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Drug Target Protein Prediction using SVM
정휘성(Hwiesung Jung),현보라(Bora Hyun),정석훈(Suk Hoon Jung),장우혁(Woo-Hyuk Jang),한동수(Dong-Soo Han) 한국정보과학회 2007 한국정보과학회 학술발표논문집 Vol.34 No.2B
Drug discovery is a long process with a low rate of successful new therapeutic discovery regardless of the advances in information technologies. Identification of candidate proteins is an essential step for the drug discovery and it usually requires considerable time and efforts in the drug discovery. The drug discovery is not a logical, but a fortuitous process. Nevertheless, considerable amount of information on drugs are accumulated in UniProt, NCBI, or DrugBank. As a result, it has become possible to try to devise new computational methods classifying drug target candidates extracting the common features of known drug target proteins. In this paper, we devise a method for drug target protein classification by using weighted feature summation and Support Vector Machine. According to our evaluation, the method is revealed to show moderate accuracy 85~90%. This indicates that if the devised method is used appropriately, it can contribute in reducing the time and cost of the drug discovery process, particularly in identifying new drug target proteins.
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대사경로 안에서의 약물 표적 단백질의 기능과 관계 흐름
정휘성(Hwiesung Jung),한동수(Dongsoo Han) 한국정보과학회 2008 한국정보과학회 학술발표논문집 Vol.35 No.2
새로운 제약 개발은 제약 부분에서 가장 중요한 프로젝트이다. 제약 개발 과정 중 가장 첫 과정은 약물 표적 단백질을 선정 하는 것이다. 이는 가장 첫 단계인 만큼 실패시의 위험도 크고 그 만큼 중요하다. 따라서 이 과정의 시간과 돈을 절약할 수 있다면 제약 회사에게 큰 이익을 줄 수 있다. 그래서 표적 약물 단백질을 선정하기 전 기존의 약물 표적 단백질들의 기능적 흐름을 분석해 보았다. 약물이 신체에 들어오게 되면 신체의 대사 경로 중 어떠한 곳이든 영향을 준다. 그러기에 대사 경로 안에서의 약물 표적 단백질과 그 주변 단백질의 기능과 관계의 특징을 풀어 내게 되면, 약물에 의한 부작용(side effect)를 최소하는 약물 표적 단백질 선정에 도움을 줄 수 있을 것이다. 따라서 본 논문은 대사경로 안의 약물표적 단백질과 주변 단백질의 관계의 기능적 흐름을 분석 하였고, 이들 간의 관계에는 특징이 있음을 밝혔다.
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