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정선호(Seunho Jung) 한국창조과학회 2024 Origin Research Journal Vol.4 No.1
진화론은 1859년 11월 다윈이 생물의 형태, 질서, 다양성이 자연선택이라는 목적 없는 무작위 과정의 우연한 산물이라는 이론을 담은 책인 ‘종의 기원’을 출판하면서 확립되었다. 이후 다윈의 진화론은 목적론적 세계관의 종말을 가져왔고, 유물론적 세계관을 통한 다윈주의 자연관은 모든 과학계의 주류가 되었다. 그러나 1953년 4월에 발표된 900단어 네이처 논문인 ‘DNA의 분자 구조’에 대한 연구 결과1), DNA는 생명체의 유전정보의 저장소이며 화학적 염기서열을 통해 디지털 정보로 변환된다는 사실이 보고되었다. 1980년대 이후 분자생물학 연구를 통해 세포는 DNA를 유전정보로 담고 있을 뿐만 아니라, 세포 내에는 복잡하고 정교한 유전정보 처리시스템을 갖고 있다는 사실이 밝혀졌다. 다윈의 진화론과 설계 추론에 대한 역사과학적 고찰을 통해 생명정보의 기원은 물질우선(matter-first) 철학의 유물론적 세계관이 아닌 설계지성에 기초한 정신우선(mind-first) 철학적 세계관을 지지하는 것으로 나타났다. The theory of evolution was established in November 1859 when Darwin published ‘The Origin of Species’, a book containing the theory that the form, order, and diversity of living things are the accidental products of a purposeless random process called natural selection. Afterwards, Darwin’s theory of evolution brought about the end of the teleological worldview, and Darwin’s view of nature through a materialistic worldview became the mainstream of all scientific circles. However, as a result of research on ‘Molecular Structure of DNA’, a 900-word Nature paper published in April 1953, it was reported that DNA is a repository of genetic information of living things and is converted into digital information through chemical base sequences. Since the 1980s, molecular biology research has revealed that cells not only contain DNA as genetic information, but also have a complex and sophisticated genetic information processing system within the cell. Through historical and scientific examination of Darwin’s theory of evolution and design reasoning, the origin of life information was found to support a mind-first philosophical worldview based on design intelligence rather than a materialistic worldview of material-first philosophy.
메리필드(Merrifield RB.)와 파우너(Powner M.)의 펩타이드 화학합성연구에 대한 현대 과학적 발견들이 시사하는 펩타이드 및 단백질의 비생물속생설 비판
정선호(Seunho Jung) 한국창조과학회 2021 Origin Research Journal Vol.1 No.1
1861년 루이 파스퇴르 (Louis Pasteur)의 백조목 플라스크 실험은 생물의 기원에 대한 자연발생 이론을 반박하고 생물은 생물에서만 그 기원을 설명 할 수 있다는 생물속생설 (biogenesis)을 제안했다. 그후 러시아 생화학자인 오파린 (Alexander Ivanovich Oparin)은 1924년에 원시 지구 생명체의 기원에 대한 화학진화가설을 제안하게 되었다. 이 제안은 1952년에 유레이와 밀러(Urey & Miller)의 실험결과에 기반한 프리바이오틱 화학(prebiotic chemistry)연구를 통해서 보다 다양한 생물의 기원에 대한 실험결과들을 이끌어 낼 수 있었다. 본 소고에서는 최근에 메리필드(Merrifield B.)와 파우너(Powner M.)가 Science 지와 Nature 지등에 각각 발표한 펩타이드의 화학합성 메커니즘과 관련된 연구결과와 과학적 발견들을 고찰하고 해석하였다. 그들의 연구결과들은 펩타이드와 단백질의 기원이 생물의 비생물속생설(abiogenesis)에 근거한 비생체내발생을 의미하는 자연발생이론으로는 설명이 불가능하여, 아직까지도 펩타이드와 단백질의 기원은 파스퇴르의 생물속생설(biogenesis) 이론에 따른 생체내발생을 통해서만 설명이 유효함을 시사하고 있음을 나타낸다. In 1861, Louis Pasteur"s swan-neck flask experiment refuted the spontaneous theory of the origin of life and proposed the theory of biogenesis, which states that living things (life) can only explain their origins. Then, in 1924, Russian biochemist Alexander Ivanovich Oparin proposed the chemical evolutionary hypothesis on the origin of life under the primitive Earth. This proposal could lead to more diverse research results on prebiotic chemistry through the experiments of Urey and Miller in 1952. Here, we provide insight and interpretation of research results and scientific findings related to the chemical synthetic mechanism of peptides recently published by Merrifield RB. and Powner M. in Science and Nature journals. Their research results suggested that the origin of peptides and proteins cannot be explained by abiogenesis, the theory of spontaneous generation of organisms, and that the validity of the Pasteur"s theory of biogenesis still holds true.
플라보노이드 정보의 효율적인 검색을 위한 그리드 웹 포탈
서해국(Haegook Seo),전세길(Segil Jeon),정갑주(Karpjoo Jeong),김현명(Hyunmyung Kim),정선호(Seunho Jung) 한국정보과학회 2005 한국정보과학회 학술발표논문집 Vol.32 No.2
최근 생물학 문제를 해결하기 위하여 생명 정보 분야에서 많은 컴퓨터 기술들이 응용되고 있다. 플라보노이드 정보는 항암, 항산화 효과가 있는 유용한 물질인 플라보노이드의 연구와 관련된 정보를 분석하고 관리하는 컴퓨터 기술 기반의 응용 기술이다. 현재 플라보노이드 정보 관련 연구는 일부에서 수행되고 있으며 플라보노이드의 다양한 정보를 효율적으로 저장 검색 할 수 있는 시스템은 부족한 실정이다. 플라보노이드 물질에 관한 정보를 더욱 효과적으로 저장 관리하고 관련된 연구자들 간에 정보를 쉽게 공유할 수 있도록 본 논문에서는 플라보노이드 정보를 위한 그리드 웹 포탈 시스템 구조와 관련된 데이타 모델을 제안한다. 본 논문에서 제안한 시스템과 데이타 모델의 유용함을 보이기 위해 웹 기반으로 플라보노이드 정보 그리드 포탈을 구현한다.
김동욱(Dongwook Kim),정갑주(Karpjoo Jeong),황선태(Suntae Hwang),정선호(Seunho Jung),이종현(Jonghyun Lee),김상선(Sangsun Kim),최영진(Youngjin Choi) 한국정보과학회 2003 한국정보과학회 학술발표논문집 Vol.30 No.2Ⅱ
분자모사 시뮬레이션은 일반 컴퓨터로는 수행이 불가능한 대량의 연산을 요구하기 때문에, 현재까지는 적극적으로 활용되는 한계가 있다. 그리드 컴퓨팅을 이용하여 요구되어지는 대량 컴퓨팅 파워를 해결할 수 있지만, 응용 특성에 최적화되게 설계된 그리드 컴퓨팅 시스템의 부재하기 때문에 활용되어지기 어렵다. 본 논문에서는 이러한 문제점 해결을 목표로 하는 분자모사에 최적화된 그리드 시스템 (Molecular Grid System) 구축에 관한 내용을 기술을 하고 있다.
Chiral-MGrid: 그리드 기반 광학이성질체 식별 서비스
강미란(Miran Kang),정갑주(Karpjoo Jeong),이종현(Jonghyun Lee),최영진(Youngjin Choi),정선호(Seunho Jung) 한국정보과학회 2006 한국정보과학회 학술발표논문집 Vol.33 No.2A
현재 IT분야의 끊임없는 발전과 더불어 BT/NT 분야와의 협업이 활발히 진행되고 있는 가운데, 광학 이성질체에 대한 연구는 그 중요성이 점점 증가되고 있다. 광학 이성질체는 생체 내에서 작용할 경우 성질, 기능, 효과에서 정반대 결과를 일으키기에 제약 산업 등 응용분야에서는 사용을 위해 효과적으로 식별하여 분리할 필요성이 존재한다. 이런 실험은 단계가 복잡하고 결과를 분석하고 시각화하기 어렵다. 이를 해결하기 위해 본 논문에서는 광학 이성질체의 분리연구를 위한 그리드 기반의 Chiral-MGrid 시스템을 제공한다. Chiral-MGrid 시스템은 분리연구 관련 실험을 그리드 기반에서 one set operation으로 수행할 수 있는 서비스를 제공한다.
정갑주(Karpjoo Jeong),이종현(Jong Hyun Lee),조금원(Kum Won Cho),정선호(Seunho Jung),황선태(Suntae Hwang),허대영(Daeyoung Heo),최영진(Youngjin Choi) 한국정보과학회 2006 정보과학회논문지 : 시스템 및 이론 Vol.33 No.7
본 논문에서는, MGrid 시스템과 이를 통한 응용 어플리케이션으로서 Glycoconjugates 시뮬레이션 데이타베이스 구축에 대한 연구를 소개한다. MGrid 시스템은 분자 시뮬레이션 계산 및 분석에 대한 그리드 서비스를 상호 운용 가능한 방법으로 제공하는 그리드 시스템이다. e-Glycoconjugates는 당접합체류의 분자 시뮬레이션을 수행하는 그리드 포털이다. 이 프로젝트는 MGrid 시스템을 통해 PDB와 같은 단백질 구조 데이타베이스 상에서 지금까지 알려진 2000 여개의 glycan chain들과 100 여개의 당접합체류에 대한 분자 시뮬레이션 데이타베이스 구축을 목표로 하고 있다. 본 논문에서는, MGrid 시스템의 목표와 시스템 아키텍처, 현재 시스템의 구현과 e-Glycoconjugates의 초기 결과를 기술하고자 한다. In this paper, we present the MGrid system and its application for the construction of the Glycoconjugates simulation database called e-Glycoconjugates. The MGrid system is an integrated molecular simulation grid system for computing, databases, and analyses. For e-Glycoconjugates, we have been constructing the simulation database for 2,000 glycan chains and 100 glycoproteins until 2008. In this paper, we present the goal, architecture, and current implementation status of the MGrid system, and e-Glycoconjugates.
시뮬레이션 데이터 공유 및 재 실험을 위한 Glyco-MGrid시스템
김동광(DongKwang Kim),정갑주(Karpjoo Jeong),이종현(Jong Hyun Lee),최영진(Youngjin Choi),정선호(Seunho Jung),황선태(Suntae Hwang) 한국정보과학회 2007 한국정보과학회 학술발표논문집 Vol.34 No.1B
Glycomics와 Glycobiology는 Oligosaccharides와 Carbohydrate의 구조와 기능을 연구하기 위한 중요한 연구 방법이다. 현재 컴퓨터 시뮬레이션을 이용한 분자 모사 실험이 많은 연구 단체에 의해서 진행되고 있지만, 많은 컴퓨터 자원을 요구하는 문제로 인해서 활발하게 이루어 지지 않고 있는 실정이다. 현 시점에서 이러한 문제를 해결하기 위해서는 많은 자원과 오랜 시간을 소비해서 얻은 결과 데이터를 많은 과학자들에 의해서 공유하고 협업할 수 있는 시스템이 필요하다. Glyco-MGrid시스템은 분자 시뮬레이션 서비스 제공에 중점을 두고 있는 MGrid에서 생성되는 e-Clycomics 데이터들을 통합 관리하기 위한 사이버인프라스트럭쳐이다. 이 Glyco-MGrid는 분자 시뮬레이션의 결과를 통합 관리하기 위한 통합 데이터베이스 제공과 이를 통한 과학자들간의 협업을 지원하기 위해 그리드 기반의 e-Glycomics를 위한 공유,통합 환경을 제공한다.