleles" 21 (21): 4931-4941, 2012
17 Weinreich, D. M., "Darwinian evolution can follow only very few mutational paths to fitter proteins" 312 : 111-114, 2006
18 Strelkowa, N., "Clonal interference in the evolution of influenza" 192 : 671-682, 2012
19 Greaves, M., "Clonal evolution in cancer" 481 : 306-313, 2012
20 Agresti, A., "Categorical Data Analysis" Wiley 2002
21 Sprouffske, K., "Cancer in light of experimental evolution" 22 : 762-771, 2012
22 Bossini-Castillo, L., "A genome-wide association study of rheumatoid arthritis without antibodies against citrullinated peptides" 74 : 1-10, 2015
23 Gourraud, P. A., "A genome-wide association study of brain lesion distribution in multiple sclerosis" 136 : 1012-1024, 2013
24 Sladek, R., "A genome-wide association study identifies novel risk loci for type 2 diabetes" 445 : 881-885, 2007
25 Ziegler, A., "A Statistical Approach to Genetic Epidemiology: Concepts and Applications" Wiley 2006
온라인 버즈를 활용한 제주도 관광 인식 연구 : 정보 제공자와 수용자를 중심으로
데이터 무제한 요금제가 모바일 서비스 이용 행태에 미치는 영향
상대적 보고 비의 추정값에 의한 연관성 유무 결정 방안
학술지 이력
연월일 | 이력구분 | 이력상세 | 등재구분 |
---|---|---|---|
2026 | 평가예정 | 재인증평가 신청대상 (재인증) | |
2020-01-01 | 평가 | 등재학술지 유지 (재인증) | |
2017-01-01 | 평가 | 등재학술지 유지 (계속평가) | |
2013-01-01 | 평가 | 등재학술지 유지 (등재유지) | |
2010-01-01 | 평가 | 등재학술지 유지 (등재유지) | |
2008-01-01 | 평가 | 등재학술지 유지 (등재유지) | |
2005-01-01 | 평가 | 등재학술지 선정 (등재후보2차) | |
2004-01-01 | 평가 | 등재후보 1차 PASS (등재후보1차) | |
2002-07-01 | 평가 | 등재후보학술지 선정 (신규평가) |
학술지 인용정보
기준연도 | WOS-KCI 통합IF(2년) | KCIF(2년) | KCIF(3년) |
---|---|---|---|
2016 | 1.26 | 1.26 | 1.15 |
KCIF(4년) | KCIF(5년) | 중심성지수(3년) | 즉시성지수 |
1.05 | 0.98 | 0.956 | 0.4 |