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      • 바이오 데이터 통합과 데이터 웨어하우스 구축

        안명상(Myoung-Sang Ahn),오정수(Jung-Su Oh),임정곤(Jung-Gon Lim),노동현(Dong-Hyun Rho),조완섭(Wan-Sup Cho) 한국정보과학회 데이터베이스 소사이어티 2004 데이타베이스 연구 Vol.20 No.3

        생물학에서 다루는 데이터의 유형은 DNA나 RNA와 같은 서열 데이터 대사경로나 조절경로와 같은 그래프 데이터, 마이크로-어레이 실험의 결과인 배열 데이터, 관련 문헌 등 매우 다양하다. 지금까지 새로운 유형의 데이터가 필요할 때마다 별도의 데이터베이스가 구축된 경우가 많고 동일한 유형의 데이터에 대해서도 서로 다른 주체에 의해 복수 개의 데이터베이스가 구 축, 운영되고 있다. 일부는 관계형 DBMS로 구축된 것도 있고, 일부는 파일로 구축된 것도 있다. 더욱이 서로 독립적으로 구축되었기 때문에 구조적으로 상이함은 물론, 데이터 모델도 다르다. 하지만, 유전체 연구를 위해서는 여러 데이터베이스에 저장된 정보를 종합적으로 활용해야 한다. 따라서 구조와 내용면에서 매우 이질적인(heterogeneous) 바이오 데이타베이스를 통합하기 위한 연구가 최근 활발히 이루어지고 있다. 이 논문은 많은 이질적인 데이터베이스를 통합하기 위한 데이터 웨어하우징 기법을 소개하고, 보다 효율적인 통합을 위한 매커니즘으로 시스템 생물학의 표준인 SBML의 이용방법과 다양한 데이터베이스에 저장된 용어들의 의미적 통합을 위한 온툴로지 시스템에 대하여 기술한다. In bioscience, there are many different data types such as sequential data (DNA, RNA protein sequences, etc.), graph data (metabolic pathways, regulatory networks, etc.), and array data (results of micro-array experiment, etc.). Various bio-data types are increasing all over the world and each bio-database has different abstraction levels, times, scales, and database schemas. For the accumulated bio-databases, a development of sophisticated analysis system is an important research issue. To do this, these databases must be integrated into a data warehouse and then OLAP or data mining technology can be applied. In database community, data integration has been studied for many years in the context of data warehousing. In this paper, we propose data warehouse technologies for integrating heterogeneous bio-data from various remote bio-databases. For efficiency and accuracy, we use SBML (Systems Biology Markup Language), which is standard for system biology documentation, and bio-ontology in the integration of the bio-databases.

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