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DNA Nanotweezers Studied with a Coarse-Grained Model of DNA
Ouldridge, T.E., Louis, A.A., Doye, J.P. AMERICAN PHYSICAL SOCIETY 2010 Physical Review Letters Vol.104 No.17
Extracting bulk properties of self-assembling systems from small simulations
Ouldridge, T.E., Louis, A.A., Doye, J.P.K. IOP PUBLISHING LTD 2010 Journal of Physics, Condensed Matter Vol.22 No.10
The Robustness of Proofreading to Crowding-Induced Pseudo-Processivity in the MAPK Pathway
Ouldridge, T. E., Rein ten Wolde, P. Elsevier Science B.V., Amsterdam 2014 Biophysical journal Vol.107 No.10
DNA hybridization kinetics: zippering, internal displacement and sequence dependence
Ouldridge, T.E., Sulc, P., Romano, F., Doye, J.P.K Oxford University Press 2013 Nucleic acids research Vol.41 No.19
Structural, mechanical, and thermodynamic properties of a coarse-grained DNA model (22 pages)
Ouldridge, T.E., Louis, A.A., Doye, J.P.K. AMERICAN INSTITUTE OF PHYSICS 2011 The Journal of Chemical Physics Vol.134 No.8
The self-assembly of DNA Holliday junctions studied with a minimal model (11 pages)
Ouldridge, T.E., Johnston, I.G., Louis, A.A., Doye AMERICAN INSTITUTE OF PHYSICS 2009 The Journal of Chemical Physics Vol.130 No.6
The importance of thermodynamics for molecular systems, and the importance of molecular systems for thermodynamics
Ouldridge, T. E. Springer Science + Business Media 2018 NATURAL COMPUTING Vol.17 No.1
Inferring bulk self-assembly properties from simulations of small systems with multiple constituent species and small systems in the grand canonical ensemble (16 pages)
Ouldridge, T.E. AMERICAN INSTITUTE OF PHYSICS 2012 The Journal of Chemical Physics Vol.137 No.14
Optimizing DNA Nanotechnology through Coarse-Grained Modeling: A Two-Footed DNA Walker
Ouldridge, T.E., Hoare, R.L., Louis, A.A., Doye, J AMERICAN CHEMICAL SOCIETY 2013 ACS NANO Vol.7 No.3
DNA nanotechnology: understanding and optimisation through simulation
Ouldridge, T.E. Taylor & Francis 2015 Molecular Physics Vol.113 No.1
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