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ア ァ カ サ ザ タ ダ ナ ハ バ パ マ ヤ ャ ラ ワ ヮ ン イ ィ キ ギ シ ジ チ ヂ ニ ヒ ビ ピ ミ リ ウ ゥ ク グ ス ズ ツ ヅ ッ ヌ フ ブ プ ム ユ ュ ル エ ェ ケ ゲ セ ゼ テ デ ヘ ベ ペ メ レ オ ォ コ ゴ ソ ゾ ト ド ノ ホ ボ ポ モ ヨ ョ ロ ヲ ―

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      저자 : Quensen III, John F. (검색결과 1 건)
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        DNA-Stable Isotope Probing Integrated with Metagenomics for Retrieval of Biphenyl Dioxygenase Genes from Polychlorinated Biphenyl-Contaminated River Sediment

        Sul, Woo Jun,Park, Joonhong,Quensen III, John F.,Rodrigues, Jorge L. M.,Seliger, Laurie,Tsoi, Tamara V.,Zylstra, Gerben J.,Tiedje, James M. American Society for Microbiology 2009 Applied and environmental microbiology Vol.75 No.17

        <B>ABSTRACT</B><P>Stable isotope probing with [<SUP>13</SUP>C]biphenyl was used to explore the genetic properties of indigenous bacteria able to grow on biphenyl in PCB-contaminated River Raisin sediment. A bacterial 16S rRNA gene clone library generated from [<SUP>13</SUP>C]DNA after a 14-day incubation with [<SUP>13</SUP>C]biphenyl revealed the dominant organisms to be members of the genera <I>Achromobacter</I> and <I>Pseudomonas</I>. A library built from PCR amplification of genes for aromatic-ring-hydroxylating dioxygenases from the [<SUP>13</SUP>C]DNA fraction revealed two sequence groups similar to <I>bphA</I> (encoding biphenyl dioxygenase) of <I>Comamonas testosteroni</I> strain B-356 and of <I>Rhodococcus</I> sp. RHA1. A library of 1,568 cosmid clones was produced from the [<SUP>13</SUP>C]DNA fraction. A 31.8-kb cosmid clone, detected by aromatic dioxygenase primers, contained genes of biphenyl dioxygenase subunits <I>bphAE</I>, while the rest of the clone's sequence was similar to that of an unknown member of the <I>Gammaproteobacteria</I>. A discrepancy in G+C content near the <I>bphAE</I> genes implies their recent acquisition, possibly by horizontal transfer. The biphenyl dioxygenase from the cosmid clone oxidized biphenyl and unsubstituted and <I>para</I>-only-substituted rings of polychlorinated biphenyl (PCB) congeners. A DNA-stable isotope probing-based cosmid library enabled the retrieval of functional genes from an uncultivated organism capable of PCB metabolism and suggest dispersed dioxygenase gene organization in nature.</P>

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