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- 저자 : 현보라(Bora Hyun) (검색결과 5 건)
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Drug Target Protein Prediction using SVM
정휘성(Hwiesung Jung),현보라(Bora Hyun),정석훈(Suk Hoon Jung),장우혁(Woo-Hyuk Jang),한동수(Dong-Soo Han) 한국정보과학회 2007 한국정보과학회 학술발표논문집 Vol.34 No.2B
Drug discovery is a long process with a low rate of successful new therapeutic discovery regardless of the advances in information technologies. Identification of candidate proteins is an essential step for the drug discovery and it usually requires considerable time and efforts in the drug discovery. The drug discovery is not a logical, but a fortuitous process. Nevertheless, considerable amount of information on drugs are accumulated in UniProt, NCBI, or DrugBank. As a result, it has become possible to try to devise new computational methods classifying drug target candidates extracting the common features of known drug target proteins. In this paper, we devise a method for drug target protein classification by using weighted feature summation and Support Vector Machine. According to our evaluation, the method is revealed to show moderate accuracy 85~90%. This indicates that if the devised method is used appropriately, it can contribute in reducing the time and cost of the drug discovery process, particularly in identifying new drug target proteins.
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한동수(Dongsoo Han),현보라(Bora Hyun) 한국정보과학회 2008 한국정보과학회 학술발표논문집 Vol.35 No.2
정보통신 기술의 발전과 다양한 바이오 센서들의 발달로 의료 정보 시스템은 급격한 발전을 하고 있으며 원격 진료 시스템도 여러 분야로 확산되어 발전하고 있다. 종래의 원격진료 시스템은 사용자의 편의를 도모하여 원격지에 있는 환자들을 치료하고 서비스를 제공하는데 초점을 맞추어왔다. 본 논문은 원격진료의 중요한 축인 의사의 편의성을 도모하는데 초점을 맞추어 원격 진료를 제공하는 시스템을 제안한다. “의사 중심 원격 시스템”은 의사가 원격지에서 노트북이나 모바일 폰을 이용하여 환자를 진료할 수 있도록 지원하는 시스템으로 종래의 환자 중심 원격 시스템과 상호 공존하여 발전할 수 있는 기술이다.
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상호작용 중요도 행렬을 이용한 단백질-단백질 상호작용 예측
장우혁(Woo-Hyuk Jang),정석훈(Suk-Hoon Jung),정휘성(Hwie-Sung Jung),현보라(Bora Hyun),한동수(Dong-Soo Han) 한국정보과학회 2009 정보과학회논문지 : 소프트웨어 및 응용 Vol.36 No.10
최근 계산을 통한 단백질 상호작용 예측 기법 중, 단백질 쌍이 포함하고 있는 도메인들 사이의 관계에 중점을 둔 도메인 정보 기반 예측 기법들이 다양하게 제안되고 있다. 하지만, 다수의 도메인 쌍들이 상호작용에 기여하는 정도를 정밀하게 반영하는 계산 기법은 드문 실정이다. 본 논문에서는 단백질 상호작용에 있어 도메인 조합 쌍의 상호작용 영향력을 수치화하여 반영한 상호작용 중요도 행렬을 고안하고 이를 기반으로 한 단백질 상호작용 예측 시스템을 구현한다. 일반적인 도메인 조합 기법과 달리, 상호작용 중요도 행렬에서는 상호작용을 위한 도메인간의 협업 확률이 고려된 Weighted 도메인 조합과, 다수의 Weighted 도메인 조합 중 실제 상호작용 주체가 될 확률을 도메인 조합 쌍의 힘(Domain Combination Pair Power, DCPPW)으로 수치화한다. DIP과 IntAct에서 얻어온 S. cerevisiae의 단백질 상호작용 데이터와 Pfam-A 도메인 정보를 사용한 정확도 검증 결과, 평균 63%의 민감도와 94%의 특이도를 확인하였으며, 학습집단의 증가에 따른 안정적인 예측 정확도 향상을 보였다. 본 논문에서 구현한 예측 시스템과 학습 데이터는 웹(http://code.google.com/p/prespi)을 통하여 내려 받을 수 있다. Recently, among the computational methods of protein-protein interaction prediction, vast amounts of domain based methods originated from domain-domain relation consideration have been developed. However, it is true that multi domains collaboration is avowedly ignored because of computational complexity. In this paper, we implemented a protein interaction prediction system based the Interaction Significance matrix, which quantified an influence of domain combination pair on a protein interaction. Unlike conventional domain combination methods, IS matrix contains weighted domain combinations and domain combination pair power, which mean possibilities of domain collaboration and being the main body on a protein interaction. About 63% of sensitivity and 94% of specificity were measured when we use interaction data from DIP, IntAct and Pfam-A as a domain database. In addition, prediction accuracy gradually increased by growth of learning set size, The prediction software and learning data are currently available on the web site.
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박세영 ( Se Young Park ),조현희 ( Hyun Hee Cho ),염꽃보라 ( Bora Yeom ),최미라 ( Mi Ra Choi ),조성진 ( Seong Jin Jo ),조광현 ( Kwang Hyun Cho ) 대한피부과학회 2010 大韓皮膚科學會誌 Vol.48 No.11
Lupus pernio is the most characteristic cutaneous lesion of sarciodosis and this presents as an indurated red to blue-purple, swollen, shiny lesion that is often localized on the nose, cheeks, lips or ears of middle-aged female adults. It is a chronic malady that rarely shows spontaneous remission, and it sometimes causes deformity. It generally occurs as cutaneous lesions of sarcoidosis patients with a long duration of disease, and not as early cutaneous lesions of sarcoidosis. This case concerns a 43-year-old woman who presented with a 1 year history of firm erythematous and violaceous plaque with multiple erythematous and violaceous papules on the collumella and right nasal cavity. Skin biopsy showed noncaseasting granuloma. Herein, we report on a typical case of lupus pernio as the early cutaneous presentation of sarcoidosis, which has rarely been reported in the Korean literature. We suggest that early diagnosis and treatment is necessary to prevent deformity. (Korean J Dermatol 2010;48(11):1038∼1040)
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최재우 ( Jae Woo Choi ),권순효 ( Soon Hyo Kwon ),염꽃보라 ( Kkot Bora Yeom ),허선영 ( Sun Young Huh ),조광현 ( Kwang Hyun Cho ),송계용 ( Kye Yong Song ),윤상웅 ( Sang Woong Youn ),박경찬 ( Kyoung Chan Park ),나정임 ( Jung Im Na 대한피부과학회 2011 대한피부과학회지 Vol.49 No.10
Mycosis fungoides (MF) is the most frequent cutaneous T cell lymphoma (CTCL). Since the major tumor cell of MF is the helper T cell, positive markers are usually CD3, CD4 and CD45RO. Some MFs show CD30 positivity and the major differential diagnosis for MF with CD30 positivity includes transformed MF and MF concurrent with primary cutaneous anaplastic large cell lymphoma and lymphomatoid papulosis. As each disease shows a different prognosis, an exact diagnosis is crucial for proper treatment. We now report a case of 44-year-old male patient with mycosis fungoides which developed several papules on preexisting MF patches. On biopsy of the newly formed papules, CD 30 positive cells were observed and the histologic features were consistent with lymphomatoid papulosis. Both the lesions of lymphomatoid papulosis and MF responded well to narrow band ultraviolet B phototherapy. (Korean J Dermatol 2011;49(10):931∼935)
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