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이병욱,박기정,김기봉,박완,박용하 한국미생물생명공학회 ( 구 한국산업미생물학회 ) 1996 한국미생물·생명공학회지 Vol.24 No.3
TFD는 기능이 알려진 짧은 DNA sequence(signal)들과 그와 연관된 저널 자료로 구성된 데이타베이스이다. 임의의 DNA에서 이 데이타베이스의 sequence들을 검색하여 signal을 찾는 프로그램으로 Dan S. Prestridge가 개발한 SIGNAL SCAN이라는 프로그램이 사용되고 있는데, 이는 간단한 문자열 비교 알고리즘을 사용한다. 본 연구에서는 계산상 보다 효율적인 검색을 위해서, TFD의 sequence를 검색하기 위한 automata를 구성하는 프로그램과, 이 automata에 따라 signal을 검색하도록 하는 TFSCAN이라는 프로그램을 개발하였다. 검색된 signal에 대한 관련 문헌의 검색에서도 인덱싱 방법을 이용하여 계산 속도를 향상시켰다. 프로그램의 사용을 단순화시켰고, 결과 내용을 signal과 관련된 모든 정보를 일목요연하게 보여줄 수 있도록 구성하였다. 이 프로그램을 Web을 통해서도 사용할 수 있도록, GINet Web 서버에 TFSCAN 입력용 form과 CGI 프로그램을 개발·설치하였다. 본 연구의 특정 Motif 패턴으로 구성된 데이타베이스 검색에서, automata를 응용한 알고리즘을 이용하여 계산상 급격히 향상된 결과를 얻을 수 있음을 알 수 있었는데, 이는 생물학의 여러 패턴 검색에 응용될 수 있을 것이다. 더욱 민감한(sensitive) signal 검색을 위해서, 이와 같이 automata를 활용하고, 이 automata를 최적화하는 알고리즘 연구를 계속하고 있다. TFD is a transcription factor database which consists of short functional DNA sequences called as signals and their references. SIGNAL SCAN, developed by Dan S. Prestridge, is used to determine what signals of TFD may exist in a DNA sequence. This program searches TFD database by using a simple algorithm for character string comparison. We developed TFSCAN that aims at searching for signals in an input DNA sequence more efficently than SIGNAL SCAN. Our algorithms consist of two parts, one constructs an automata by scanning sequences of TFD, the other searches for signals through this automata. Searching for signal-related references is radically improved in time by using an indexing method. Usage of TFSCAN is very simple and its output is obvious. We developed and installed a TFSCAN input form and a CGI program in GINet Web server, to use TFSCAN. The algorithm applying automata showed drastical results in improvement of computing time. This approach may apply to recognizing several biological patterns. We have been developing our algorithm to optimize the automata and to search more sensitively for signals.
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