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송이 자실체 기저부 토양으로부터 항균활성을 가지는 KM1-15 균주의 분리 및 분류학적 특성
김윤지,황경숙,Kim, Yun-Ji,Whang, Kyung-Sook 한국미생물학회 2008 미생물학회지 Vol.44 No.1
송이 자실체 기저부 토양으로부터 분리한 268균주를 대상으로 식물병원성 곰팡이 7균주(Alternaria panax, Botrytis cinerea, Colletotrichum gloeosprioides, Fusarium oxysporum, Phytopthora capsici, Pythium ultimum, Rizoctonia solani)에 대해 항균활성을 검토한 결과 인삼점무늬병원균(Alternaria panax)과 인삼탄저병원균(Colletotrichum gloeosprioides)에 강한 항균활성을 나타내는 KM1-15 균주가 선발되었다. KM1-15 균주의 16S rDNA 염기서열(1,311 bp)을 결정하여 계통학적 위치를 검토한 결과, Bacillus $koguryoae^T$ (AY904033)와 99.6%의 상동성을 나타내었다. API 50CHE Kit를 사용하여 당 분해능에 대해 Bacillus $koguryoae^T$ (AY904033)와 비교 검토한 결과 KM1-15 균주는 L-arabinose, cellobiose, inulin, D-turanose 양성반응을 나타내는 생리학적 특성이 확인되었다. 주요 지방산으로는 15:0 anteiso (35.78%), 17:0 anteiso (17.97%)를 함유하였으며, 13:0 iso 3-OH, 14:0 iso3-OH, 15:0 iso 3-OH, 그리고 17:0 iso 3-OH와 같은 다양한 분지형 지방산을 함유하는 특성을 나타내었다. 퀴논종으로는 MK-7 (100%)을 가지고, G+C함량은 43.7%를 나타내었다. 또한 protein과 starch에 대한 가수분해능이 탁월하여 KM1-15 균주는 병해충 방제제 및 토양개량제로 매우 유용하게 활용될 것으로 사료된다. Two hundred and sixty-eight bacterial strains were isolated from pine mushroom (Tricholoma matsutake) basal soil. In the course of screening for antifungal activity against seven plant pathogenic fungi (Alternaria panax, Botrytis cinerea, Colletotrichum gloeosprioides, Fusarium oxysporum, Phytopthora capsici, Pythium ultimum, Rizoctonia solani) of isolates, strain KM1-15 showed strong antibiotic activity against Alternaria panax and Colletotrichum gloeosprioides. In determining its relationship on the basis of 16S rDNA sequence, KM1-15 strain was most closely related to Bacillus $koguryoae^T$ (AY904033) (99.62%). When assayed with the API 50CHE Kit, unlike Bacillus koguryoae, it is positive for utilization of L-arabinose, cellobiose, inulin, and D-turanose. Results of cellular fatty acid analysis showed that major cellular fatty acids were 15:0 anteiso (35.78%) and 17:0 anteiso (17.97%). In particular, hydroxyl fatty acids such as 13:0 iso 3-OH, 14:0 iso 3-OH, 15:0 iso 3-OH, and 17:0 iso 3-OH were only restricted to strain KM1-15. DNA G+C content was 43.7 mol% and quinone system was MK-7 (100%) in strain KM1-15.
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김윤지,김수훈,조은민,이정원,Kim, Yun-Ji,Kim, Sue-Hoon,Cho, Eun-Min,Lee, Jeong-won 국립문화재연구소 2015 保存科學硏究 Vol.36 No.-
본 연구는 충청남도 아산시 탕정면 명암리 유적 9지점에서 발굴조사 된 고려 말에서 조선시대 초기 분묘 출토 인골 27개체를 대상으로 고유전학적 연구를 수행한 결과를 보고한 것이다. 실리카 추출 방법에 의하여 출토 인골로 부터 DNA를 추출한 후, 미토콘드리아 DNA(mtDNA)의 과변이지역을 9지역으로 나누어 PCR법에 의해 부분 증폭을 실시하였다. 증폭산물에 대한 염기서열 분석을 통하여 과변이지역의 변이형을 동정하였다. 그 결과 18개체의 mtDNA 분석이 가능하였으며, 아멜로제닌 유전자 분석에 의한 성결정은 M-26, M-29, M-37(L), M-49(R)의 4개체만이 분석되었고 모두 여성인 것으로 확인되었다. In this study, ancient DNA analyses were carried out on the human skeletal remains from a historical cemetery site in Myeongam-ri, Asan, Korea. Human remains of 27 individuals out of tombs from the Goryeo to Joseon Dynasty were selected for the analysis of this study. In order to identify the genealogy of the population and traditional burial pattern of the cemetery, we conducted comparative analyses of the hyper variable regions (HVRs) in mitochondrial DNA (mtDNA) of each sample. We sequenced 9 segmental amplicons of HVRs and assigned relevant haplogroups according to the sequence polymorphism on the basis of the known mtDNA database. As a result, we were analyses 18 human remains of 27 individuals and result of amelogenin analysis were only 4 samples.
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International Association for Food Protection 참관
김윤지,Kim, Yun-Ji 한국식품연구원 2005 食品技術 Vol.18 No.3
본 학회는 92년의 역사를 가지고 있는 대표적인 식품위생학회로서 특히 microbial hazard인 foodborne pathogen에 대한 다양한 연구가 보고되는 학회이기도 하다. 올해의 symposium은 Foodbioterrorism에 대한 내용, Yeast and molds에 대한 집중연구와 새로운 분석기술로 각광을 받고 있는 microarray technology에 대하여 중점적인 발표가 있었다. 내년도 International Association for Food Protection은 Canada의 calgary에서 개최될 예정이며, 식품위생 분야에서 microbial hazard에 대해 상당한 권위를 가지고 있는 학회로 학회지인 Journal of Food Protection도 impact factor가 2.154로 applied microbiology 분야에서 매우 높고, 내년도 학술발표를 위한 초록마감은 내년도 1월초 정도이다.
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송이 자생군락 토양 내 난배양성 세균군집의 계통학적 특성
김윤지,황경숙,Kim, Yun-Ji,Whang, Kyung-Sook 한국미생물학회 2007 미생물학회지 Vol.43 No.3
송이 자생군락 토양 내 세균군집의 정량적 평가를 수행한 결과 CFDA 형광염색법을 이용해 직접 계수된 생균수는 $7.4{\pm}1.19{\times}10^8{\sim}1.07{\pm}0.17{\times}10^9cells/g$ soil로 육즙영양배지(nutrient broth, NB)에서 배양된 생균수는 CFDA 계수치의 $5{\sim}8%$로 계수되었으며, $10^{-2}$으로 희석한 NB(DNB)배지에서는 $40{\sim}47%$의 계수치를 나타내었다. 이상의 결과로부터 송이 자생군락 토양내에는 배양이 곤란한 난배양성(viable but non-culturable; VBNC)세균이 다수 존재해 있는 것으로 추정되었다. 송이 자생군락 토양내 세균군집의 계통학적 특성을 검토하기 위해 토양으로부터 직접 DNA를 추출하고 16S rDNA-ARDRA cluster 분석을 통하여 대표 clone의 16S rDNA 염기서열 분석을 수행하였다. 송이 자생군락 토양으로부터 구축된 총 115 clone은 31 ARDRA cluster로 분류되었으며, ${\alpha}-,\;{\beta}-,\;{\gamma}-$ Proteobacteria, Acidobacteria, Actinobacteria 그리고 Firmicutes의 6개 계통군이 확인되었다. 이들 계통군 중 약 85%가 Acidobacteria 계통군에 속하여 압도적인 우점군임이 확인되어 매우 독특한 계통학적 특성을 나타내었다. The CFDA (6-carboxyfluorescein diacetate) direct viable count method and plate count (PC) method using conventional nutrient broth (NB) medium and $10^{-2}$ diluted NB (DNB) medium were applied to samples collected from Mt. Yongdoo In Andong, in an effect to determine the number of living bacteria pine mushroom forest soil. The number of living bacteria determined via plate count in NB medium comprised $5{\sim}8%$ of the CFDA direct viable count, and the bacteria in the DNB medium comprised $40{\sim}47%$. This result indicated that viable but nonculturable (VBNC) bacteria existed in the pine mushroom forest soil at a high percentage. The phylogenetic characteristics of the VBNC bacterial populations in the samples of pine mushroom (Tricholoma matsutake) forest soil were analyzed via the direct extraction of DNA and 16S rDNA-ARDRA. The 115 clones from pine mushroom forest soil were clustered into 31 different RFLP phylotypes by ARDRA. Based on the 16S rDNA sequences, the 31 ARDRA clusters were classified into 6 phylogenetic groups: ${\alpha}-,\;{\beta}-,\;{\gamma}-Proteobacteria$, Acidobacteria, Actinobacteria and Firmicutes. Among these bacterial populations, approximately 85% were classified as members of phylum Acidobacteria. The Acidobacteria phylum was shown to exist abundantly in the pine mushroom forest soil.
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