Comparative Analysis on the Two Translational Initiation Sites of Escherichia coli Thioredoxin Gene : Enhanced Expression from the Minor Translational Initiation Site

임창진,김영덕,임은주,홍순주,백융기,Lim, Chang-Jin,Kim, Young-Deug,Lim, Eun-Joo,Hong, Sun-Joo,Paik, Young-Ki 생화학분자생물학회 1992 한국생화학회지 Vol.25 No.3

대장균 치오레독신 유전자의 mRNA는 두 개의 강력한 번역시작 부위를 가지고 있는데 그 중 첫번째 것은 잘 알려진 치오레독신보다 19개의 아미노산이 더 긴 단백질을 생성한다. 이전 연구에서 두번째 시작암호를 제거하여 첫번째 시작암호에 의한 번역을 확실하게 증명하였으나 그 발현 정도는 매우 낮았다. 이번 실험에서 우리는 첫번째 시작암호와 그것의 가상적인 Shine-Dalgarno(SD)의 위치 사이에 두 개의 염기를 첨가하여 SD와의 거리를 4개 염기로 만들었다. 첨가된 유전자의 조절부위를 $\beta$-유당분해효소 구조유전자와 결합시킨 뒤 $\beta$-유당분해효소의 활성측정으로서 연장된 경우의 효과를 알아 보았는데 첫번째 시작암호에 의한 번역시작이 현저하게 증가하는 것을 관찰하였다. 또한 연장된 치오레독신의 생성 증가의 효과를 여러 측면에서 조사하여 보았다. An E. coli trxA mRNA contains two potential translational initiations in the nucleotide sequence, the first one of which could initiate synthesis of a protein 19 amino acids longer than the known trxA gene product. Previously, we showed with the removal of the second ATG codon that the translation from the first ATG codon was apparently occurred, but on a very low level. In the present study, we made the insertion of two nucleotides between the first ATG codon and its presumed Shine-Dalgarno (SD) sequence, which resulted in 4 nucleotides on the distance to the SD sequence. When the effect of the extension was measured thru $\beta$-galactosidase activity after translational fusion into $\beta$-galactosidase gene, it significantly enhanced the translation for the first ATG codon. Additionally, the increased production of the extended thioredoxin was in vivo characterized in the various aspects.

Construction of an E. coli Initiation-mutant Thioredoxin Gene by Site-directed Mutagenesis: An Alternative Translational Initiation for E. coli trxA Gene

임창진,임은주,김영덕,이동권,홍순주,Lim, Chang-Jin,Lim, Eun-Joo,Kim, Young-Deug,Rhee, Dong-Kwon,Hong, Sun-Joo 생화학분자생물학회 1991 한국생화학회지 Vol.24 No.5

대장균 치오레독신 유전자에 대한 mRNA는 두 개의 잠재적인 번역시작 부위를 갖고 있는데, 그 중 하나는 잘 알려진 대장균 치오레독신보다 19개 아미노산이 더 많은 단백질을 합성할 수 있다. 하지만, 이 연장된 치오레독신의 존재가 아직까지는 밝혀진 바 없다. 두 시작 부위로부터의 translation을 분리 확인할 목적으로 두번째 ATG codon을 site-directed mutagenesis에 의하여 CTG로 바꾸었다. 제조된 번역시작 돌연변이체는 단지 연장된 치오레독신만을 생성하여, 대장균 치오레독신 유전자 mRNA의 또다른 번역시작을 입증하였다. 그 결과 존재가 증명된 연장된 치오레독신의 세포내 특성을 여러 측면에서 조사하였다. 이미 알려져 있는 치오레독신과 마찬가지로, 연장된 치오레독신은 T7 DNA polymerase의 한 subunit로 작용하였다. 그러나, methionine sulfoxide reductase의 cofactor로는 사용되지 않았다. The mRNA produced from the E. coli thioredoxin gene (trxA) contains two potential translational initiation sites, one of which could initiate the synthesis of a protein 19 amino acids longer than the E. coli well-known thioredoxin of 108 amino acid residues. However, the expression of extended thioredoxin was not yet confirmed. To dissect translations from two initiation codons, the second ATG codon was converted to CTG by site-directed mutagenesis. The initiation-mutant thioredoxin gene lacking the second ATG codon could produce only the extended thioredoxin, which prove another translational initiation from the first ATG codon of an E. coli trxA mRNA. In vivo characteristics of the extended thioredoxin were examined in the several aspects. Just like the well-known thioredoxin, the extended thioredoxin is able to serve as a subunit of T7 DNA polymerase. In contrast, it doesn't act as a cofactor for methionine sulfoxide reductase.

The Gene Encoding γ-Glutamyl Transpeptidase II in the Fission Yeast IsRegulated by Oxidative and Metabolic Stress

임창진,안기섭,김병철,박은희,Hyun-Jung Kang 한국생화학분자생물학회 2005 BMB Reports Vol.38 No.5

수삼, 백삼 및 홍삼의 효과에 대한 비교 연구 흰쥐의 혈청내 몇가지 성분 함량 및 과산화지질생성에 미치는 영향

임창진,박은희,이동권,홍순근 대한약학회 1981 약학회지 Vol.25 No.2

Seventy percent ethanol extracts were prepared from 6-year-old fresh, white and red ginseng cultivated in Kangwha, and administered orally into rats for the comparison of their effects. And their effects on the production of lipid peroxide in the livers of ethanol-administered rats were measured. Red ginseng administered group showed the largest body weight increase. However, fresh, white, red ginseng extract administered group showed no significant change in concentration of total lipid, triglyceride and free cholesterol in serum. White and red ginseng extract administeration decreased blood-sugar levels significantly. Lipid peroxide content in livers of white and red ginseng administered groups was decreased significantly. Red ginseng administered group showed greater decrcase in lipid peroxide content than that of white ginseng administred group. The increase of lipid peroxide content in the livers of ethanol-administered group was inhibited by administration of fresh, white, and red ginseng extract. And the strongest-inhibitory action was observed in red ginseng administered group. Therefore, it is supposed that red ginseng has the most powerful antiaging effect.

흰쥐의 혈청 콜레스테롤 및 중성지방 수준에 미치는 인삼 총 사포닌의 영향

임창진,박은희,이동원,이송재,홍순근 ( Chang Jin Lim,Eun Hee Park,Dong Kwon Rhee,Song Jae Lee,Soon Keun Hong ) 생화학분자생물학회 1981 BMB Reports Vol.14 No.3

Effects of administration route and dose of ginseng total saponin on the levels of serum cholesterol and triglyceride in normal and cholesterol-administered rats were studied. The results are as follows 1. In normal rats, serum cholesterol was decreased in proportion to the administered dose of purified total saponin. 2. In high-cholesterol administered rats, administration of total saponin 15 ㎎/㎏ (p. o.) increased serum cholesterol, but total saponin 150 ㎎/㎏ decreased it. And it was also observed that administration of prosapogenin 50 ㎎/㎏ had about the same effect as oral administration of total saponin 15 ㎎/㎏. 3. Serum triglyceride was slightly decreased by administration of total saponin, but there was no correlationship between administered total saponin dose and serum triglyceride level.

딥러닝을 이용한 반도체 웨이퍼 결함 검출 자동화

임창진,김은지,김호연,박준혁,유상우,정병훈 한국품질경영학회 2023 한국품질경영학회 학술대회 Vol.2023 No.0

반도체 제조 과정 중 EDS 공정은 웨이퍼의 전기적 특성을 통해 칩의 품질을 확인하는 중요한 후공정이다. 이때, 웨이퍼 맵은 전기적 테스트 결과를 시각적으로 보여주는 이미지로 불량 웨이퍼 판별에 사용된다. 일반적으로 딥러닝 분야는 데이터 확보가 핵심이지만, 반도체 데이터들은 대부분 취득이 어려우며 특히 불량 데이터는 확보가 더욱 어렵다. 이러한 실정은 딥러닝 모델 학습이 어렵다는 문제점을 야기한다. 따라서, 데이터 부족 및 불균형 문제를 해결할 수 있는 효율적인 학습 알고리즘 개발이 요구된다. 본 연구에서는 오토인코더를 통한 전처리, 데이터 증강 그리고 준지도학습 방법 FixMatch를 제안한다. 우선 입력 데이터의 압축 및 재생산을 통해 데이터 노이즈를 제거하는 오토인코더와 다양한 데이터 증강기법을 통해 데이터 불균형 문제를 해결하였다. 위 과정을 통해 만들어진 데이터 세트와 합성곱 신경망 (CNN) 을 통해 반도체 웨이퍼 결함 검출 자동화를 구현하였다. 추가적으로 Pseudo-labeling과 Consistency regularization을 이용한 준지도학습 방법 FixMatch를 이용해서 데이터 부족 문제를 해결하고자 한다. 연구에서 사용하는 WM-811K 데이터는 반도체 공정 라인에서 수집한 811,457개의 실제 웨이퍼 맵 데이터이다. WM-811K는 총 9가지의 다른 결함 패턴을 포함하며, 패턴마다 심각한 불균형 문제를 가지고 있다. 실제 공정에서는 특정 결함의 빈도가 다를 수 있을뿐더러 어떠한 경우에서든 발생한 결함은 수율 하락에 영향을 미치기에 빈도와 관계없는 균등한 분류가 중요하다. 따라서, 본 연구를 통해 개발된 딥러닝을 이용한 반도체 웨이퍼 결함 자동화 모델을 공정 과정 중에 활용한다면 반도체 수율 향상에 큰 역할을 할 것으로 기대된다.

대장균 RglB 단백질의 정제 및 성질

임창진,임혜원,김경훈 ( Chang Jin Lim,Hye Won Lim,Kyung Hoon Kim ) 생화학분자생물학회 1992 BMB Reports Vol.25 No.4

The E. coli RglB protein is known to restrict methylated DNA, and 5-hydroxymethyl-cytosine-containing DNA (HMC DNA) such as non-glucosylated T-even phage DNA. The RglB protein was overexpressed in E. coli from the cloned rglB gene by T7 promoter/polymerase system. The RglB protein was purified through ammonium sulfate fractionation, DEAE-cellulose chromatography, hydroxyapatite chromatography, and Q-Sepharose chromatography. Its purity was examined on SDS-polyacrylamide gel electrophoresis. An in vitro complementation assay was used to explain the enzymatic characteristics of the purified RglB protein using E. coli HMS22 (rglA^- rglB^-) cell extract and ³H-labelled hemi-HMC M13 RF DNA.

흰쥐의 혈청 콜레스테롤 및 중성지방 수준에 미치는 인삼 총 사포닌의 영향

임창진,박은희,이동권,이송재,홍순근,Lim, Chang-Jin,Park, Eun-Hee,Rhee, Dong-Kwon,Lee, Song-Jae,Hong, Soon-Keun 생화학분자생물학회 1981 한국생화학회지 Vol.14 No.3

콜레스테롤을 과량 투여한 흰쥐에 정제된 인삼 총 사포닌을 용량별 및 경로 별로 투여하여 혈청 총 콜레스테롤 및 중성지방 수준에 마치는 영향을 검토하였다. 정상적인 흰쥐에서는 정제 총 사포닌의 투여 용량에 비례하여 혈청내 콜레스테롤이 감소되는 경향이 있었으며, 콜레스테롤을 과량 투여한 흰쥐에서는 총 사포닌 15 mg/kg을 경구 투여 함으로써 혈청내의 콜레스레롤양이 증가되었는데, 총사포닌 150 mg/kg을 경구투여 시에는 반대로 감소되었다. 콜레스테롤을 과량 투여한 흰쥐에 총 사포닌 15 mg 및 50 mg/kg을 복강내로 투여했을 때의 혈청내 콜레스테롤 함량은 같은 용량을 경구 투여했을 때의 콜레스테롤 함량과 비슷하였다. 콜레스테롤과 사포닌의 부분 가수분해 산물인 프로사포계닌 50 mg/kg을 경구 투여 했을 때의 혈청 콜레스테롤 수준은 콜레스테롤과 총 사포닌을 각각 500 mg/kg, 15 mg/kg을 동시에 경구 투여 및 복강내 주사 할 때와 유사하였다. 콜레스테롤과 총 사포닌을 동시에 투여한 흰쥐의 혈청내 중성지방수준은 콜레스테롤 단독 투여군에 비하여 다소 감소하였으나, 용량에 따른 차이는 인정되지 않았다. Effects of administration route and dose of ginseng total saponin on the levels of serum cholesterol and triglyceride in normal and cholesterol-administered rats were studied. The results are as follows: 1. In normal rats, serum cholesterol was decreased in proportion to the administered dose of purified total saponin. 2. In high-cholesterol administered rats, administration of total saponin 15 mg/kg (p.o.) increased serum cholesterol, but total saponin 150 mg/kg decreased it. And it was also observed that administration of prosapogenin 50 mg/kg had about the same effect as oral administration of total saponin 15 mg/kg. 3. Serum triglyceride was slightly decreased by administration of total saponin, but there was no correlationship between administered total saponin dose and serum triglyceride level.

인삼 총사포닌 , 디올계 및 트리올계 사포닌의 효과 - 1. 흰쥐 혈청 지질 및 당함량에 미치는 영향 ( Comparative Studies on the Effects of Total , Protopanaxadiol and Protopanaxatriol saponins of Ginseng - 1. Their Effect on Lipid and Glucose Content in Rat Serum )

임창진,박은희,홍순근,이동권 고려인삼학회 1981 Journal of Ginseng Research Vol.5 No.1

대장균 치오레독신 유전자의 두 번역 시작 부위에 관한 비교분석 : 부수적 번역 시작 부위에서의 발현 증강

임창진,김영덕,임은주,홍순주,백융기 ( Chang Jin Lim,Young Deug Kim,Eun Joo Lim,Sun Joo Hong,Young Ki Paik ) 생화학분자생물학회 1992 BMB Reports Vol.25 No.3

An E. coli trxA mRNA contains two potential translational initiations in the nucleotide sequence, the first one of which could initiate synthesis of a protein 19 amino acids longer than the known trxA gene product. Previously, we showed with the removal of the second ATG codon that the translation from the first ATG codon was apparently occurred, but on a very low level. In the present study, we made the insertion of two nucleotides between the first ATG codon and its presumed Shine-Dalgarno (SD) sequence, which resulted in 4 nucleotides on the distance to the SD sequence. When the effect of the extension was measured thru β-galactosidase activity after translational fusion into β-galactosidase gene, it significantly enhanced the translation for the first ATG codon. Additionally, the increased production of the extended thioredoxin was in vivo characterized in the various aspects.