다중 쓰레드 기반의 병렬처리서버용 안티바이러스 엔진

유주영;김미애;박은옥;박유미;최주영;최은정;김명주 서울여자대학교 컴퓨터과학연구소 2004 정보기술논문지 Vol.2 No.-

악성코드에 대한 보다 바람직한 예방은 클라이언트측이 아닌 서버측에서 이루어지는 것이다. 본 논문에서는 새로운 개념 의 서버용 안티바이러스 엔진인 SAVE 1.0을 설계 구현하여 제시한다. SAVE는 기본적으로 1개의 AV모니터와 다수의 AV에이전트로 구성되어 있는데 다중 CPU를 장착한 병렬처리서버의 특징을 직접 활용하기 위하여 관리자가 다중쓰레드 기법을 직접 지정할 수 있도록 하고 있다 악성코드를 5가지 부류로 구분하여 바이러스 시그너쳐 DB를 구축 제공함으로써 부류별 진단을 지정할 수 있도록 하고 있으며 실시간 네트워크 패킷 검사를 통한 악성코드 유입 점검 기능도 제공한다. 웹 기반의 관리자 인터페이스는 뛰어난 사용자 편의성을 제공하고 있다. 성능실험결과 악성코드 검색율은 국내외 상용제품과 비교해서 매우 우수한 것으로 나타났으며 검색속도에 있어서도 서버의 CPU 수 증가에 거의 선형 비례하여 향상되는 특징을 보이고 있다. It is more desirable to prevent and detect the malicious codes in server system rather than in client PCs. In this paper, we suggest a new anti-virus engine, SAVE 1.0, which is executed on a parallel processing server. SAVE consists of 1 AV monitor and several AV agents. A system administrator can control the degree of multi-thread directly in order to enhance the utilization of parallel processing servers. Virus signature DBs in SAVE are classified into 5 categories, which support system administrator's options to use the classifier or not. By real-time checking of network packets, the influx of malicious codes can be prevented. Web-based GUI is one of the convenient functions provided in SAVE. In performance tests, we have confirmed that SAVE has higher virus detection ratio than any other AV engine, and SAVE has a desirable feature as an software of parallel processing servers since the performance of SAVE is improved almost linearly as the CPUs in a parallel processing server increases.

Serratia marcescens에서 cAMP receptor protein(CRP)유전자의 클로닝 및 해석

유주순,문종환,정수열,김혜선,최용락 東亞大學校附設遺傳工學硏究所 1999 遺傳工學硏究 Vol.- No.6

전사조절인자로서 잘 알려져 있는 cAMP receptor protein(CRP)은 cAMP와 DNA에 결합하는 특별한 활성을 가지고 있으며, cAMP-CRP complex를 형성하여 수많은 유전자의 발현조절에 관여한다. 이러한 측면에서 cAMP-CRP의 조절은 어떤 면에서 총체적 조절체계라고까지 한다. 본 연구는 Serratia 균주에서 crp유전자의 분자적 특성 및 cAMP에 의한 발현조절을 받는 분자기구를 해석하고자 유전자를 클로닝하고 발현을 확인하였다. MacConkey배지에서 maltose를 탄소원으로 충분히 이용하지 못하는 대장균 TP2139(△crp,△lac)를 숙주로 이용하고, 염색체DNA를 library로 작성하여 얻은 형질전환체 약 일만개의 콜로니에서 red colony를 나타내는 5종류 의 양성 클론을 얻었다. 이들 클론을 Southern방법으로 확인한 결과 3kb의 단편을 가진 pCKB12클론이 crp유전자를 coding하고 있음을 확인하였다. glpD-lacZ 융합 plasmid인 pLDC6 의 BamHI부위에 pCKB12의 3kb 단편을 삽입시킨 재조합 plasmid pLDC 6-Scrp를 작성하여, 클로닝된 Serratia 의 crp 유전자가 대장균에서 유전자 전사조절에 미치는 영향을 확인한 결과 cAMP-CRP 복합체 형성에 의한 전사조절 기능이 확인되어졌다. One of the better-characterized transcription factor of E. coli is the cAMP receptor protein(CRP) and the CRP binds cAMP and DNA. The cAMP-CRP complex is involved in regulation of many genes at bacteria. The cAMP-CRP regulatory element represents, in some respects, a global regulatory network. The aim of this work was to study the structure and the mechanisms controlling the expression of CRP in Serratia marcescens. We have been get 5 different clones from Serratia which stimulated the cells to use maltose as a sole carbon source in E. coli TP2139. The crp gene clone, pCKB12, was confirmed by Southern hybridization with E. coli crp gene. The location of the crp gene was determined by constructing subclones carrying various portions of pCKB12. To investigate the potential role of CRP in E. cloi, lacZ fused plasmids were constructed and investigated the β-galactosidase activity of the fused plasmid. The Serratia marcescens cAMP receptor protein can substitute the E. coli CRP in transcriptional activation at the lacZ gene. These results suggest that Serratia marcescens cAMP receptor protein complex functions to regulate several promoters in E. coli.

다량의 하부위장관출혈이 병발된 Vibrio vulnificus 패혈증 1예

최주연,유진홍,한석원,이대훈,최민호,박순민,김연식,김선우,신완식,강문원,강성구 대한화학요법학회 1996 대한화학요법학회지 Vol.14 No.2

최근 저자들은 Vibrio vulnificus 감염에 의해 패혈증 및 이차성 피부 병변을 보인 42세의 남자 환자의 치료중 하부 위장관 출혈이 병발된 1예를 경험하였기에 보고하는 바이다. We experienced a case of Vibrop vulnificus septicemia which showed an unusual manifestation such as hematochezia. The patient was a 42-year-old man with chronic liver disease. The blood and wound culture revealed the organism. During intensive care, he suffered from massive hematochezi for several days. Colonoscopy and abdominal CT showed findings suspicious of ischemic colitis. To our knowledge, this is the first unusual case of V.vulnificus infection which showed massive lower gastrointestinal bleeding.

조혈모세포이식 후 발생한 주폐포자층 폐렴에 대한 고찰

주지현,최정현,이동건,백지연,고윤호,이혜정,김세희,신호진,박윤희,박지영,김유진,신완식,김춘추 대한감염학회 2001 감염 Vol.33 No.4

Background : Pneumocytitis cainii pneumonia (PCP) can occur in immunocompromised hosts especially such as AIDS or cancer patients. Although recent research had focused on PCP in AIDS patients, few studies have described the clinical presentations of PCP in recipients of stem cell transplantation (SCT). We evaluated the clinical manifestations of PCP in SCT patients admitted at St. Mary's hospital, Seoul, Korea. Methods : The medical records of 17 PCP patients undergoing SCT between Feb. 1998 and Feb. 2000 were reviewed. The diagnosis of PCP was confirmed through the demonstration of Pneumocytitis cainii via either cytology of brochoalveolar lavage (BAL) or histological technique of lung biopsy. CMV disease and CMV infection were confirmed by BAL culture and antigenemia respectively . Results : Seventeen patients were all recipients of allogeneic SCT and 7 of 17 patients were performed non-sibling SCT. Patients presented with symptoms including brief period (4 ∼23 days) of fever (76%), dyspnea (70%), cough (64%), and signs such as rare(58.8%), Sixteen patients (94%) had been receiving immunosuppressive agent such as cyclosporine A (64%) or Fk506 (35%) without PCP prophylaxis. Eleven patients (64%) were treated with corticosteroid with mean dose of 16 mg/day prednisolone and mean duration of 4.6 months after post-SCT period. Twelve patients were co-infected with CMV. Another co-infected miCroorganisms were Pseudomonas aeruginosa, Mycobacterium tuberculosis, herpes simplex virus, parainfluenza virus, Average duration of treatment with trimethoprim-sulfamethoxazole (TMP/SMX) was 21 ±9 days. Four patients died, and three of them were related with PCP. Conclusion : PCP developed frequently in patients who were taking immunosuppressive drug due to graft versus host disease or were not taking TMP/SMX prophylaxis. High risk patients showing fever, cough, or dyspnea should be considered to take early bronchoscopic intervention for detection of PCP. When treat for PCP, it also be considered to the possibility of coinfection such as CMV. (Korean J Infect Dis 33:273∼279, 2001)

대장균 sfs 유전자의 전사조절

이희영,유주순,정수열,이승진,최용락 東亞大學校附設遺傳工學硏究所 1996 遺傳工學硏究 Vol.- No.3

sfs(sugar fermentation stimulation) 유전자는 crp*¹이 도입된 MK2001 균주에서 mal 유전자의 발현을 촉진시키는 특성으로서 클로닝 되어졌다. sfs4 유전자의 발현은 두 개의 promoter에 의하여 조절되어진다. 본 연구는 이들 두 promoter (P₁과 P₂)의 cAMP-CRP에 의한 발현조절을 보고자 조절영역과 CRP 결합영역에 변이가 도입된 DNA가 in vitro transcription 방법에 의해 확인되어졌다. 두 개의 promoter가 공존시에는 cAMP에 의한 P₂의 전사는 촉진되어졌으며, P₁의 전사는 억제되어졌다. P₂만이 존재할 때에도 전사는 cAMP에 의하여 촉진되어졌다. CRP 결합부위에서의 변이는 cAMP에 의한 전사촉진이 크게 감소하였다. sfs7 (nlp) 유전자의 전사산물을 확인하였으며, 이는 cAMP에 의한 발현조절을 받지 않았다. sfs(sugar fermentation stimulation) genes are involved in regulation of mal gene expression with the altered crp*¹ gene. Expression of the sfs4 gene appeared to be regulated by a two promoters. In this research, the cAMP-CRP dependent regulation of P₁ and P₂ promoter of sfs4 was examined by in vitro transcription using the regulatory region and mutated DNA of the CRP binding region. The transcription of sfs4 from P₂ is stimulated, but P₁ was totally repressed by in vitro transcription. In mutant in the CRP binding region, the effect of activation by cAMP was severely reduced. The transcript of sfs7(nlp) was identified and regulation by cAMP was not observed at the mRNA level.

Cellulose 생합성균주 Acetobacter sp. CBⅡ의 분리 및 특성

이승진,유주순,최용락 동아대학교 환경문제연구소 2000 硏究報告 Vol.23 No.1

The strain of cellulose-producing CBⅡ was isolated from the traditionally fermented persimmon vinegar, and identified as Acetobacter sp. CBⅡ with respect to physiological and biochemical characteristics. The isolated strain was cultivated statically in broth culture, a thick cellulose pellicle was formed. It was found that the strain was fluorecenced with UV light when the strain was cultivated agar medium contained Tinopal. The strain produced acetic acid from ethanol, and then decomposed acetate to CO₂ and H₂O. Capacity of cellulose biosynthesis from isolated strain was compared with Acetobacter xylinum ATCC 53582. The cellulose produced by the isolated strain was purified and cegraded by HCl. The released sugar was separated on thin layer chromatograpy(TLC) consistent with the degradation product of native cellulose.

Cellulose 생합성 세균의 분리 및 특성

이승진,유주순,정수열,최용락 東亞大學校附設遺傳工學硏究所 1998 遺傳工學硏究 Vol.- No.5

발효시켜서 만드는 감식초에서 시료를 채취하여 배양하고, pellicle을 형성하는 single colony를 cellulose생합성균으로 분리하였다. 분리된 균주는 형태적 특성, 알콜의 재산화 등의 생리, 생화학적 특성 등에 의하여 Acetobacter속으로 분류되었으며, Acetobacter CBI-2라고 명명하였다. Acetobacter CBI-2는 정지배양 시에 기존의 생합성 균주로 알려진 Acetobacter xylinum과 대등한 cellulose생합성 능력을 나타내었다. Acetobacter CBI-2이 생성한 고분자물질의 분해산물을 TLC법으로 확인한 결과 기존 cellulose의 것과 일치하였다. Acetobacter CBI-2에서 genomic DNA를 분리 정제하여 cel A 영역을 probe로 하여 hybridization시킨 결과, 상동성을 나타내어 분리 균주에는 cellulose 생합성 관련 유전자가 존재함을 나타내었다.(1997년 1월 7일 접수, 1997년 2월 24일 수리). A screening was performed to isolate the cellulose-producing microorganisms from vinegar in Korea. The isolated strain was identified as Acetobacter sp. with respect to physiological and biochemical characteristics and designated as Acetobacter CBI-2. Cellulose production of Acetobacter CBI-2 was equal with the well known cellulose-producing bacteria, A.xylinum. The result of separation on thin layer chromatography (TLC) was consistent with the degradation product of native cellulose. The presence of genes required for the cellulose biosynthesis in Acetobacter CBI-2 was confirmed by Southern hybrization.

암모니아 및 아질산성 질소 산화세균의 분리 및 특성

이용석,유주순,정수열,박춘수,최용락 한국농화학회 2003 Applied Biological Chemistry (Appl Biol Chem) Vol.46 No.1

본 연구는 폐수 중의 질소 제거를 위한 생물학적 처리용 미생물 개발을 위한 목적으로 질소의 산화 능력이 뛰어난 균주를 분리하였다. 분리된 세균 중에서 질소 산화능과 생육 속도가 뛰어난 CH-N 균주를 선별하였으며, 생리, 생화학적인 특성 조사에 의해 Bacillus sp로 추정되어 Bacillus sp. CH-N이라 명명하였다. 분리 균주는 0.5% glucose가 포함된 초기 pH가 7.0인 암모니아 및 아질산성 질소 함유 배지에서 30시간 배양 후 가가 85%와 90%의 암모니아성과 아질산성 질소가 단시간에 질소의 감소율을 나타내었다. 폐수 및 생활하수에 분리 균주를 이용한 결과, 수질 속의 암모니아성 질소가 단시간에 크게 감소시키는 효과를 확인하였다. 균주를 고정시킨 담체의 질소산화 효과를 시험하고자 Bacillus sp. CH-N을 고정시킨 세라믹 담체를 이용한 결과, 배양 2일 후에는 암모니아성 질소가 전부 제거되었다. In order to improve the system for biological nitrogen oxidizing process in sewage and wastewater, a bacterium having high abilities to oxidize of nitrogen was isolated from wastewater and polluted soils. The strain was identified to Bacillus sp. CH-N, based on the physiological and biochemical properties. Characteristics and oxidizing ability of both ammonia and nitrite were examined for the strain, Bacillus sp. CH-N. The strain showed the oxidizing rate about 80% to 90% on the sewage and wastewater after 48 h culture. The nitrogen oxidizing rate was increased in proportion to the initial concentration of glucose. The microorganism, Bacillus sp. CH-N cell immobilized on ceramic carrier were evaluated for the oxidation of ammonia in culture media.

Flavobacterium meningosepticum에 의한 균혈증 1예

장성원,유진홍,진승원,김선우,김연식,박순민,이대훈,최민호,최주연,신완식,강문원,강지민 대한화학요법학회 1997 대한화학요법학회지 Vol.15 No.1

1996년 6월 카톨릭대학교 부천성가병원에 뇌경색으로 입원했던 61세 남자 환자의 혈액에서 Flavobacterium meningosepticum을 분리하였다. 환자는 폐렴을 동반한 패혈증의 예로 ceftriaxone과 metronidazole을 투여하였으나 입원 48시간만에 사망하였다. Flabovacterium meningosepticum is a rae cause of nosocomial infection which shows multi-drug resistance. It mainly invades patients with impaired immunity. Recently, we experienced a case of F. meningosepticum bacteremia in a patient with chronic debilitated state owing to stroke. The clinical progress was so rapid that he died within 48 hours. Blood culture revealed F. meningosepticum which showed characteristic yellow colony in blood agar plate.

sfs1 유전자의 cAMP-cAMP receptor protein에 의한 발현 조절

이희영,이승진,유주순,최용락,정수열 東亞大學校附設遺傳工學硏究所 1997 遺傳工學硏究 Vol.- No.4

crp* 유전자가 도입된 대장균 MK2001(crp, cya::km)을 숙주로 사용하여 mal 유전자 발현을 촉진시키는 유전자의 하나인 sfs1(sugar fermentation stimulation)의 구조해석 결과에 의하면, 잠정적인 sfs1의 promoter영역에는 CRP단백질과의 결합영역으로 보이는 염기배열이 존재하였다. 본 실험에서는 sfs1 유전자의 cAMP-CRP에 의한 발현 조절을 확인하고자, lacZ와의 융합 유전자를 작성하였다. 작성된 융합 유전자는 cya결손주인 TP2010에서 cAMP의 첨가에 의해 B-galactosidase 활성이 크게 증가하였으며, Western blotting의 실험에서도 같은 결과를 나타냈다. in vivo에서 발현이 확인된 전사산물은 cAMP에 의해 전사 촉진이 일어났으며, CRP의 결합부위로 예상되는 DNA영역은 cAMP가 존재하면 CRP단백질과 결합하는 특성을 나타내었다. 이상의 결과로 보아, sfs1 유전자의 발현은 cAMP-CRP에 의한 전사촉진 현상을 받는 것으로 나타났다. We have cloned several E. coli sfs genes which stimulate mal gene expression with ??. One the sfs genes(pPVC2) was sequenced and potential CRP binding site is located in the upstream of the putative promoter in the regulatry region. In order to investigate the regulation of the sfs1 gene by the cAMP-CRP complex, we have constructed the sfs-lacZ fusion gene in this research. The overall transcriptional stimulations of sfs1 gene in the presence cAMP were confirmed by B-galactosidase activity and Western blot analysis of sfs1-lacZ fusion gene. Transcriptional regulation by cAMP-CRP was also confirmed by Northern blot analysis. End-labelled DNA of the DNA fragement in sfs1 regulatory region were used for gel retardation assay to examine the CRP-DNA complex in the presence of cAMP. Results here indicate that CRP binding site in the regulatory region of sfs1 gene is positive regulator for the expression of sfs1 gene.