DNA 서열은 각 종을 나타내는 근본적인 정보이며, 다른 종 간의 DNA 서열 비교는 중요한 작업이다. DNA 서열은 길이가 매우 길며 또 종의 종류도 다양하기 때문에, DNA 서열 비교에서는 빠른 매칭...
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2009
English
569
KCI등재
학술저널
231-238(8쪽)
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DNA 서열은 각 종을 나타내는 근본적인 정보이며, 다른 종 간의 DNA 서열 비교는 중요한 작업이다. DNA 서열은 길이가 매우 길며 또 종의 종류도 다양하기 때문에, DNA 서열 비교에서는 빠른 매칭...
DNA 서열은 각 종을 나타내는 근본적인 정보이며, 다른 종 간의 DNA 서열 비교는 중요한 작업이다. DNA 서열은 길이가 매우 길며 또 종의 종류도 다양하기 때문에, DNA 서열 비교에서는 빠른 매칭 뿐만 아니라 효율적인 저장도 중요한 요소이다. 즉, 인코딩 된 DNA 서열에 적합한 빠른 문자열 매칭 방법이 필요하다. 본 논문에서는 매칭 시 디코딩이 필요하지 않은 인코딩 된 DNA 서열을 위한 빠른 매칭 알고리즘을 제시한다. 제시하는 알고리즘은 네 문자 한 바이트 인코딩을 이용하며 서픽스 기법과 다중 패턴 매칭 기법을 접목하고 있다. 실험 결과로는 본 논문에서 제시하는 방법이 AGREP보다 약 다섯 배 빠름을 보이는데, 이는 알려진 알고리즘들 중에서 가장 빠른 결과이다.
다국어 초록 (Multilingual Abstract)
DNA sequences are the fundamental information for each species and a comparison between DNA sequences of different species is an important task. Since DNA sequences are very long and there exist many species, not only fast matching but also efficient ...
DNA sequences are the fundamental information for each species and a comparison between DNA sequences of different species is an important task. Since DNA sequences are very long and there exist many species, not only fast matching but also efficient storage is an important factor for DNA sequences. Thus, a fast string matching method suitable for encoded DNA sequences is needed. In this paper, we present a fast string matching method for encoded DNA sequences which does not decode DNA sequences while matching. We use four-characters-to-one-byte encoding and combine a suffix approach and a multi-pattern matching approach. Experimental results show that our method is about 5 times faster than AGREP and the fastest among known algorithms.
목차 (Table of Contents)
참고문헌 (Reference)
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10 Gonzalo Navarro, "Fast and Flexible String Matching by Combining Bit- Parallelism and Suffix Automata" 5 (5): 2000
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A Boundness Analysis of Performance on the Nested Queueing Network with Population Constraint
BeanFS: 대규모 이메일 서비스를 위한 분산 파일 시스템
대용량 분산파일시스템을 위한 비공유 메타데이타 관리 기법
학술지 이력
연월일 | 이력구분 | 이력상세 | 등재구분 |
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2014-09-01 | 평가 | 학술지 통합(기타) | |
2013-04-26 | 학술지명변경 | 한글명 : 정보과학회논문지 : 시스템 및 이론 </br>외국어명 : Journal of KIISE : Computer Systems and Theory | |
2011-01-01 | 평가 | 등재학술지 유지(등재유지) | |
2009-01-02 | 학술지명변경 | 한글명 : 정보과학회논문지 : 시스템 및 이론 </br>외국어명 : Journal of KISS : Computer Systems and Theory | |
2009-01-01 | 평가 | 등재학술지 유지(등재유지) | |
2007-01-01 | 평가 | 등재학술지 유지(등재유지) | |
2005-01-01 | 평가 | 등재학술지 유지(등재유지) | |
2002-01-01 | 평가 | 등재학술지 선정(등재후보2차) |