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        Multivariate Procedure for Variable Selection and Classification of High Dimensional Heterogeneous Data

        Mehmood, Tahir,Rasheed, Zahid The Korean Statistical Society 2015 Communications for statistical applications and me Vol.22 No.6

        The development in data collection techniques results in high dimensional data sets, where discrimination is an important and commonly encountered problem that are crucial to resolve when high dimensional data is heterogeneous (non-common variance covariance structure for classes). An example of this is to classify microbial habitat preferences based on codon/bi-codon usage. Habitat preference is important to study for evolutionary genetic relationships and may help industry produce specific enzymes. Most classification procedures assume homogeneity (common variance covariance structure for all classes), which is not guaranteed in most high dimensional data sets. We have introduced regularized elimination in partial least square coupled with QDA (rePLS-QDA) for the parsimonious variable selection and classification of high dimensional heterogeneous data sets based on recently introduced regularized elimination for variable selection in partial least square (rePLS) and heterogeneous classification procedure quadratic discriminant analysis (QDA). A comparison of proposed and existing methods is conducted over the simulated data set; in addition, the proposed procedure is implemented to classify microbial habitat preferences by their codon/bi-codon usage. Five bacterial habitats (Aquatic, Host Associated, Multiple, Specialized and Terrestrial) are modeled. The classification accuracy of each habitat is satisfactory and ranges from 89.1% to 100% on test data. Interesting codon/bi-codons usage, their mutual interactions influential for respective habitat preference are identified. The proposed method also produced results that concurred with known biological characteristics that will help researchers better understand divergence of species.

      • 미생물 분류 및 분양을 통한 R&D 지원, 생물자원뱅크

        이정숙 ( Jung-sook Lee ) 한국환경농학회 2023 한국환경농학회 학술대회집 Vol.2023 No.0

        생물자원은 인류의 당면 난제인 에너지, 환경, 식량 등을 해결할 바이오 연구 및 산업의 필수 핵심 요소로 인식되어 있으며 그 중요성이 나날이 높아지고 있다. 그래서 생물자원을 바이오경제 시대를 지지하는 무궁한 가치를 지닌 미래 자원이라고 말하고 있다. OECD도 생물자원의 확보 및 보급의 중요성을 인식하고 2001년 세계 각국에 고품질의 생물자원 및 정보를 관리하고 보급하는 생물자원센터(Biological Resource Center, BRC)를 설치하도록 권고하였다. 생물자원센터는 생명공학 및 관련 산업의 성장을 견인하는 핵심으로 국가 차원에서 지원해야 하는 중요 연구 기반 시설이다. 특히 미생물을 관리하는 뱅크들이 전 세계적으로 널리 운영되고 있다. 미생물은 바이오 연구와 산업의 핵심 자원으로 미생물자원뱅크는 미생물의 정확한 분류와 보존관리, 분양을 통해 바이오 연구와 산업에 기여하고 있다. Biological resources are recognized as an essential core element in bio research and industry to solve the challenges faced by mankind, such as energy, environment, and food, and their importance is increasing day by day. Therefore, it is said that biological resources are future resources with infinite value that support the era of the bioeconomy. The OECD also recognized the importance of collecting and supporting biological resources, and in 2001 recommended that countries around the world establish Biological Resource Centers (BRCs) to manage and support high-quality biological resources and information. Biological Resource Centers are key to driving the growth of biotechnology and related industries, and are important research infrastructures that must be supported at the national level. In particular, banks managing microbes are widely operated around the world. Microorganisms are a key resource for bio research and industry, and the Microbial Resource Bank contributes to bio research and industry through accurate classification, preservation management, and distribution of microorganisms.

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