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      Computational study of the pKa values of a modified G·C base pair in duplex DNA

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      https://www.riss.kr/link?id=A108035880

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      다국어 초록 (Multilingual Abstract)

      During the demethylation of 5-methyl cytosine residues in duplex DNAs, formyl or carboxyl cytosines are produced and these modified cytosines are preferentially recognized and excised by the thymine DNA glycosylase (TDG). It has been suggested that th...

      During the demethylation of 5-methyl cytosine residues in duplex DNAs, formyl or carboxyl cytosines are produced and these modified cytosines are preferentially recognized and excised by the thymine DNA glycosylase (TDG). It has been suggested that the TDG detects a soft spot created by weakening of the hydrogen bond of a G·C base pair (bp). Such bp destabilization is ascribed to the presence of electron-withdrawing 5-formyl or 5-carboxyl group in the modified cytosine. Previously, this bp weakening was linked to reduced values of nucleoside molecules. However, the values of nucleosides can deviate from those of duplex DNAs. Thus, to improve agreement with experiments, the corresponding values for DNA environments are needed. In this computational study, we report two values of the N3- and the C5-carboxyl sites in the 5-carboxyl cytosine residue in a duplex DNA that enable more reasonable interpretations of previous experimental data.

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      참고문헌 (Reference)

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      35 M. Frisch, "Gaussian 09"

      36 D. A. Case, "Amber 2018"

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      기준연도 WOS-KCI 통합IF(2년) KCIF(2년) KCIF(3년)
      2016 0.58 0.11 0.38
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      0.28 0.23 0.213 0.04
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