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      A tool for the design of DNA base sequences for molecular circuits

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      https://www.riss.kr/link?id=A103869648

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      Designing a set of DNA base sequences for a large-scale molecular circuit is a difficult problem in the field of DNA computing. A DNA circuit frequently suffers from unintended DNA strand displacements among strands; this problem can ruin the desired function of a DNA circuit. In this study, our aim was to develop a computational tool for the design of DNA base sequences by means of an original algorithm based on mismatches in a DNA base sequence. Validity of the proposed algorithm is confirmed by practical redesign examples.
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      Designing a set of DNA base sequences for a large-scale molecular circuit is a difficult problem in the field of DNA computing. A DNA circuit frequently suffers from unintended DNA strand displacements among strands; this problem can ruin the desired ...

      Designing a set of DNA base sequences for a large-scale molecular circuit is a difficult problem in the field of DNA computing. A DNA circuit frequently suffers from unintended DNA strand displacements among strands; this problem can ruin the desired function of a DNA circuit. In this study, our aim was to develop a computational tool for the design of DNA base sequences by means of an original algorithm based on mismatches in a DNA base sequence. Validity of the proposed algorithm is confirmed by practical redesign examples.

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      목차 (Table of Contents)

      • Abstract
      • 1. INTRODUCTION
      • 2. THE CORNERSTONE OF DSD-BASED DESIGN
      • 3. THE TYPICAL PROBLEM IN THE DESIGN OF A DNA CIRCUIT
      • 4. ALGORITHM
      • Abstract
      • 1. INTRODUCTION
      • 2. THE CORNERSTONE OF DSD-BASED DESIGN
      • 3. THE TYPICAL PROBLEM IN THE DESIGN OF A DNA CIRCUIT
      • 4. ALGORITHM
      • 5. A FEASIBLE STUDY WITH A SWITCHER
      • 6. APPLICATION EXAMPLE: AMPLIFIER CIRCUITS IN A DNA FEEDBACK REGULATOR
      • 7. CONCLUSION
      • REFERENCES
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