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- 저자 : 강창원 ( Sang Chul Nam (검색결과 5 건)
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파아지 SP6 RNA 중합효소의 전사 개시위치 선정에 대한 돌연변이적 분석
남상철,강창원,Nam, Sang-Chul,Kang, Chang-Won 생화학분자생물학회 1988 한국생화학회지 Vol.21 No.3
파아지 SP6 전사촉진제의 전사 개시 위치 부근에 다양한 염기열을 가지고 있는 돌연변이들의 전사 개시 위치를 결정하였다. 특정 누클레오티드가 제한된 생체외의 전사반응 조건에서 파아지 SP6 RNA 중합효소의 염기 특이적인 멈춤에 의하여 전사가 중단된 RNA들의 정확한 크기를 재어 각 돌연변이의 전사 개시 위치를 결정하였다. -4부터 -1 위치의 TATA 염기열을 포함하는 전사촉진제 윗 부분의 염기서열은 바뀌지 않고 +1 G가 C 또는 A로 바뀌었을때, 전사 개시는 아랫 부분의 염기 서열에 관계없이 여전히 +1 위치에서만 이루어졌다. 그러므로, 파아지 SP6 RNA 중합효소는 직접 결합하는 전사촉진제 윗 부분으로부터 정확히 일정한 거리에 있는 위치에서 첫 누클레오티드의 종류에 관계없이 전사를 개시한다고 여겨진다. 그러나, -4로부터 +1 사이의 염기서열이 TATCC인 돌연변이의 경우는 -1 C와 +1 C의 두 위치에서 전사개시가 이루어졌다. 이 천사개시 위치의 이동은 염기서열에 따른 DNA구조변화 (D 형이 B 형으로 변화) 때문이라 보인다. The transcription initiation sites of the mutants containing various sequences around the initiation site of phage SP6 promoter were determined. Precise sizing of the abortive elongation product RNAs from the nucleotide-specific pausings of the phage SP6 RNA polymerase under nucleotide-limiting conditions determined the initiation site of each mutant. When the wild-type +1 G is changed to C or A without change in the upstream sequence including TAT A from -4 to -1, it still starts only at the +1 site. Therefore, it seems that the phage SP6 RNA polymerase selects the initiation site precisely at a certain distance from a direct contact point in the upstream promoter sequence, regardless of the species of initiating nucleotide. But, the mutant containing TATCC from -4 to +1 starts transcription at both positions -1 C and +1 C. This shift of the initiation site seems to be caused by the sequence-dependent perturbations of DNA helical structure, D form to B form.
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남상철,강창원 ( Sang Chul Nam,Chang Won Kang ) 생화학분자생물학회 1988 BMB Reports Vol.21 No.3
In the in vitro transcription reactions limiting concentrations of a ribonucleotide cause the phage SP6 RNA polymerase to pause long enough specifically only at the positions of the limited nucleotide and dissociate from the elongation complex. As a result a series of RNA oligomers comprising a sequencing ladder was obtained in high-resolution polyacrylamide-urea gel electrophoresis. Also, RNA oligomers up to 6-mer were made not only nucleotide-specifically, but also non-specifically. According to these results, the phage SP6 RNA polymerase appears to escape from the abortive initiation cycling after synthesizing 6 base long RNA, then get into the stable elongation mode as 7 base long RNA is made.
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파아지 SP6 RNA 중합효소의 전사 개시위치 선정에 대한 돌연변이적 분석
남상철,강창원 ( Sang Chul Nam,Chan Gwon Kang ) 생화학분자생물학회 1988 BMB Reports Vol.21 No.3
The transcription initiation sites of the mutants containing various sequences around the initiation site of phage SP6 promoter were determined. Precise sizing of the abortive elongation product RNAs from the nucleotide-specific pausings of the phage SP6 RNA polymerase under nucleotide-limiting conditions determined the initiation site of each mutant. When the wild-type +1 G is changed to C or A without change in the upstream sequence including TATA from -4 to -1, it still starts only at the + 1 site. Therefore, it seems that the phage SP6 RNA polymerase selects the initiation site precisely at a certain distance from a direct contact point in the upstream promoter sequence, regardless of the species of initiating nucleotide. But, the mutant containing TATCC from -4 to + 1 starts transcription at both positions -1 C and + 1 C. This shift of the initiation site seems to be caused by the sequence-dependent perturbations of DNA helical structure, D form to B form.
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남상철,강창원,Nam, Sang-Chul,Kang, Chang-Won 생화학분자생물학회 1988 한국생화학회지 Vol.21 No.3
한 리보누클레오티드만 소량으로 제한된 생체외 전사 반응에서 파아지 SP6 RNA 중합 효소는 그 제한된 누클레오티드의 위치에서만 특이적으로 멈추어 전사 연장 복합체가 해리된다. 이들 RNA로 구성된 sequencing ladder를 고해상도의 polyacrylamide-urea겔 전기영동을 통하여 얻었다. 또한, 6개 염기 길이까지의 RNA들은 염기 특이적으로 뿐만 아니라 비특이적으로도 합성되었다. 이 결과로부터 파아지 SP6 RNA 중합효소는 6개 염기 길이까지의 RNA를 합성한 후 개시중단 순환 (abortive initiation cycling) 과정을 벗어나 7개 염기길이의 RNA를 합성하면서 안정한 전사 연장 과정으로 전환함을 알 수 있었다. In the in vitro transcription reactions limiting concentrations of a ribonucleotide cause the phage SP6 RNA polymerase to pause long enough specifically only at the positions of the limited nucleotide and dissociate from the elongation complex. As a result a series of RNA oligomers comprising a sequencing ladder was obtained in high-resolution polyacrylamide-urea gel electrophoresis. Also, RNA oligomers up to 6-mer were made not only nucleotide-specifically, but also non-specifically. According to these results, the phage SP6 RNA polymerase appears to escape from the abortive initiation cycling after synthesizing 6 base long RNA, then get into the stable elongation mode as 7 base long RNA is made.
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