A Computer Program to Calculate Total Wedge Angle of Curved DNA = 흰 DNA의 총 쐐기 각도를 계산하는 컴퓨터 프로그램

국문 초록 (Abstract)

DNA의 흰 정도를 알 수 있게 총 쐐기 각도를 계산하는 컴퓨터 프로그램을 개발하였다. 이 계산은 본질적으로 쐐기 모델에 근거하여 바로 이웃하는 염기 쌍의 횡사 및 경사 쐐기 각도와 비틀림 각도의 새로운 값들을 사용하였다. 각각의 이웃하는 염기 쌍의 쐐기 각도를 긴 DNA 서열을 따라 합산할 때 3차원적 벡터의 합산 방법을 적용하였다. 따라서 이 계산 방법으로 개선된 점은 횡사와 경사 쐐기 각도의 2차원적 벡터 합산에서 계산되는 근사값이 아닌 실제값을 계산할 수 있다는 데에 있다. 주기적으로 반복하며 흰 구조를 가진 것으로 이미 보고된 33개의 DNA 서열을 이 컴퓨터 프로그램으로 분석하였더니, 겔에서의 이동 속도가 축적된 쐐기 각도와 상관관계가 있음이 밝혀졌다. 따라서 순환된 DNA 단편의 겔에서 이동 속도 양상은 이 컴퓨터 프로그램 분석에 의해 예측할 수 있다. 이 프로그램은 또한, 주기적으로 연속된 A 염기를 갖지 않는 pT181 DNA의 축이 복제를 시작하는 부근에서 휨을 정확히 지적하고 있다.

다국어 초록 (Multilingual Abstract)

A computer program for calculation of total wedge angles to reveal DNA curvature was developed. The calculation is essentially based on the wedge model and uses recently updated values of roll and tilt wedge angles and twist angles between the nearest neighbor base pairs. When the wedge angles of the individual neighboring base pairs are summed along a long DNA sequence, three dimension vectorial summations were employed. Thus, a major improvement in this calculation is to eliminate the earlier approximation of two dimension vectorial summation of roll and tilt wedge angles. The 33 DNA sequences of periodic repetition that have previously been reported to have a bent structure were analyzed with this computer program and the magnitude of gel retardation was found to be correlated with the accumulated wedge angle. Thus, the gel retardation patterns of permuted DNA fragments can be predicted with this computer program analysis. This program also correctly reveals the bending locus of pT181 replication origin sequence which does not contain any periodic poly(A) tracts.