Fragment Assembly를 위한 시스템의 설계 및 구현 = Design and Implementation of the genome - level fragment assembly system, Mater

국문 초록 (Abstract)

지금까지 인간이나 다른 생물체의 전체 유전체 염기서열을 밝혀내는 작업은 크게 세가지 방법으로 진행되었다. Clone-by-clone approach, sequence tagged connector approach, random shotgun approach[1]가 그것인데 마지막의 random shotgun approach는 fragment assembly problem을 비롯한 여러 가지 전산학적인 문제들을 수반한다. 미생물체의 전체 염기서열을 random shotgun approach를 이용하여 밝혀낼 때 몇 가지 전산학적인 문제가 테크닉이 필요하며 그 중에서도 서열간의 forward, reverse의 mating 정보를 이용하는 것이 매우 중요하다. 본 논문은 이러한 mating 작업을 한 눈에 볼 수 있게 하는 소프트웨어 패키지 “Mater”에 대해 소개하고자 하며 그 의미에 대해 논하고자 한다.

목차 (Table of Contents)

• 요약
• 1. 서론
• 2. The random shotgun approach
• 3. Random shotgun 방식에서 해결해야 할 어려운 점들
• 4. Mating 작업
• 5. Mater 소프트웨어 패키지의 설계 및 구현
• 6. 결론
• 7. 참고 문헌