Association of lncRNAs with regulation of genes involved in sex determination and spermatogenesis = 성 결정 및 정자 형성에 관여하는 유전자들의 조절과 lncRNA의 연관성

다국어 초록 (Multilingual Abstract)

We conducted a transcriptome-wide analysis of the expression quantitative trait loci (eQTLs) to identify the target genes associated with previously described QTLs associated with gender imbalance. A mixed model explaining polygenic effects by genomic covariance among individuals was used to identify the eQTLs using gene expression and genotype data from 462 European/African individuals. Eight eGenes were identified for association with four QTLs (P < 4.00 × 10-5), with strong associations found (P < 4.00 × 10-8) between rs2485007 and eGenes ANKRD26P3 (P = 3.40 × 10-9) and LINC00421 (P = 1.35 × 10-9). ANKRD26P3 and LINC00421 are both lncRNAs associated with the control of testis-dominant genes and Y-linked genes, as well as several genes with roles in spermatogenesis and sex determination. These eGenes contribute directly or indirectly to gene regulation for sex determination and spermatogenesis; thus, serving important functional clues for gender-biased selection.

국문 초록 (Abstract)

성별 불균형과 관련된 양적 특성 유전자좌 (QTL)와 연관성을 가지는 표적 유전자를 식별하기 위해 발현 양적 특성 유전자좌 (eQTL)의 전장 전사체 분석을 수행하였다. 개인 간의 유전적 공분산에 의한 다유전자 효과를 설명하는 혼합 모델을 사용하여 462명의 유럽인과 아프리카인의 유전자 발현 및 유전자형 데이터를 사용하여 eQTL을 식별하였다. 4개의 eQTL (P < 4.00 × 10-5)과의 연관성에 대해 8개의 eGene들이 확인되었다. 특히, rs2485007과 eGenes ANKRD26P3 (P = 3.40 × 10-9) 및 LINC00421 (P = 1.35 × 10-9) 사이의 강한 연관성을 확인하였다. ANKRD26P3과 LINC00421은 모두 lncRNA이며 고환에서 우세하게 발현되는 유전자, Y염색체와 관련된 유전자 및 정자 형성, 성 결정에 역할을 하는 유전자들을 조절하는데 관여한다. 이러한 eGene들은 성 결정 및 정자 생성을 위한 유전자 조절에 직접적 혹은 간접적으로 기여하기 때문에 성별에 따른 선택에 대한 중요한 기능적 단서를 제공한다.

목차 (Table of Contents)

• CHAPTER 1 Introduction 1
• CHAPTER 2 Materials and Methods 4
• 2.1 Gene expression and genotype data 4
• 2.2 Statistical analysis for eQTL identification 4
• 2.3 Functional analysis of eQTL 6
• CHAPTER 3 Results 8
• 3.1 eQTL analysis 8
• 3.2 ANKRD26P3 and LINC00421 target genes 8
• CHAPTER 4 Discussion 16
• CHAPTER 5 Conclusions 22
• REFERENCES 23