16S rRNA gene PCR법은 환자 검체로부터 병원성 미생물을 검출 및 동정에 사용되어진다. 본 연구는 대량의 임상미생물 진단을 위해 bacterial 16S rRNA 부위 유전자 서열을 이용하여 광대한 범위와 높...
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2014
English
KCI등재
학술저널
361-369(9쪽)
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16S rRNA gene PCR법은 환자 검체로부터 병원성 미생물을 검출 및 동정에 사용되어진다. 본 연구는 대량의 임상미생물 진단을 위해 bacterial 16S rRNA 부위 유전자 서열을 이용하여 광대한 범위와 높...
16S rRNA gene PCR법은 환자 검체로부터 병원성 미생물을 검출 및 동정에 사용되어진다. 본 연구는 대량의 임상미생물 진단을 위해 bacterial 16S rRNA 부위 유전자 서열을 이용하여 광대한 범위와 높은 특이도를 가지는 primer을 포함한 PCR법을 개발하였다. 10개 표준 균주 16S rRNA 보존 부위의 유전자 서열을 기반으로 primer set를 구축하였다. 98명 환자 검체에서 임상 미생물을 분리하였다. 98개 균주는 phenotypic 방법을 이용하여 확인하고, 개발된 primer set와 universal primer set를 이용한 PCR법으로 확인하였다. 획득한 PCR 산물은 forward primer, reverse primer, 그리고 자동화 DNA 분석기를 이용하여 각 균주의 16S rRNA 유전자 서열을 분석 및 확인하였다. 본 연구에서 개발된 primer set와 universal primer set의 임상미생물 검출에 대한 효율성을 평가하였고, 또한 phenotypic 방법과 분자생물학적 방법을 비교했다. 분리된 98개 균주를 대상으로 개발된 primer set로 16S rRNA PCR을 진행하여 778 bp 크기의 단일밴드로 증폭 되었음을 확인했다. 총 98개중 94개 균주(95.9%)는 phenotypic 결과와 동일함을 확인했다. 새로 개발된 primer set를 이용한 결과는 universal primer set를 이용한 98개 균주(100%)의 결과와 동일함을 확인하였다. 개발된 16S rRNA gene PCR법은 임상미생물 검출 및 동정에서 신속성, 정확성, 그리고 검사 비용 절감의 장점을 가진다. 개발된 primer set는 병원성 미생물 동정에서 효율성을 확인했다.
다국어 초록 (Multilingual Abstract)
Broad-range and specific 16S rRNA gene PCR is used for detection and identification of bacterial pathogens in clinical specimens from patients with a high suspicion for infection. We describe the development of a broad-range and specific PCR primer, b...
Broad-range and specific 16S rRNA gene PCR is used for detection and identification of bacterial pathogens in clinical specimens from patients with a high suspicion for infection. We describe the development of a broad-range and specific PCR primer, based on bacterial 16S rRNA, for use in routine diagnostic clinical microbiology services. The primers were designed by using conservative regions of 16S rRNA sequences from 10 strains. Ninety-eight clinical strains were isolated from clinical patient specimens. A total of 98 strains of bacteria were identified by phenotypic methods; PCR with newly designed primers and universal primers. All purified PCR products were sequenced using both forward and reverse primers on an automated DNA analyzer. In this study, we evaluated the usefulness of the newly designed primers and the universal primers for the detection of bacteria, and both these techniques were compared with phenotypic methods for bacteria detection. When we also tested 98 strains of clinical isolates with newly designed primers, about 778 bp DNA fragments were amplified and identified from all strains. Of the 98 strains, 94 strains (95.9%) correspond in comparison with phenotypic methods. The newly designed primers showed that the identities of 98 (100%) strains were the same as those obtained by universal PCR primers. The overall agreement between the newly designed primers and universal primers was 100%. The primer set was designed for rapid, accurate, and cheap identification of bacterial pathogens. We think the newly designed primer set is useful for the identification of pathogenic bacteria.
목차 (Table of Contents)
참고문헌 (Reference)
1 Woo, P. C., "Usefulness of the microSeq 500 16S ribosomal DNA-based bacterial identification system for identification of clinically significant bacterial isolates with ambiguous biochemical profiles" 41 : 1996-2001, 2003
2 Rudolf, I. A., "Phylogenetic identification and in situ detection of individual microbial cells without cultivation" 59 : 143-169, 1995
3 Woo, P. C., "Phenotypic and molecular characterization of erythromycin resistance in four isolates of Streptococcus-like gram-positive Cocci causing bacteremia" 42 : 3303-3305, 2004
4 Les, D., "Performance of the translational apparatus varies with the ecological strategies of bacteria" 189 : 3237-3245, 2007
5 Hidetoshi, U., "Microbial diversity in marine sediments from Sagami Bay and Tokyo Bay, Japan, as determined by 16S rRNA gene analysis" 145 : 3305-3315, 1999
6 Petti, C. A., "Interpretive criteria for identification of bacteria and fungi by DNA target sequencing, approved guideline document"
7 Brandl, M. T., "Heterogeneous transcription of an indoleacetic acid biosynthetic gene in Erwinia herbicola on plant surfaces" 98 : 3454-3459, 2001
8 Mignard, S., "16S rRNA sequencing in routine bacterial identification : a 30-month experiment" 67 : 574-581, 2006
9 Bosshard, P. P., "16S rRNA gene sequencing versus the API 20 NE system and the Vitek 2 ID-GNB card for identification of nonfermenting gramnegative bacteria in the clinical laboratory" 44 : 1359-1366, 2006
10 Patel, J. B, "16S rRNA gene sequencing for bacterial pathogen identification in the clinical laboratory" 6 : 313-321, 2001
1 Woo, P. C., "Usefulness of the microSeq 500 16S ribosomal DNA-based bacterial identification system for identification of clinically significant bacterial isolates with ambiguous biochemical profiles" 41 : 1996-2001, 2003
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11 John, M. J., "16S rRNA gene sequencing for bacterial identification in the diagnostic laboratory : pluses, perils, and pitfalls" 45 : 2761-2764, 2007
Resveratrol 처리한 HeLa세포에서 angiogenin과 vascular endothelial growth factor 발현유도에 따른 세포이동촉진
이유자돈에 있어서 복합 생균제(MR-1)의 사료 내 첨가가 성장 능력 및 생화학적 조성, 면역 반응에 미치는 영향
LPS로 유도된 RAW 264.7세포에 대한 벼메뚜기(Oxya chinensis sinuosa) 에탄올 추출물의 항염증 효과
학술지 이력
연월일 | 이력구분 | 이력상세 | 등재구분 |
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2027 | 평가예정 | 재인증평가 신청대상 (재인증) | |
2021-01-01 | 평가 | 등재학술지 유지 (재인증) | |
2018-01-01 | 평가 | 등재학술지 유지 (등재유지) | |
2015-01-01 | 평가 | 등재학술지 유지 (등재유지) | |
2011-08-03 | 학술지명변경 | 외국어명 : Korean Journal of Life Science -> Journal of Life Science | |
2011-01-01 | 평가 | 등재학술지 유지 (등재유지) | |
2009-01-01 | 평가 | 등재학술지 유지 (등재유지) | |
2007-01-01 | 평가 | 등재학술지 유지 (등재유지) | |
2004-01-01 | 평가 | 등재학술지 선정 (등재후보2차) | |
2003-01-01 | 평가 | 등재후보 1차 PASS (등재후보1차) | |
2001-07-01 | 평가 | 등재후보학술지 선정 (신규평가) |
학술지 인용정보
기준연도 | WOS-KCI 통합IF(2년) | KCIF(2년) | KCIF(3년) |
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2016 | 0.37 | 0.37 | 0.42 |
KCIF(4년) | KCIF(5년) | 중심성지수(3년) | 즉시성지수 |
0.43 | 0.43 | 0.774 | 0.09 |